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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgttgatttttctttgattatgtacttttagatttgttttgatttctaactatttgtttcatcatctcaaaagAGAGTTGTGGCAACAAAGGGCACCAAGTCTGAATCAATATCTGTTCAAGATATAGCGGTCCAGTCTCAGGCCTTGTTAAATATCAAGGATTCAAATAAG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA20G32430.1
intron # 32
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|208043265|gb|GD837883.1|GD837883
EST:     AATCAACTGCCAATGGTGTTTCAAAACATGGAAATAGAGCTGTATCTTCT                         AGAGTTGTGGCAACAAAGGGCACCAAGTCTGAATCAATATCTGTTCAAGAT
genomic: AATCAACTGCCAATGGTGTTTCAAAACATGGAAATAGAGCTGTATCTTCTgtatgttgat ... atctcaaaagAGAGTTGTGGCAACAAAGGGCACCAAGTCTGAATCAATATCTGTTCAAGAT
EST: gi|207817846|gb|GD789751.1|GD789751
EST:     AATCAACTGCCAATGGTGTTTCAAAACATGGAAATAGAGCTGTATCTTCT                         AGAGTTGTGGCAACAAAGGGCACCAAGTCTGAATCAATATCTGTTCAAGAT
genomic: AATCAACTGCCAATGGTGTTTCAAAACATGGAAATAGAGCTGTATCTTCTgtatgttgat ... atctcaaaagAGAGTTGTGGCAACAAAGGGCACCAAGTCTGAATCAATATCTGTTCAAGAT
EST: gi|193521887|gb|FK480780.1|FK480780
EST:     AATCAACTGCCAATGGTGTTTCAAAACATGGAAATAGAGCTGTATCTTCT                         AGAGTTGTGGCAACAAAGGGCACCAAGTCTGAATCAATATCTGTTCAAGAT
genomic: AATCAACTGCCAATGGTGTTTCAAAACATGGAAATAGAGCTGTATCTTCTgtatgttgat ... atctcaaaagAGAGTTGTGGCAACAAAGGGCACCAAGTCTGAATCAATATCTGTTCAAGAT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tatgtacttttagatttgttttgatttctaactatttgtttcatcatctcaaaagAGAGTTGTGGCAACAAAGGGCACCAAGTCTGAATCAATATCTGTTCAAGATATAGCGGTCCAGTCTCAGGCCTTGTTAAATATCAAGGATTCAAATAAG
                         ttctaac  putative branch site (score: 1)
                                           tcatctc  putative PPT
       ttttagatttgtttt  TA-rich tract