1 5' 3' | 2 5' 3' |
...taaactttatggttctcaaagcttattgaatgtcatgcatcaagatatacatgtgtgttgattttttttcttcttctaaattctgtgataaattgctcagGCCTTCTAAGGTGTGGGAAAAGCTGCAGACTCCGCTGGATTAACTATTTGAGGCCTGATATCAAGAGAGGGAATTTCACAATTGAAGAAGAAGAAACTAT
species | Glycine max |
transcript | GLYMA20G35180.1 |
intron # | 1 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CATCCAAAAACATGGCCATGGCAATTGGCGTGCCCTCCCAAAGCAAGCAG GCCTTCTAAGGTGTGGGAAAAGCTGCAGACTCCGCTGGATTAACTATTTGAEST: gi|151408831|gb|EV278639.1|EV278639
genomic: CATCCAAAAACATGGCCATGGCAATTGGCGTGCCCTCCCAAAGCAAGCAGgtatttctat ... aattgctcagGCCTTCTAAGGTGTGGGAAAAGCTGCAGACTCCGCTGGATTAACTATTTGA
EST: CATCCAAAAACATGGCCATGGCAATTGGCGTGCCCTCCCAAAGCAAGCAG GCCTTCTAAGGTGTGGGAAAAGCTGCAGACTCCGCTGGATTAACTATTTGAEST: gi|151412894|gb|EV282706.1|EV282706
genomic: CATCCAAAAACATGGCCATGGCAATTGGCGTGCCCTCCCAAAGCAAGCAGgtatttctat ... aattgctcagGCCTTCTAAGGTGTGGGAAAAGCTGCAGACTCCGCTGGATTAACTATTTGA
EST: CATCCAAAAACATGGCCATGGCAATTGGCGTGCCCTCCCAAAGCAAGCAG GCCTTCTAAGGTGTGGGAAAAGCTGCAGACTCCGCTGGATTAACTATTTGA
genomic: CATCCAAAAACATGGCCATGGCAATTGGCGTGCCCTCCCAAAGCAAGCAGgtatttctat ... aattgctcagGCCTTCTAAGGTGTGGGAAAAGCTGCAGACTCCGCTGGATTAACTATTTGA
tatacatgtgtgttgattttttttcttcttctaaattctgtgataaattgctcagGCCTTCTAAGGTGTGGGAAAAGCTGCAGACTCCGCTGGATTAACTATTTGAGGCCTGATATCAAGAGAGGGAATTTCACAATTGAAGAAGAAGAAACTAT
ttctaaa putative branch site (score: 2)
attttttttcttcttc TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| taaactttatggttctcaaagcttattgaatgtcatgcatcaagatatacatgtgtgttgattttttttcttcttctaaattctgtgataaattgctcagGCCTTCTAAGGTGTGGGAAAAGCTGCAGACTCCGCTGGATTAACTATTTGAGGCCTGATATCAAGAGAGGGAATTTCACAATTGAAGAAGAAGAAACTAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAA
- - - - - - - - - - - - - - - - tcatgca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgtgtgt