Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   
2  
 5'  3'   
3  
 5'  3'   
4  
 5'  3'   
5  
 5'  3'   
6  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...cagtttttcaaatgatttctatgagtaccttgaacttccggattcatacccaaactgttaatatctgtctattgattgaatctattttataaaatttcagATTAAGTCAAAGGGAGTCACAATGACAGCGTTGCTTGCTAAGGCTACTGCACTTGCACTTGTTAAACACCCTGTTATGAACTCTAGTTGTAGAGATGGTA

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA20G31630.1
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA20G31630.1 (Glycine max), 3'ss of exon 2
lower sequence: Vv18s0072g01000.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 1
cagtttttcaaatgatttctatgagtaccttgaactt---ccggattcatacccaaactgttaatatctgtctattgattgaatctattttataaaatttcagATTAAGTCAAAGGGAGTCACAATGACAGCGTTGCTTGCTAAGGCTACTGCACTTGCACTTGTTAAACACCCTGTTATGAACTCTAGTTGTAGAGATGGTA
|| | | | || || | || | | | | | | | | |||||| ||||| || | | ||| ||| | || |||||||||||||||| || || |||||||| || ||||| ||||| || |||||||| | |||||||| |||||| | ||||||||||| ||||||||||
--aaattaaagtaaaatagcataagatctttagaatgagatcaactatgtcattttatttacattatctg-ctattaatgcattttatattaatatcttctagATTAAGTCAAAGGGTGTGACGATGACAGCATTACTTGCAAAGGCAACAGCACTTGCTTTGGTTAAACATCCTGTTGTAAACTCTAGTTGCAGAGATGGTA
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|207838198|gb|GD811512.1|GD811512
EST:     GAGTTGGTTACACCATCACCACGGATGCACTCGATGCCTTGTACAAGAAG                         ATTAAGTCAAAGGGAGTCACAATGACAGCGTTGCTTGCTAAGGCTACTGCA
genomic: GAGTTGGTTACACCATCACCACGGATGCACTCGATGCCTTGTACAAGAAGgtgagctttg ... aaaatttcagATTAAGTCAAAGGGAGTCACAATGACAGCGTTGCTTGCTAAGGCTACTGCA
EST: gi|193575500|gb|FK528455.1|FK528455
EST:     GAGTTGGTTACACCATCACCACGGATGCACTCGATGCCTTGTACAAGAAG                         ATTAAGTCAAAGGGAGTCACAATGACAGCGTTGCTTGCTAAGGCTACTGCA
genomic: GAGTTGGTTACACCATCACCACGGATGCACTCGATGCCTTGTACAAGAAGgtgagctttg ... aaaatttcagATTAAGTCAAAGGGAGTCACAATGACAGCGTTGCTTGCTAAGGCTACTGCA
EST: gi|207757919|gb|GD727713.1|GD727713
EST:     GAGTTGGTT-CACCATCACCACGGATGCACTCGATGCCTTGTACAAGAAG                         ATTAAGTCAAAGGGAGTCACAATGACAACGTTGCTTGCTAAGGCTACTGCA
genomic: GAGTTGGTTACACCATCACCACGGATGCACTCGATGCCTTGTACAAGAAGgtgagctttg ... aaaatttcagATTAAGTCAAAGGGAGTCACAATGACAGCGTTGCTTGCTAAGGCTACTGCA
EST: gi|193373884|gb|FK338920.1|FK338920
EST:     GAGTTGGTTACACCATCACCACGGATGCACTCGATGCCTTGTACAAGAAG                         ATTAAGTCAAAGGGAGTCACAATGACAGCGTTGCTTGCTAAGGCTACTGCA
genomic: GAGTTGGTTACACCATCACCACGGATGCACTCGATGCCTTGTACAAGAAGgtgagctttg ... aaaatttcagATTAAGTCAAAGGGAGTCACAATGACAGCGTTGCTTGCTAAGGCTACTGCA
EST: gi|192313139|gb|FK003721.1|FK003721
EST:     GAGTTGGTTACACCATCACCACGGATGCACTCGATGCCTTGTACAAGAAG                         ATTAAGTCAAAGGGAGTCACAATGACAGCGTTGCTTGCTAAGGCTACTGCA
