Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...aaagagcaccttgttacattcccatttgaaaaaactaataagtgataagtgttaaattaactaattaaaatgacccccttgttgttatatgtcctttcagGCTTTGGTGGAAATGGTGCAACTATGTTTTTCTTAATCTTCTCCATACTAGCAGCCGTTTTGGGCATAGTGTCCAAACTTTTGGGTGCGAATCACATTAG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA20G32550.1
intron # 1
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|298166004|gb|HO008975.1|HO008975
EST:     TGCTAGTTGGTGCCTCAACAAGTTCATCAATGGCCAAACTTACCACCCTA                         GCTTTGGTGGAAATGGTGCAACTATGTTTTTCTTAATCTTCTCCATACTAG
genomic: TGCTAGTTGGTGCCTCAACAAGTTCATCAATGGCCAAACTTACCACCCTAgtaagcttat ... gtcctttcagGCTTTGGTGGAAATGGTGCAACTATGTTTTTCTTAATCTTCTCCATACTAG
EST: gi|163926352|gb|EH038458.1|EH038458
EST:     TGCTAGTTGGTGCCTCAACAAGTTCATCAATGGCCAAACTTACCACCCTA                         GCTTTGGTGGAAATGGTGCAACTATGTTTTTCTTAATCTTCTCCATACTAG
genomic: TGCTAGTTGGTGCCTCAACAAGTTCATCAATGGCCAAACTTACCACCCTAgtaagcttat ... gtcctttcagGCTTTGGTGGAAATGGTGCAACTATGTTTTTCTTAATCTTCTCCATACTAG
EST: gi|151397159|gb|EV267032.1|EV267032
EST:     TGCTAGTTGGTGCCTCAACAAGTTCATCAATGGCCAAACTTACCACCTTA                         GCTTTGGTGGAAATGGTGCAACTATGTTTTTCTTAATCTTCTCCATACTAG
genomic: TGCTAGTTGGTGCCTCAACAAGTTCATCAATGGCCAAACTTACCACCCTAgtaagcttat ... gtcctttcagGCTTTGGTGGAAATGGTGCAACTATGTTTTTCTTAATCTTCTCCATACTAG
EST: gi|298165077|gb|HO011126.1|HO011126
EST:     TGCTAGTTGGTGCCTCAACAAGTTCATCAATGGCCAAACTTACCACCCTA                         GCTTTGGTGGAAATGGTGCAACTATGTTTTTCTTAATCTTCTCCATACTAG
genomic: TGCTAGTTGGTGCCTCAACAAGTTCATCAATGGCCAAACTTACCACCCTAgtaagcttat ... gtcctttcagGCTTTGGTGGAAATGGTGCAACTATGTTTTTCTTAATCTTCTCCATACTAG
EST: gi|163927213|gb|EH040128.1|EH040128
EST:     TGCTAGTTGGTGCCTCAACAAGTTCATCAATGGCCAAACTTACCACCCTA                         GCTTTGGTGGAAATGGTGCAACTATGTTTTTCTTAATCTTCTCCATACTAG
genomic: TGCTAGTTGGTGCCTCAACAAGTTCATCAATGGCCAAACTTACCACCCTAgtaagcttat ... gtcctttcagGCTTTGGTGGAAATGGTGCAACTATGTTTTTCTTAATCTTCTCCATACTAG
EST: gi|163926170|gb|EH039139.1|EH039139
EST:     TGCTAGTTGGTGCCTCAACAAGTTCATCAATGGCCAAACTTACCACCCTA                         GCTTTGGTGGAAATGGTGCAACTATGTTTTTCTTAATCTTCTCCATACTAG
genomic: TGCTAGTTGGTGCCTCAACAAGTTCATCAATGGCCAAACTTACCACCCTAgtaagcttat ... gtcctttcagGCTTTGGTGGAAATGGTGCAACTATGTTTTTCTTAATCTTCTCCATACTAG
EST: gi|298176358|gb|HO023059.1|HO023059
EST:     TGCTAGTTGGTGCCTCAACAAGTTCATCAATGGCCAAACTTACCACCCTA                         GCTTTGGTGGAAATGGTGCAACTATGTTTTTCTTAATCTTCTCCATACTAG
genomic: TGCTAGTTGGTGCCTCAACAAGTTCATCAATGGCCAAACTTACCACCCTAgtaagcttat ... gtcctttcagGCTTTGGTGGAAATGGTGCAACTATGTTTTTCTTAATCTTCTCCATACTAG
EST: gi|298195429|gb|HO039260.1|HO039260
EST:     TGCTAGTTGGTGCCTCAACAAGTTCATCAATGGCCAAACTTACCACCCTA                         GCTTTGGTGGAAATGGTGCAACTATGTTTTTCTTAATCTTCTCCATACTAG
genomic: TGCTAGTTGGTGCCTCAACAAGTTCATCAATGGCCAAACTTACCACCCTAgtaagcttat ... gtcctttcagGCTTTGGTGGAAATGGTGCAACTATGTTTTTCTTAATCTTCTCCATACTAG
EST: gi|298197394|gb|HO044873.1|HO044873
EST:     TGCTAGTTGGTGCCTCAACAAGTTCATCAATGGCCAAACTTACCACCCTA                         GCTTTGGTGGAAATGGTGCAACTATGTTTTTCTTAATCTTCTCCATACTAG
