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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaaagatctatttttggatgcagaaagatgaaagaccctatattatcttgagattcatttttctttaacaacttacacaaatattaccctgaatacagATACCTTGTAGGACAGCAACTAGGGGAAGCTTTCCACTGAATGGAACTTACTTTCAAGTTAATGAG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA20G32960.1
intron # 23
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA20G32960.1 (Glycine max), 3'ss of exon 23
lower sequence: Vv13s0074g00450.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 15
--gtaaagatctatttt-tggatgcagaaagatgaaag---accctatattatcttgagattcatttttctttaacaacttacacaaatattaccctgaatacagATACCTTGTAGGACAGCAACTAGGGGAAGCTTTCCACTGAATGGAACTTACTTTCAAGTTAATGAG
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gtgaggaaatcaatactgtagatgaaaaatagcaaccgttaaagctaatagacataataagctgctagaaattgtttattgatatttctgttaactcattcacagATACCATGTAGAACAGCCATGAGAGGTAGCTTTCCACTCAATGGCACATATTTTCAAGTTAATGAG


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tatcttgagattcatttttctttaacaacttacacaaatattaccctgaatacagATACCTTGTAGGACAGCAACTAGGGGAAGCTTTCCACTGAATGGAACTTACTTTCAAGTTAATGAG
                          aacttac  putative branch site (score: 2)
                                        ttaccct  putative PPT
         attcatttttctttaa  TA-rich tract