genomic: GAGTTGGTTACACCATCACCACGGATGCACTCGATGCCTTGTACAAGAAGgtgagctttg ... aaaatttcagATTAAGTCAAAGGGAGTCACAATGACAGCGTTGCTTGCTAAGGCTACTGCA
EST: gi|193349311|gb|FK316483.1|FK316483
EST:     GAGTTGGTTACACCATCACCACGGATGCACTCGATGCCTTGTACAAGAAG                         ATTAAGTCAAAGGGAGTCACAATGACAGCGTTGCTTGCTAAGGCTACTGCA
genomic: GAGTTGGTTACACCATCACCACGGATGCACTCGATGCCTTGTACAAGAAGgtgagctttg ... aaaatttcagATTAAGTCAAAGGGAGTCACAATGACAGCGTTGCTTGCTAAGGCTACTGCA
EST: gi|193623636|gb|FK575504.1|FK575504
EST:     GAGTTGGTTACACCATCACCACGGATGCACTCGATGCCTTGTACAAGAAG                         ATTAAGTCAAAGGGAGCCACAATGACAGCG
genomic: GAGTTGGTTACACCATCACCACGGATGCACTCGATGCCTTGTACAAGAAGgtgagctttg ... aaaatttcagATTAAGTCAAAGGGAGTCACAATGACAGCG
EST: gi|208147276|gb|GD950193.1|GD950193
EST:     GAGTTGGTTACACCATCACCACGGATGCACTCGATGCCTTGTACAAGAAG                         ATTAAGTCAAAGGGAGTCACAATGACAGCGTTGCTTGCTAAGGCTACTGCA
genomic: GAGTTGGTTACACCATCACCACGGATGCACTCGATGCCTTGTACAAGAAGgtgagctttg ... aaaatttcagATTAAGTCAAAGGGAGTCACAATGACAGCGTTGCTTGCTAAGGCTACTGCA
EST: gi|193343661|gb|FK313129.1|FK313129
EST:     GAGTTGGTTACACCATCACCACGGATGCACTCGATGCCTTGTACAAGAAG                         ATTAAGTCAAAGGGAGTCACAATGACAGCGTTGCTTGCTAAGGCTACTGCA
genomic: GAGTTGGTTACACCATCACCACGGATGCACTCGATGCCTTGTACAAGAAGgtgagctttg ... aaaatttcagATTAAGTCAAAGGGAGTCACAATGACAGCGTTGCTTGCTAAGGCTACTGCA
EST: gi|193418014|gb|FK382600.1|FK382600
EST:     GAGTTGGTTACACCATCACCACGGATGCACTCGATGCCTTGTACAAGAAG                         ATTAAGTCAAAGGGAGTCACAATGACAGCGTTGCTTGCTAAGGCTACTGCA
genomic: GAGTTGGTTACACCATCACCACGGATGCACTCGATGCCTTGTACAAGAAGgtgagctttg ... aaaatttcagATTAAGTCAAAGGGAGTCACAATGACAGCGTTGCTTGCTAAGGCTACTGCA
EST: gi|7691381|gb|AW759439.1|AW759439
EST:     GAGTTGGTTACACCATCACCACGGATGCACTCGATGCCTTGTACAAGAAG                         ATTAAGTCAAAGGGAGTCACAATGACAGCGTTGCTTGCTAAGGCTACTGCA
genomic: GAGTTGGTTACACCATCACCACGGATGCACTCGATGCCTTGTACAAGAAGgtgagctttg ... aaaatttcagATTAAGTCAAAGGGAGTCACAATGACAGCGTTGCTTGCTAAGGCTACTGCA
EST: gi|193417387|gb|FK383863.1|FK383863
EST:     GAGTTGGTTACACCATCACCACGGATGCACTCGATGCCTTGTACAAGAAG                         ATTAAGTCAAAGGGAGTCACAATGACAGCGTTGCTTGCTAAGGCTACTGCA
genomic: GAGTTGGTTACACCATCACCACGGATGCACTCGATGCCTTGTACAAGAAGgtgagctttg ... aaaatttcagATTAAGTCAAAGGGAGTCACAATGACAGCGTTGCTTGCTAAGGCTACTGCA
EST: gi|193372300|gb|FK338317.1|FK338317
EST:     AGTTGGTTAACACCATCACCACGGATGCACTCGATGCCTTGTACAAGAAG                         ATTAAGTCAAAGGGAGTCACAATGACAGCGTTGCTTGCTAAGGCTACTGCA
genomic: AGTTGGTTA-CACCATCACCACGGATGCACTCGATGCCTTGTACAAGAAGgtgagctttg ... aaaatttcagATTAAGTCAAAGGGAGTCACAATGACAGCGTTGCTTGCTAAGGCTACTGCA
EST: gi|208329112|gb|GE128408.1|GE128408
