1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
...cagtttttcaaatgatttctatgagtaccttgaacttccggattcatacccaaactgttaatatctgtctattgattgaatctattttataaaatttcagATTAAGTCAAAGGGAGTCACAATGACAGCGTTGCTTGCTAAGGCTACTGCACTTGCACTTGTTAAACACCCTGTTATGAACTCTAGTTGTAGAGATGGTA
species | Glycine max |
transcript | GLYMA20G31630.1 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GAGTTGGTTACACCATCACCACGGATGCACTCGATGCCTTGTACAAGAAG ATTAAGTCAAAGGGAGTCACAATGACAGCGTTGCTTGCTAAGGCTACTGCAEST: gi|193575500|gb|FK528455.1|FK528455
genomic: GAGTTGGTTACACCATCACCACGGATGCACTCGATGCCTTGTACAAGAAGgtgagctttg ... aaaatttcagATTAAGTCAAAGGGAGTCACAATGACAGCGTTGCTTGCTAAGGCTACTGCA
EST: GAGTTGGTTACACCATCACCACGGATGCACTCGATGCCTTGTACAAGAAG ATTAAGTCAAAGGGAGTCACAATGACAGCGTTGCTTGCTAAGGCTACTGCAEST: gi|207757919|gb|GD727713.1|GD727713
genomic: GAGTTGGTTACACCATCACCACGGATGCACTCGATGCCTTGTACAAGAAGgtgagctttg ... aaaatttcagATTAAGTCAAAGGGAGTCACAATGACAGCGTTGCTTGCTAAGGCTACTGCA
EST: GAGTTGGTT-CACCATCACCACGGATGCACTCGATGCCTTGTACAAGAAG ATTAAGTCAAAGGGAGTCACAATGACAACGTTGCTTGCTAAGGCTACTGCAEST: gi|193373884|gb|FK338920.1|FK338920
genomic: GAGTTGGTTACACCATCACCACGGATGCACTCGATGCCTTGTACAAGAAGgtgagctttg ... aaaatttcagATTAAGTCAAAGGGAGTCACAATGACAGCGTTGCTTGCTAAGGCTACTGCA
EST: GAGTTGGTTACACCATCACCACGGATGCACTCGATGCCTTGTACAAGAAG ATTAAGTCAAAGGGAGTCACAATGACAGCGTTGCTTGCTAAGGCTACTGCAEST: gi|192313139|gb|FK003721.1|FK003721
genomic: GAGTTGGTTACACCATCACCACGGATGCACTCGATGCCTTGTACAAGAAGgtgagctttg ... aaaatttcagATTAAGTCAAAGGGAGTCACAATGACAGCGTTGCTTGCTAAGGCTACTGCA
EST: GAGTTGGTTACACCATCACCACGGATGCACTCGATGCCTTGTACAAGAAG ATTAAGTCAAAGGGAGTCACAATGACAGCGTTGCTTGCTAAGGCTACTGCAEST: gi|193349311|gb|FK316483.1|FK316483
genomic: GAGTTGGTTACACCATCACCACGGATGCACTCGATGCCTTGTACAAGAAGgtgagctttg ... aaaatttcagATTAAGTCAAAGGGAGTCACAATGACAGCGTTGCTTGCTAAGGCTACTGCA
EST: GAGTTGGTTACACCATCACCACGGATGCACTCGATGCCTTGTACAAGAAG ATTAAGTCAAAGGGAGTCACAATGACAGCGTTGCTTGCTAAGGCTACTGCAEST: gi|193623636|gb|FK575504.1|FK575504
genomic: GAGTTGGTTACACCATCACCACGGATGCACTCGATGCCTTGTACAAGAAGgtgagctttg ... aaaatttcagATTAAGTCAAAGGGAGTCACAATGACAGCGTTGCTTGCTAAGGCTACTGCA
EST: GAGTTGGTTACACCATCACCACGGATGCACTCGATGCCTTGTACAAGAAG ATTAAGTCAAAGGGAGCCACAATGACAGCGEST: gi|208147276|gb|GD950193.1|GD950193
