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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagccactttctttcttctatcagcattcgccagtgtccttaatccctatcccaagaaggtcacatgtggcagacattaactgcacatgtcagtatataaagcaaattaatcatgtcctctgtatatattttaatatcaaatgcagGGACTATCTGCTTAGCTTTCGAGGATTGGGGTTAAAAAGTGTGGAATGTGTACGGCTTCTGACACTTCATCATATTGCTTTCCCA

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA20G32960.1
intron # 14
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA20G32960.1 (Glycine max), 3'ss of exon 14
lower sequence: Vv13s0074g00450.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 6
-------------------------------------------gtaagccactttctttcttctatcagcattcgccagtgtccttaatccctatcccaagaaggtcacatgtggcagacattaactg--cacatgtcagtatataaagcaaattaatcatgtcctctgtatatatttta-----atatcaaatgc---agGGACTATCTGCTTAGCTTTCGAGGATTGGGGTTAAAAAGTGTGGAATGTGTACGGCTTCTGACACTTCATCATATTGCTTTCCCA
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gtaagccctcccaaatatttttgttccttctatcaaatagaaagaaaaacacaga-tttcaattccttgtaaacacatgcataattcatccct-taacgaaatgaccatacatggctagcatccacaggctgtatgacaaatattttgttgcatctatcaaatttatactatttggtttataaaaatgtctggtgctgtagGGATTATCTGTTAAGTATACGAGGATTGGGTTTGAAAAGTGTGGAATGTGTGAGGCTGTTAACACTTCATCAACTTGCTTTCCCG


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

agtatataaagcaaattaatcatgtcctctgtatatattttaatatcaaatgcagGGACTATCTGCTTAGCTTTCGAGGATTGGGGTTAAAAAGTGTGGAATGTGTACGGCTTCTGACACTTCATCATATTGCTTTCCCA
                                     ttttaat  putative branch site (score: 3)
                           tctgtatatattttaa  TA-rich tract