EST:     GAGTTGGTTACACCATCACCACGGATGCACTCGATGCCTTGTACAAGAAG                         ATTAAGTCAAAGGGAGTCACAATGACAGCGTTGCTTGCTAAGGCTACTGCA
genomic: GAGTTGGTTACACCATCACCACGGATGCACTCGATGCCTTGTACAAGAAGgtgagctttg ... aaaatttcagATTAAGTCAAAGGGAGTCACAATGACAGCGTTGCTTGCTAAGGCTACTGCA
EST: gi|193312663|gb|FK276601.1|FK276601
EST:     GAGTTGGTTACACCATCACCACGGATGCACTCGATGCCTTGTACAAGAAG                         ATTAAGTCAAAGGGAGTCACAATGACAGCGTTGCTTGCTAAGGCTACTGCA
genomic: GAGTTGGTTACACCATCACCACGGATGCACTCGATGCCTTGTACAAGAAGgtgagctttg ... aaaatttcagATTAAGTCAAAGGGAGTCACAATGACAGCGTTGCTTGCTAAGGCTACTGCA
EST: gi|193442158|gb|FK410587.1|FK410587
EST:     GAGTTGGTTACACCATCACCACGGATGCACTCGATGCCTTGTACAAGAAG                         ATTAAGTCAAAGGGAGTCACAATGACAGCGTTGCTTGCTAAGGCTACTGCA
genomic: GAGTTGGTTACACCATCACCACGGATGCACTCGATGCCTTGTACAAGAAGgtgagctttg ... aaaatttcagATTAAGTCAAAGGGAGTCACAATGACAGCGTTGCTTGCTAAGGCTACTGCA
EST: gi|207838826|gb|GD810474.1|GD810474
EST:     GAGTTGGTTACACCATCACCACGGATGCACTCGATGCCTTGTACAAGAAG                         ATTAAGTCAAAGGGAGTCACAATGACAGCGTTGCTTGCTAAGGCTACTGCA
genomic: GAGTTGGTTACACCATCACCACGGATGCACTCGATGCCTTGTACAAGAAGgtgagctttg ... aaaatttcagATTAAGTCAAAGGGAGTCACAATGACAGCGTTGCTTGCTAAGGCTACTGCA
EST: gi|208176575|gb|GD979090.1|GD979090
EST:     GAGTTGGTTACACCATCACCACGGATGCACTCGATGCCTTGTACAAGAAG                         ATTAAGTCAAAGGGAGTCACAATGACAGCGTTGCTTGCTAAGGCTACTGCA
genomic: GAGTTGGTTACACCATCACCACGGATGCACTCGATGCCTTGTACAAGAAGgtgagctttg ... aaaatttcagATTAAGTCAAAGGGAGTCACAATGACAGCGTTGCTTGCTAAGGCTACTGCA
EST: gi|192313138|gb|FK003720.1|FK003720
EST:     GAGTTGGTTACACCATCACCACGGATGCACTCGATGCCTTGTACAAGAAG                         ATTAAGTCAAAGGGAGTCACAATGACAGCGTTGCTTGCTAAGGCTACTGCA
genomic: GAGTTGGTTACACCATCACCACGGATGCACTCGATGCCTTGTACAAGAAGgtgagctttg ... aaaatttcagATTAAGTCAAAGGGAGTCACAATGACAGCGTTGCTTGCTAAGGCTACTGCA
EST: gi|193687756|gb|FK633055.1|FK633055
EST:     GAGTTGGTTACACCATCACCACGGATGCACTCGATGCCTTGTACAAGAAG                         ATTAAGTCAAAGGGAGTCACAATGACAGCGTTGCTTGCTAAGGCTACTGCA
genomic: GAGTTGGTTACACCATCACCACGGATGCACTCGATGCCTTGTACAAGAAGgtgagctttg ... aaaatttcagATTAAGTCAAAGGGAGTCACAATGACAGCGTTGCTTGCTAAGGCTACTGCA
EST: gi|193318669|gb|FK287199.1|FK287199
EST:     GAGTTGGTTACACCATCACCACGGATGCATTCGATGCCTTGTACAAGAAG                         ATTAAGTCAAAGGGAGTCACAATGACAGCGTTGCTTGCTAAGGCTACTGCA
genomic: GAGTTGGTTACACCATCACCACGGATGCACTCGATGCCTTGTACAAGAAGgtgagctttg ... aaaatttcagATTAAGTCAAAGGGAGTCACAATGACAGCGTTGCTTGCTAAGGCTACTGCA
EST: gi|207752367|gb|GD725802.1|GD725802
EST:     GAGTTGGTTACACCATCACCACGGATGCACTCGATGCCTTGTACAAGAAG                         ATTAAGTCAAAGGGAGTCACAATGACAGCGTTGCTTGCTAAGGCTACTGCA
genomic: GAGTTGGTTACACCATCACCACGGATGCACTCGATGCCTTGTACAAGAAGgtgagctttg ... aaaatttcagATTAAGTCAAAGGGAGTCACAATGACAGCGTTGCTTGCTAAGGCTACTGCA
