Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   		28  
 5'  3'   		29  
 5'  3'   		30  
 5'  3'   		31  
 5'  3'   		32  
 5'  3'   		33  
 5'  3'   		34  
 5'  3'   		35  
 5'  3'   		36  
 5'  3'   		37  
 5'  3'   		38  
 5'  3'   		39  
 5'  3'   		40  
 5'  3'   
41  
 5'  3'   		42  
 5'  3'   		43  
 5'  3'   		44  
 5'  3'   		45  
 5'  3'   		46  
 5'  3'   		47  
 5'  3'   		48  
 5'  3'   		49  
 5'  3'   		50  
 5'  3'   		51  
 5'  3'   		52  
 5'  3'   		53  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gttaggaagtctttctctgccctccccctctattttctgttgaactgaaacttcaggcatttggcagatgtaggataatatggagaaaaacattatgatgcagctatttagtaactagtgtttgtcaatacagGATAATGCTGATCGGACTTCATCCTTTGTTGTCTTAATCAATCTTTTACGGCCACTAGATTCATCCAGGTGGCCTTCACCAGCATTAAATGAGTCACTTG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA20G32430.1
intron # 46
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|6566454|gb|AW234099.1|AW234099
EST:     ATGGAAGCCAATTGTTGAAAGCTTTAAATGTGTTGATGCTTAAGATTTTG                         GATAATGCTGATCGGACTTCATCCTTTGTTGTCTTAATCAATCTTTTACGG
genomic: ATGGAAGCCAATTGTTGAAAGCTTTAAATGTGTTGATGCTTAAGATTTTGgttaggaagt ... gtcaatacagGATAATGCTGATCGGACTTCATCCTTTGTTGTCTTAATCAATCTTTTACGG
EST: gi|10231247|gb|BE800063.1|BE800063
EST:     ATGGAAGCCAATTGTTGAAAGCTTTAAATGTGTTGATGCTTAAGATTTTG                         GATAATGCTGATCGGACTTCATCCTTTGTTGTCTTAATCAATCTTTTACGG
genomic: ATGGAAGCCAATTGTTGAAAGCTTTAAATGTGTTGATGCTTAAGATTTTGgttaggaagt ... gtcaatacagGATAATGCTGATCGGACTTCATCCTTTGTTGTCTTAATCAATCTTTTACGG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tatggagaaaaacattatgatgcagctatttagtaactagtgtttgtcaatacagGATAATGCTGATCGGACTTCATCCTTTGTTGTCTTAATCAATCTTTTACGGCCACTAGATTCATCCAGGTGGCCTTCACCAGCATTAAATGAGTCACTTG
                              tagtaac  putative branch site (score: 1)
       aaaaacattatgat  TA-rich tract