genomic: GAGTTGGTTACACCATCACCACGGATGCACTCGATGCCTTGTACAAGAAGgtgagctttg ... aaaatttcagATTAAGTCAAAGGGAGTCACAATGACAGCG
EST: GAGTTGGTTACACCATCACCACGGATGCACTCGATGCCTTGTACAAGAAG ATTAAGTCAAAGGGAGTCACAATGACAGCGTTGCTTGCTAAGGCTACTGCAEST: gi|193343661|gb|FK313129.1|FK313129
genomic: GAGTTGGTTACACCATCACCACGGATGCACTCGATGCCTTGTACAAGAAGgtgagctttg ... aaaatttcagATTAAGTCAAAGGGAGTCACAATGACAGCGTTGCTTGCTAAGGCTACTGCA
EST: GAGTTGGTTACACCATCACCACGGATGCACTCGATGCCTTGTACAAGAAG ATTAAGTCAAAGGGAGTCACAATGACAGCGTTGCTTGCTAAGGCTACTGCAEST: gi|193418014|gb|FK382600.1|FK382600
genomic: GAGTTGGTTACACCATCACCACGGATGCACTCGATGCCTTGTACAAGAAGgtgagctttg ... aaaatttcagATTAAGTCAAAGGGAGTCACAATGACAGCGTTGCTTGCTAAGGCTACTGCA
EST: GAGTTGGTTACACCATCACCACGGATGCACTCGATGCCTTGTACAAGAAG ATTAAGTCAAAGGGAGTCACAATGACAGCGTTGCTTGCTAAGGCTACTGCAEST: gi|7691381|gb|AW759439.1|AW759439
genomic: GAGTTGGTTACACCATCACCACGGATGCACTCGATGCCTTGTACAAGAAGgtgagctttg ... aaaatttcagATTAAGTCAAAGGGAGTCACAATGACAGCGTTGCTTGCTAAGGCTACTGCA
EST: GAGTTGGTTACACCATCACCACGGATGCACTCGATGCCTTGTACAAGAAG ATTAAGTCAAAGGGAGTCACAATGACAGCGTTGCTTGCTAAGGCTACTGCAEST: gi|193417387|gb|FK383863.1|FK383863
genomic: GAGTTGGTTACACCATCACCACGGATGCACTCGATGCCTTGTACAAGAAGgtgagctttg ... aaaatttcagATTAAGTCAAAGGGAGTCACAATGACAGCGTTGCTTGCTAAGGCTACTGCA
EST: GAGTTGGTTACACCATCACCACGGATGCACTCGATGCCTTGTACAAGAAG ATTAAGTCAAAGGGAGTCACAATGACAGCGTTGCTTGCTAAGGCTACTGCAEST: gi|193372300|gb|FK338317.1|FK338317
genomic: GAGTTGGTTACACCATCACCACGGATGCACTCGATGCCTTGTACAAGAAGgtgagctttg ... aaaatttcagATTAAGTCAAAGGGAGTCACAATGACAGCGTTGCTTGCTAAGGCTACTGCA
EST: AGTTGGTTAACACCATCACCACGGATGCACTCGATGCCTTGTACAAGAAG ATTAAGTCAAAGGGAGTCACAATGACAGCGTTGCTTGCTAAGGCTACTGCAEST: gi|208329112|gb|GE128408.1|GE128408
genomic: AGTTGGTTA-CACCATCACCACGGATGCACTCGATGCCTTGTACAAGAAGgtgagctttg ... aaaatttcagATTAAGTCAAAGGGAGTCACAATGACAGCGTTGCTTGCTAAGGCTACTGCA
EST: GAGTTGGTTACACCATCACCACGGATGCACTCGATGCCTTGTACAAGAAG ATTAAGTCAAAGGGAGTCACAATGACAGCGTTGCTTGCTAAGGCTACTGCAEST: gi|193312663|gb|FK276601.1|FK276601
genomic: GAGTTGGTTACACCATCACCACGGATGCACTCGATGCCTTGTACAAGAAGgtgagctttg ... aaaatttcagATTAAGTCAAAGGGAGTCACAATGACAGCGTTGCTTGCTAAGGCTACTGCA
EST: GAGTTGGTTACACCATCACCACGGATGCACTCGATGCCTTGTACAAGAAG ATTAAGTCAAAGGGAGTCACAATGACAGCGTTGCTTGCTAAGGCTACTGCAEST: gi|193442158|gb|FK410587.1|FK410587