EST: gi|208181494|gb|GD978457.1|GD978457
EST:     GAGTTGGTTACACCATCACCACGGATGCACTCGATGCCTTGTACAAGAAG                         ATTAAGTCAAAGGGAGTCACAATGAACAGACGTTGCTTGCTAA
genomic: GAGTTGGTTACACCATCACCACGGATGCACTCGATGCCTTGTACAAGAAGgtgagctttg ... aaaatttcagATTAAGTCAAAGGGAGTCACAATGA-CAG-CGTTGCTTGCTAA
EST: gi|193649634|gb|FK596771.1|FK596771
EST:     GAGTTGGTTACACCATCACCACGGATGCACTCGATGCCTTGTACAAGAAG                         ATTAAGTCAAAGGGAGTCACAATGACAGCGTTGCTTGCTAAGGCTACTGCA
genomic: GAGTTGGTTACACCATCACCACGGATGCACTCGATGCCTTGTACAAGAAGgtgagctttg ... aaaatttcagATTAAGTCAAAGGGAGTCACAATGACAGCGTTGCTTGCTAAGGCTACTGCA
EST: gi|193345750|gb|FK311271.1|FK311271
EST:     GAGTTGGTTACACCATCACCACGGATGCACTCGATGCCTTGTACAAGAAG                         ATTAAGTCAAAGGGAGTCACAATGACAGCGTTGCTTGCTAAGGCTACTGCA
genomic: GAGTTGGTTACACCATCACCACGGATGCACTCGATGCCTTGTACAAGAAGgtgagctttg ... aaaatttcagATTAAGTCAAAGGGAGTCACAATGACAGCGTTGCTTGCTAAGGCTACTGCA
EST: gi|208086342|gb|GD881980.1|GD881980
EST:     GAGTTGGTTACACCATCACCACGGATGCACTCGATGCCTTGTACAAGAAG                         ATTAAGTCAAAGGGAGTCACAATGACAGCGTTGCTTGCTAAGGCTACTGCA
genomic: GAGTTGGTTACACCATCACCACGGATGCACTCGATGCCTTGTACAAGAAGgtgagctttg ... aaaatttcagATTAAGTCAAAGGGAGTCACAATGACAGCGTTGCTTGCTAAGGCTACTGCA
EST: gi|193649619|gb|FK596756.1|FK596756
EST:     GAGTTGGTTACACCATCACCACGGATGCACTCGATGCCTTGTACAAGAAG                         ATTAAGTCAAAGGGAGTCACAATGACAGCGTTGCTTGCTAAGGCTACTGCA
genomic: GAGTTGGTTACACCATCACCACGGATGCACTCGATGCCTTGTACAAGAAGgtgagctttg ... aaaatttcagATTAAGTCAAAGGGAGTCACAATGACAGCGTTGCTTGCTAAGGCTACTGCA
EST: gi|208057895|gb|GD858556.1|GD858556
EST:     GAGTTGGTTACACCATCACCACGGATGTACTCGATGCCTTGTACAAGAAG                         ATTAAGTCAAAGGGAGTCACAATGACAGCGTTGCTTGCTAAGGCTGCTGCA
genomic: GAGTTGGTTACACCATCACCACGGATGCACTCGATGCCTTGTACAAGAAGgtgagctttg ... aaaatttcagATTAAGTCAAAGGGAGTCACAATGACAGCGTTGCTTGCTAAGGCTACTGCA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

atacccaaactgttaatatctgtctattgattgaatctattttataaaatttcagATTAAGTCAAAGGGAGTCACAATGACAGCGTTGCTTGCTAAGGCTACTGCACTTGCACTTGTTAAACACCCTGTTATGAACTCTAGTTGTAGAGATGGTA
                        tattgat  putative branch site (score: 3)
 tctattgattgaatct  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
cagtttttcaaatgatttctatgagtaccttgaacttccggattcatacccaaactgttaatatctgtctattgattgaatctattttataaaatttcagATTAAGTCAAAGGGAGTCACAATGACAGCGTTGCTTGCTAAGGCTACTGCACTTGCACTTGTTAAACACCCTGTTATGAACTCTAGTTGTAGAGATGGTA

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATG
- - - - - - - - - ctatgag
- - - - - - - - - - - - - -ccttgaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ccaaact
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ctgtcta