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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtcactttgcgttaactatcaaattttgatttctctcaatttgtttttcaaggctctaaggtttttctccttgcagACATTAAAGGGTTTCTTACTGATGTAAAACCTGCACTGCTCAGTGCCCTGGATACGGAGTATGAGAAGAATCCATTTGAG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA20G32430.1
intron # 23
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA20G32430.1 (Glycine max), 3'ss of exon 23
lower sequence: GRMZM2G009849_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 5
gtcactttgcgttaactatcaaattttgatttctctcaatttgtttttcaaggctctaaggtttttctccttgcagACATTAAAGGGTTTCTTACTGATGTAAAACCTGCACTGCTCAGTGCCCTGGATACGGAGTATGAGAAGAATCCATTTGAG
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gtcatcttttcttc-ttattttaacatg--ctacgatagttgccaggtcatgttcttgaaataatccatcttgcagATATTAAAGGCTTTTTAAGTGATGTTAAACCAGCACTTCTAAGTGCCCTGGATACTGAATATGAGAAAAATCCTTTTGAG


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

aattttgatttctctcaatttgtttttcaaggctctaaggtttttctccttgcagACATTAAAGGGTTTCTTACTGATGTAAAACCTGCACTGCTCAGTGCCCTGGATACGGAGTATGAGAAGAATCCATTTGAG
  ttttgat  putative branch site (score: 4)
                                        tttttctccttgc  putative PPT
                aatttgtttttcaa  TA-rich tract