genomic: GAGTTGGTTACACCATCACCACGGATGCACTCGATGCCTTGTACAAGAAGgtgagctttg ... aaaatttcagATTAAGTCAAAGGGAGTCACAATGACAGCGTTGCTTGCTAAGGCTACTGCA
EST: GAGTTGGTTACACCATCACCACGGATGCACTCGATGCCTTGTACAAGAAG ATTAAGTCAAAGGGAGTCACAATGACAGCGTTGCTTGCTAAGGCTACTGCAEST: gi|207838826|gb|GD810474.1|GD810474
genomic: GAGTTGGTTACACCATCACCACGGATGCACTCGATGCCTTGTACAAGAAGgtgagctttg ... aaaatttcagATTAAGTCAAAGGGAGTCACAATGACAGCGTTGCTTGCTAAGGCTACTGCA
EST: GAGTTGGTTACACCATCACCACGGATGCACTCGATGCCTTGTACAAGAAG ATTAAGTCAAAGGGAGTCACAATGACAGCGTTGCTTGCTAAGGCTACTGCAEST: gi|208176575|gb|GD979090.1|GD979090
genomic: GAGTTGGTTACACCATCACCACGGATGCACTCGATGCCTTGTACAAGAAGgtgagctttg ... aaaatttcagATTAAGTCAAAGGGAGTCACAATGACAGCGTTGCTTGCTAAGGCTACTGCA
EST: GAGTTGGTTACACCATCACCACGGATGCACTCGATGCCTTGTACAAGAAG ATTAAGTCAAAGGGAGTCACAATGACAGCGTTGCTTGCTAAGGCTACTGCAEST: gi|192313138|gb|FK003720.1|FK003720
genomic: GAGTTGGTTACACCATCACCACGGATGCACTCGATGCCTTGTACAAGAAGgtgagctttg ... aaaatttcagATTAAGTCAAAGGGAGTCACAATGACAGCGTTGCTTGCTAAGGCTACTGCA
EST: GAGTTGGTTACACCATCACCACGGATGCACTCGATGCCTTGTACAAGAAG ATTAAGTCAAAGGGAGTCACAATGACAGCGTTGCTTGCTAAGGCTACTGCAEST: gi|193687756|gb|FK633055.1|FK633055
genomic: GAGTTGGTTACACCATCACCACGGATGCACTCGATGCCTTGTACAAGAAGgtgagctttg ... aaaatttcagATTAAGTCAAAGGGAGTCACAATGACAGCGTTGCTTGCTAAGGCTACTGCA
EST: GAGTTGGTTACACCATCACCACGGATGCACTCGATGCCTTGTACAAGAAG ATTAAGTCAAAGGGAGTCACAATGACAGCGTTGCTTGCTAAGGCTACTGCAEST: gi|193318669|gb|FK287199.1|FK287199
genomic: GAGTTGGTTACACCATCACCACGGATGCACTCGATGCCTTGTACAAGAAGgtgagctttg ... aaaatttcagATTAAGTCAAAGGGAGTCACAATGACAGCGTTGCTTGCTAAGGCTACTGCA
EST: GAGTTGGTTACACCATCACCACGGATGCATTCGATGCCTTGTACAAGAAG ATTAAGTCAAAGGGAGTCACAATGACAGCGTTGCTTGCTAAGGCTACTGCAEST: gi|207752367|gb|GD725802.1|GD725802
genomic: GAGTTGGTTACACCATCACCACGGATGCACTCGATGCCTTGTACAAGAAGgtgagctttg ... aaaatttcagATTAAGTCAAAGGGAGTCACAATGACAGCGTTGCTTGCTAAGGCTACTGCA
EST: GAGTTGGTTACACCATCACCACGGATGCACTCGATGCCTTGTACAAGAAG ATTAAGTCAAAGGGAGTCACAATGACAGCGTTGCTTGCTAAGGCTACTGCAEST: gi|208181494|gb|GD978457.1|GD978457
genomic: GAGTTGGTTACACCATCACCACGGATGCACTCGATGCCTTGTACAAGAAGgtgagctttg ... aaaatttcagATTAAGTCAAAGGGAGTCACAATGACAGCGTTGCTTGCTAAGGCTACTGCA
EST: GAGTTGGTTACACCATCACCACGGATGCACTCGATGCCTTGTACAAGAAG ATTAAGTCAAAGGGAGTCACAATGAACAGACGTTGCTTGCTAAEST: gi|193649634|gb|FK596771.1|FK596771
