Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtttgttggaattgctttgtgcaaagttatcatgtttgtggctttgtgcattcagagactaaatgactctatgcaattttaccttgacttgaaattgtaaaaaaaataaattcctatatctgatgctttaaaggaattttgccttgtgcccagGATGGAGTGACATGTTTGGCATGGCTTGGTGCGTCTTATGTGGCTTCTGGTTGTGTGGATGGTAAGGTGAGATTGTGGGACAGCCGGTCTGGTGAATGCG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA20G31330.1
intron # 10
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|192316804|gb|FK006059.1|FK006059
EST:     TCATCTGGGATATAGAGCATTTATTACCCCGAGGCACTTGTGAACATGAG                         GATGGAGTGACATGTTTGGCATGGCTTGGTGCGTCTTATGTGGCTTCTGGT
genomic: TCATCTGGGATATAGAGCATTTATTACCCCGAGGCACTTGTGAACATGAGgtttgttgga ... ttgtgcccagGATGGAGTGACATGTTTGGCATGGCTTGGTGCGTCTTATGTGGCTTCTGGT
EST: gi|21888443|gb|BQ741656.1|BQ741656
EST:     TCATCTGGGATATAGAGCATTTATTACCCCGAGGCACTTGTGAACATGAG                         GATGGAGTGACATGTTTGGCATGGCTTGGTGCGTCTTATGTGGCTTCTGGT
genomic: TCATCTGGGATATAGAGCATTTATTACCCCGAGGCACTTGTGAACATGAGgtttgttgga ... ttgtgcccagGATGGAGTGACATGTTTGGCATGGCTTGGTGCGTCTTATGTGGCTTCTGGT
EST: gi|192316805|gb|FK006060.1|FK006060
EST:     TCATCTGGGATATAGAGCATTTATTACCCCGAGGCACTTGTGAACATGAG                         GATGGAGTGACATGTTTGGCATGGCTTGGTGCGTCTTATGTGGCTTCTGGT
genomic: TCATCTGGGATATAGAGCATTTATTACCCCGAGGCACTTGTGAACATGAGgtttgttgga ... ttgtgcccagGATGGAGTGACATGTTTGGCATGGCTTGGTGCGTCTTATGTGGCTTCTGGT
EST: gi|51343389|gb|CO984122.1|CO984122
EST:     TCATCTGGGATATAGAGCATTTATTACCCCGAGGCACTTGTGAACATGAG                         GATGGAGTGACATGTTTGGCATGGCTTGGTGCGTCTTATGTGGCTTCTGGT
genomic: TCATCTGGGATATAGAGCATTTATTACCCCGAGGCACTTGTGAACATGAGgtttgttgga ... ttgtgcccagGATGGAGTGACATGTTTGGCATGGCTTGGTGCGTCTTATGTGGCTTCTGGT
EST: gi|23051895|gb|BU577114.1|BU577114
EST:     TCATCTGGGATATAGAGCATTTATTACCCCGAGGCACTTGTGAACATGAG                         GATGGAGTGACATGTTTGGCATGGCTTGGTGCGTCTTATGTGGCTTCTGGT
genomic: TCATCTGGGATATAGAGCATTTATTACCCCGAGGCACTTGTGAACATGAGgtttgttgga ... ttgtgcccagGATGGAGTGACATGTTTGGCATGGCTTGGTGCGTCTTATGTGGCTTCTGGT
EST: gi|192310896|gb|FK000343.1|FK000343
EST:     TCATCTGGGATATAGAGCATTTATTACCCCGAGGCACTTGTGAACATGAG                         GATGGAGTGACATGTTTGGCATGGCTTGGTGCGTCTTATGTGGCTTCTGGT
genomic: TCATCTGGGATATAGAGCATTTATTACCCCGAGGCACTTGTGAACATGAGgtttgttgga ... ttgtgcccagGATGGAGTGACATGTTTGGCATGGCTTGGTGCGTCTTATGTGGCTTCTGGT
EST: gi|192300197|gb|FG989319.1|FG989319
EST:     TCATCTGGGATATAGAGCATTTATTACCCCGAGGCACTTGTGAACATGAG                         GATGGAGTGACATGTTTGGCATGGCTTGGTGCGTCTTATGTGGCTTCTGGT
genomic: TCATCTGGGATATAGAGCATTTATTACCCCGAGGCACTTGTGAACATGAGgtttgttgga ... ttgtgcccagGATGGAGTGACATGTTTGGCATGGCTTGGTGCGTCTTATGTGGCTTCTGGT
EST: gi|120529306|gb|EH257440.1|EH257440
EST:     ACTTGTGAACATGAG                         GATGGAGTGACATGTTTGGCATGGCTTGGTGCGTCTTATGTGGCTTCTGGT
genomic: ACTTGTGAACATGAGgtttgttgga ... ttgtgcccagGATGGAGTGACATGTTTGGCATGGCTTGGTGCGTCTTATGTGGCTTCTGGT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

aaaaaaaataaattcctatatctgatgctttaaaggaattttgccttgtgcccagGATGGAGTGACATGTTTGGCATGGCTTGGTGCGTCTTATGTGGCTTCTGGTTGTGTGGATGGTAAGGTGAGATTGTGGGACAGCCGGTCTGGTGAATGCG
                   atctgat  putative branch site (score: 4)
                                      ttttgcctt  putative PPT
     aaataaattcctatat  TA-rich tract