Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gttagtaatcttgagatatttgttggaaaccattttcaaaaactcctagttaacatggctccacagttggctagggtagtgggattttgtggctgtgatggaaattgtttttatttttctttggttgttgtcatgaagtgtggtttgaattacctgtttctttattttttggttttggtaaaacagAACTTGATGCATTGGAATTAGACATGGGAAATGAGACTGAAGCTGATGGGGTCCCATCCTACCTCCAACCTGATAAAGAACCTGATTTGGATGCAGAACT

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA20G33630.1
intron # 5
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA20G33630.1 (Glycine max), 3'ss of exon 5
lower sequence: Vv08s0007g02300.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 5
--gttagtaatcttgagatatttgttggaaaccattttcaaaaactcctagttaacatggctccacagttggctagggtagtgggattttgtggctgtgatggaaattgtttttatttttctttggttgttgtcatgaagtgtggtttgaattacctgtttctttattttttggttttggtaaaacagAACTTGATGCATTGGAATTAGACATGGGAAATGAGACTGAAGCTGATGGGGTCCCATCCTACCTCCAACCTGATAAAGAACCTGATTTGGATGCAGAACT
   |   |||  |  |   || |||     | | ||   |   |  |  ||  ||  | ||       ||    ||  |  | |  | |   |   || |   ||    | |      ||||||   | || |   ||  | | |||| |  | ||| ||| ||    |                |||| |||||||| ||||||  |||||||||||  ||||||||  |    || || ||  |||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||||||
gtatgcttaaattgtattcatatgtcatggaactttggaatggatgctaagagaatgttgcatt----ttcttcagtatccttgcttgtcacgagggtcagcaaagggttctccccccttcttttaattttata--gatttattgttttatgtccctcttttttcccct---------------gcagAGCTTGATGCCTTGGAAGCAGACATGGGAATGGAGACTGAGTCCACAGGAGTGCCTGCCTATCTTCAACCTGATAAGGAACCTGATTTGGATGCAGAACT
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|254320040|gb|GR830956.1|GR830956
EST:     TAGAAGCTATAATGTGCCTGATGACATTGATGAGGATGACCTTATGGGTG                         AACTTGATGCATTGGAATTAGACATGGGAAATGAGACTGAAGCTGATGGGG
genomic: TAGAAGCTATAATGTGCCTGATGACATTGATGAGGATGACCTTATGGGTGgttagtaatc ... ggtaaaacagAACTTGATGCATTGGAATTAGACATGGGAAATGAGACTGAAGCTGATGGGG
EST: gi|254325618|gb|GR838499.1|GR838499
EST:     TAGAAGCTATAATGTGCCTGATGACATTGATGAGGATGACCTTATGGGTG                         AACTTGATGCATTGGAATTAGACATGGGAAATGAGACTGAAGCTGATGGGG
genomic: TAGAAGCTATAATGTGCCTGATGACATTGATGAGGATGACCTTATGGGTGgttagtaatc ... ggtaaaacagAACTTGATGCATTGGAATTAGACATGGGAAATGAGACTGAAGCTGATGGGG
EST: gi|207790719|gb|GD761856.1|GD761856
EST:     TAGAAGCTATAATGTGCCTGATGACATTGACGAGGATGATCTTATGGGTG                         AACTTGACGCATTGGAATTAGACATGGGAAATGAGA
genomic: TAGAAGCTATAATGTGCCTGATGACATTGATGAGGATGACCTTATGGGTGgttagtaatc ... ggtaaaacagAACTTGATGCATTGGAATTAGACATGGGAAATGAGA
EST: gi|15287713|gb|BI471604.1|BI471604
EST:     TAGAAGCTATAATGTGCCTGATGACATTGATGAGGATGACCTTATGGGTG                         AACTTGATGCATTGGAATTAGACATGGGAAATGAGACTGAAGCTGATGGGG
genomic: TAGAAGCTATAATGTGCCTGATGACATTGATGAGGATGACCTTATGGGTGgttagtaatc ... ggtaaaacagAACTTGATGCATTGGAATTAGACATGGGAAATGAGACTGAAGCTGATGGGG