genomic: GAGTTGGTTACACCATCACCACGGATGCACTCGATGCCTTGTACAAGAAGgtgagctttg ... aaaatttcagATTAAGTCAAAGGGAGTCACAATGA-CAG-CGTTGCTTGCTAA
EST: GAGTTGGTTACACCATCACCACGGATGCACTCGATGCCTTGTACAAGAAG ATTAAGTCAAAGGGAGTCACAATGACAGCGTTGCTTGCTAAGGCTACTGCAEST: gi|193345750|gb|FK311271.1|FK311271
genomic: GAGTTGGTTACACCATCACCACGGATGCACTCGATGCCTTGTACAAGAAGgtgagctttg ... aaaatttcagATTAAGTCAAAGGGAGTCACAATGACAGCGTTGCTTGCTAAGGCTACTGCA
EST: GAGTTGGTTACACCATCACCACGGATGCACTCGATGCCTTGTACAAGAAG ATTAAGTCAAAGGGAGTCACAATGACAGCGTTGCTTGCTAAGGCTACTGCAEST: gi|208086342|gb|GD881980.1|GD881980
genomic: GAGTTGGTTACACCATCACCACGGATGCACTCGATGCCTTGTACAAGAAGgtgagctttg ... aaaatttcagATTAAGTCAAAGGGAGTCACAATGACAGCGTTGCTTGCTAAGGCTACTGCA
EST: GAGTTGGTTACACCATCACCACGGATGCACTCGATGCCTTGTACAAGAAG ATTAAGTCAAAGGGAGTCACAATGACAGCGTTGCTTGCTAAGGCTACTGCAEST: gi|193649619|gb|FK596756.1|FK596756
genomic: GAGTTGGTTACACCATCACCACGGATGCACTCGATGCCTTGTACAAGAAGgtgagctttg ... aaaatttcagATTAAGTCAAAGGGAGTCACAATGACAGCGTTGCTTGCTAAGGCTACTGCA
EST: GAGTTGGTTACACCATCACCACGGATGCACTCGATGCCTTGTACAAGAAG ATTAAGTCAAAGGGAGTCACAATGACAGCGTTGCTTGCTAAGGCTACTGCAEST: gi|208057895|gb|GD858556.1|GD858556
genomic: GAGTTGGTTACACCATCACCACGGATGCACTCGATGCCTTGTACAAGAAGgtgagctttg ... aaaatttcagATTAAGTCAAAGGGAGTCACAATGACAGCGTTGCTTGCTAAGGCTACTGCA
EST: GAGTTGGTTACACCATCACCACGGATGTACTCGATGCCTTGTACAAGAAG ATTAAGTCAAAGGGAGTCACAATGACAGCGTTGCTTGCTAAGGCTGCTGCA
genomic: GAGTTGGTTACACCATCACCACGGATGCACTCGATGCCTTGTACAAGAAGgtgagctttg ... aaaatttcagATTAAGTCAAAGGGAGTCACAATGACAGCGTTGCTTGCTAAGGCTACTGCA
atacccaaactgttaatatctgtctattgattgaatctattttataaaatttcagATTAAGTCAAAGGGAGTCACAATGACAGCGTTGCTTGCTAAGGCTACTGCACTTGCACTTGTTAAACACCCTGTTATGAACTCTAGTTGTAGAGATGGTA
tattgat putative branch site (score: 3)
tctattgattgaatct TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| cagtttttcaaatgatttctatgagtaccttgaacttccggattcatacccaaactgttaatatctgtctattgattgaatctattttataaaatttcagATTAAGTCAAAGGGAGTCACAATGACAGCGTTGCTTGCTAAGGCTACTGCACTTGCACTTGTTAAACACCCTGTTATGAACTCTAGTTGTAGAGATGGTA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATG
- - - - - - - - - ctatgag
- - - - - - - - - - - - - -ccttgaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ccaaact
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ctgtcta