Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GAAGGTCTTGCAGCAGTTTTTGGAAATGGATTATCAACAGCATGTGTTGTGAATATTGGTGCCCAGGTGACATCACTTATATGCATTGAGgtaaatgaaacttcggtgtattttattattattattattattattcaacatatcttatttggcactacatttggagttttctattaggatatcttggaag...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA20G34470.1
intron # 10
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA20G34470.1 (Glycine max), 5'ss of exon 10
lower sequence: Vv05s0049g00190.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 10
GAAGGTCTTGCAGCAGTTTTTGGAAATGGATTATCAACAGCATGTGTTGTGAATATTGGTGCCCAGGTGACATCACTTATATGCATTGAGgtaaatgaaacttcggtgtattttattattattattattattattcaacatatcttatttggcactacatttggagttttctattagg-atatcttggaag-
||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||| ||||| || ||||||||| | || |||||||||||||  | |  ||| |  | |  || |  |     |    |  |||  ||   |||  ||| |      ||  |  | |   |  | |   ||     |   
GAAGGTCTTGCTGCAGTTTTTGGAAATGGGTTATCCACAGCATGTGTTGTAAATATGGGTGCTCAAGTGACATCAGTCATCTGCATTGAGgtaagagcattttctgcatctcctacttctccctctggagtgtttc--caagccttgcttgtctggtagttaagcatgtcacaccatgtgcatgcacaatac