genomic: TGCTAGTTGGTGCCTCAACAAGTTCATCAATGGCCAAACTTACCACCCTAgtaagcttat ... gtcctttcagGCTTTGGTGGAAATGGTGCAACTATGTTTTTCTTAATCTTCTCCATACTAG
EST: gi|298166112|gb|HO009083.1|HO009083
EST:     TGCTAGTTGGTGCCTCAACAAGTTCATCAATGGCCAAACTTACCACCCTA                         GCTTTGGTGGAAATGGTGCAACTATGTTTTTCTTAATCTTCTCCATACTAG
genomic: TGCTAGTTGGTGCCTCAACAAGTTCATCAATGGCCAAACTTACCACCCTAgtaagcttat ... gtcctttcagGCTTTGGTGGAAATGGTGCAACTATGTTTTTCTTAATCTTCTCCATACTAG
EST: gi|298199454|gb|HO042817.1|HO042817
EST:     TGCTAGTTGGTGCCTCAACAAGTTCATCAATGGCCAAACTTACCACCCTA                         GCTTTGGTGGAAATGGTGCAACTATGTTTTTCTTAATCTTCTCCATACTAG
genomic: TGCTAGTTGGTGCCTCAACAAGTTCATCAATGGCCAAACTTACCACCCTAgtaagcttat ... gtcctttcagGCTTTGGTGGAAATGGTGCAACTATGTTTTTCTTAATCTTCTCCATACTAG
EST: gi|298190378|gb|HO032499.1|HO032499
EST:     TGCTAGTTGGTGCCTCAACAAGTTCATCAATGGCCAAACTTACCACCCTA                         GCTTTGGTGGAAATGGTGCAACTATGTTTTTCTTAATCTTCTCCATACTAG
genomic: TGCTAGTTGGTGCCTCAACAAGTTCATCAATGGCCAAACTTACCACCCTAgtaagcttat ... gtcctttcagGCTTTGGTGGAAATGGTGCAACTATGTTTTTCTTAATCTTCTCCATACTAG
EST: gi|298183590|gb|HO028803.1|HO028803
EST:     TGCTAGTTGGTGCCTCAACAAGTTCATCAATGACCAAACTTACCACCCTA                         GCTTTGGTGGAAATGGTGCAACTATGTTTTTCTTAATCTTCTCCATACTAG
genomic: TGCTAGTTGGTGCCTCAACAAGTTCATCAATGGCCAAACTTACCACCCTAgtaagcttat ... gtcctttcagGCTTTGGTGGAAATGGTGCAACTATGTTTTTCTTAATCTTCTCCATACTAG
EST: gi|163926938|gb|EH039338.1|EH039338
EST:     TGCTAGTTGGTGCCTCAACAAGTTCATCAATGGCCAAACTTACCACCCTA                         GCTTTGGTGGAAATGGTGCAACTATGTTTTTCTTAATCTTCTCCATACTAG
genomic: TGCTAGTTGGTGCCTCAACAAGTTCATCAATGGCCAAACTTACCACCCTAgtaagcttat ... gtcctttcagGCTTTGGTGGAAATGGTGCAACTATGTTTTTCTTAATCTTCTCCATACTAG
EST: gi|163921493|gb|EH039811.1|EH039811
EST:     TGCTAGTTGGTGCCTCAACAAGTTCATCAATGGCCAAACTTACCACCCTA                         GCCTTGGTGGAAATGGTGCAACTATGTTTTTCTTAATCTTCTCCATACTAG
genomic: TGCTAGTTGGTGCCTCAACAAGTTCATCAATGGCCAAACTTACCACCCTAgtaagcttat ... gtcctttcagGCTTTGGTGGAAATGGTGCAACTATGTTTTTCTTAATCTTCTCCATACTAG
EST: gi|163926168|gb|EH039137.1|EH039137
EST:     TGCTAGTTGGTGCCTCAACAAGTTCATCAATGGCCAAACTTACCACCCTA                         GCTTTGGTGGAAATGGTGCAACTATGTTTTTCTTAATCTTCTCCATACTAG
genomic: TGCTAGTTGGTGCCTCAACAAGTTCATCAATGGCCAAACTTACCACCCTAgtaagcttat ... gtcctttcagGCTTTGGTGGAAATGGTGCAACTATGTTTTTCTTAATCTTCTCCATACTAG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

taagtgttaaattaactaattaaaatgacccccttgttgttatatgtcctttcagGCTTTGGTGGAAATGGTGCAACTATGTTTTTCTTAATCTTCTCCATACTAGCAGCCGTTTTGGGCATAGTGTCCAAACTTTTGGGTGCGAATCACATTAG
             aactaat  putative branch site (score: 2)
                                            tgtcctttc  putative PPT
      ttaaattaactaatta  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
aaagagcaccttgttacattcccatttgaaaaaactaataagtgataagtgttaaattaactaattaaaatgacccccttgttgttatatgtcctttcagGCTTTGGTGGAAATGGTGCAACTATGTTTTTCTTAATCTTCTCCATACTAGCAGCCGTTTTGGGCATAGTGTCCAAACTTTTGGGTGCGAATCACATTAG

- - - caccttg
- - - - - - - - cattccc
- - - - - - - - - - - - - -gaaaaaa