1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' | 14 5' 3' | 15 5' 3' | 16 5' 3' | 17 5' 3' | 18 5' 3' | 19 5' 3' |
...tgccattgttgtttgttgtctttttctttttaataaacatatccttgatgtttattccatcttatgaaggattaaaaaataaggacaaattttggtgcagGCTCTGAATGCTGCCTTGTTACACTATGAGGCTGACATTAGGAAAAGAAATGCAAGAGGACAGAAGCCTAACGGTTATGTTTAGGAGGAGAATGTTTTGC
species | Glycine max |
transcript | GLYMA20G33940.1 |
intron # | 19 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: AGTCAGACCTGCGACACCATGTTTCCCTTGTTGTCCATCCTATGCAGCAG GCTCTGAATGCTGCCTTGTTACACTATGAGGCTGACATTAGGAAAAGAAATEST: gi|193495031|gb|FK462305.1|FK462305
genomic: AGTCAGACCTGCGACACCATGTTTCCCTTGTTGTCCATCCTATGCAGCAGgtgagctcaa ... tttggtgcagGCTCTGAATGCTGCCTTGTTACACTATGAGGCTGACATTAGGAAAAGAAAT
EST: ACCTGCGACACCATGTTTCCCTTGTTGTCCATCCTATGCAGCAG GCTCTGAATGCTGCCTTGTTACACTATGAGGCTGACATTAGGAAAAGAAATEST: gi|209728202|gb|BW651637.1|BW651637
genomic: ACCTGCGACACCATGTTTCCCTTGTTGTCCATCCTATGCAGCAGgtgagctcaa ... tttggtgcagGCTCTGAATGCTGCCTTGTTACACTATGAGGCTGACATTAGGAAAAGAAAT
EST: AGTCAGACCTGCGACACCATGTTTCCCTTGTTGTCCATCCTATGCAGCAG GCTCTGAATGCTGCCTTGTTACACTATGAGGCTGACATTAGGAAAAGAAAT
genomic: AGTCAGACCTGCGACACCATGTTTCCCTTGTTGTCCATCCTATGCAGCAGgtgagctcaa ... tttggtgcagGCTCTGAATGCTGCCTTGTTACACTATGAGGCTGACATTAGGAAAAGAAAT
tgatgtttattccatcttatgaaggattaaaaaataaggacaaattttggtgcagGCTCTGAATGCTGCCTTGTTACACTATGAGGCTGACATTAGGAAAAGAAATGCAAGAGGACAGAAGCCTAACGGTTATGTTTAGGAGGAGAATGTTTTGC
ccttgat putative branch site (score: 5)
attaaaaaataaggac TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tgccattgttgtttgttgtctttttctttttaataaacatatccttgatgtttattccatcttatgaaggattaaaaaataaggacaaattttggtgcagGCTCTGAATGCTGCCTTGTTACACTATGAGGCTGACATTAGGAAAAGAAATGCAAGAGGACAGAAGCCTAACGGTTATGTTTAGGAGGAGAATGTTTTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAA
tgccatt
- - - - - - -tgttgtc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -cttgatg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aaaaaat