EST: gi|192326636|gb|FK018853.1|FK018853
EST:     TAGAAGCTATAATGTGCCTGATGACATTGATGAGGATGACCTTATGGGTG                         AACTTGATGCATTGGAATTAGACATGGGAAATGAGACTGAAGCTGATGGGG
genomic: TAGAAGCTATAATGTGCCTGATGACATTGATGAGGATGACCTTATGGGTGgttagtaatc ... ggtaaaacagAACTTGATGCATTGGAATTAGACATGGGAAATGAGACTGAAGCTGATGGGG
EST: gi|254320041|gb|GR830957.1|GR830957
EST:     TAGAAGCTATAATGTGCCTGATGACATTGATGAGGATGACCTTATGGGTG                         AACTTGATGCATTGGAATTAGACATGGGAAATGAGACTGAAGCTGATGGGG
genomic: TAGAAGCTATAATGTGCCTGATGACATTGATGAGGATGACCTTATGGGTGgttagtaatc ... ggtaaaacagAACTTGATGCATTGGAATTAGACATGGGAAATGAGACTGAAGCTGATGGGG
EST: gi|151397618|gb|EV267491.1|EV267491
EST:     TAGAAGCTATAATGTGCCTGATGACATTGATGAGGATGACCTTATGGGTG                         AACTTGATGCATTGGAATTAGACATGGGAAATGAGACTGAAGCTGATGGGG
genomic: TAGAAGCTATAATGTGCCTGATGACATTGATGAGGATGACCTTATGGGTGgttagtaatc ... ggtaaaacagAACTTGATGCATTGGAATTAGACATGGGAAATGAGACTGAAGCTGATGGGG
EST: gi|58024021|gb|CX710762.1|CX710762
EST:     TAGAAGCTATAATGTGCCTGATGACATTGATGAGGATGACCTTATGGGTG                         AACTTGATGCATTGGAATTAGACATGGGAAATGAGACTGAAGCTGATGGGG
genomic: TAGAAGCTATAATGTGCCTGATGACATTGATGAGGATGACCTTATGGGTGgttagtaatc ... ggtaaaacagAACTTGATGCATTGGAATTAGACATGGGAAATGAGACTGAAGCTGATGGGG
EST: gi|254325619|gb|GR838500.1|GR838500
EST:     TAGAAGCTATAATGTGCCTGATGACATTGATGAGGATGACCTTATGGGTG                         AACTTGATGCATTGGAATTAGACATGGGAAATGAGACTGAAGCTGATGGGG
genomic: TAGAAGCTATAATGTGCCTGATGACATTGATGAGGATGACCTTATGGGTGgttagtaatc ... ggtaaaacagAACTTGATGCATTGGAATTAGACATGGGAAATGAGACTGAAGCTGATGGGG
EST: gi|192314082|gb|FK010362.1|FK010362
EST:     TAGAAGCTATAATGTGCCTGATGACATTGATGAGGATGACCTTATGGGTG                         AACTTGATGCATTGGAATTAGACATGGGAAATGAGACTGAAGCTGATG
genomic: TAGAAGCTATAATGTGCCTGATGACATTGATGAGGATGACCTTATGGGTGgttagtaatc ... ggtaaaacagAACTTGATGCATTGGAATTAGACATGGGAAATGAGACTGAAGCTGATG
EST: gi|192294647|gb|FG986496.1|FG986496
EST:     TAGAAGCTATAATGTGCCTGATGACATTGATGAGGATGACCTTATGGGTG                         AACTTGATGCATTGGAATTAGACATGGGAA
genomic: TAGAAGCTATAATGTGCCTGATGACATTGATGAGGATGACCTTATGGGTGgttagtaatc ... ggtaaaacagAACTTGATGCATTGGAATTAGACATGGGAA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

catgaagtgtggtttgaattacctgtttctttattttttggttttggtaaaacagAACTTGATGCATTGGAATTAGACATGGGAAATGAGACTGAAGCTGATGGGGTCCCATCCTACCTCCAACCTGATAAAGAACCTGATTTGGATGCAGAACT
                       tgtttctttatttttt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gttagtaatcttgagatatttgttggaaaccattttcaaaaactcctagttaacatggctccacagttggctagggtagtgggattttgtggctgtgatggaaattgtttttatttttctttggttgttgtcatgaagtgtggtttgaattacctgtttctttattttttggttttggtaaaacagAACTTGATGCATTGGAATTAGACATGGGAAATGAGACTGAAGCTGATGGGGTCCCATCCTACCTCCAACCTGATAAAGAACCTGATTTGGATGCAGAACT

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGAAC