Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTTCAAGCGAAGAAACAAACCTATAACTCGTTTGACGATTTGCTTGCCAATTCTGAGAAACCTGTGTTGGTTGACTTCTATGCAACCTGgtaagttgctccctctctgttttgtcttttctccgtatttgcgtgttgtgtgttatgctaggttttgttaactgatgttttttgaggttgaagttgttttgttaactagttatatcatataacgtctaatgaggaacccaagacctggtttacag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA20G30740.4
intron # 3
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA20G30740.4 (Glycine max), 5'ss of exon 3
lower sequence: GRMZM5G843368_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 2
GTTCAAGCGAAGAAACAAACCTATAACTCGTTTGACGATTTGCTTGCCAATTCTGAGAAACCTGTGTTGGTTGACTTCTATGCAACCTGgtaagttgctccctctctgttttgtcttttctccgtatttgcg-tgttgtgtgttatgctaggttttgttaactgatgttttttgaggttgaagttgttttgttaactagttatatcatataacgtctaatgaggaacccaagacctggtttacag
||  |||| ||||| ||||| | |   || ||||| || ||||| |  || |||||||| ||  |||| ||||||||||||||||| ||||||||| ||  ||    ||  ||            | | ||| ||    |||| |||||  | |  ||| | |  | | |  | || |  ||||| | |   | | | |||                                            
GTGGAAGCTAAGAAGCAAACTTTTTCTTCATTTGATGAGTTGCTGGAGAAGTCTGAGAAGCCATTGTTAGTTGACTTCTATGCAACTTGgtaagttacttactggaagtaatg----------aaagtggcgatgacaggtgtcatgctgagcta-gttcagtactctctact-agatataagttctctccattatt-gttg-------------------------------------------
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|213604222|gb|DB974264.1|DB974264
EST:     TTGCTTGCCAATTCTGAGAAACCTGTGTTGGTTGACTTCTATGCAACCTG                         GTGTGGTCCTTGTCAATTTATGGTTCCCATACTCAATGAAGTAAGCACTCG
genomic: TTGCTTGCCAATTCTGAGAAACCTGTGTTGGTTGACTTCTATGCAACCTGgtaagttgct ... tggtttacagGTGTGGTCCTTGTCAATTTATGGTTCCCATACTCAATGAAGTAAGCACTCG
EST: gi|23726584|gb|BU761289.1|BU761289
EST:     TTGCTTGCCAATTCTGAGAAACCTGTGTTGGTTGACTTCTATGCAACCTG                         GTGTGGTCCTTGTCAATTTATGGTTCCCATACTCAATGAAGTAAGCACTCG
genomic: TTGCTTGCCAATTCTGAGAAACCTGTGTTGGTTGACTTCTATGCAACCTGgtaagttgct ... tggtttacagGTGTGGTCCTTGTCAATTTATGGTTCCCATACTCAATGAAGTAAGCACTCG
EST: gi|6667989|gb|AW279440.1|AW279440
EST:     TTGCTTGCCAATTCTGAGAAACCTGTGTTGGTTGACTTCTATGCAACCTG                         GTGTGGTCCTTGTCAATTTATGGTTCCTATACTCAATGAAGTAAGCACTCG
genomic: TTGCTTGCCAATTCTGAGAAACCTGTGTTGGTTGACTTCTATGCAACCTGgtaagttgct ... tggtttacagGTGTGGTCCTTGTCAATTTATGGTTCCCATACTCAATGAAGTAAGCACTCG
EST: gi|193363137|gb|FK326171.1|FK326171
EST:     TTGCTTGCCAATTCTGAGAAACCTGTGTTGGTTGACTTCTATGCAACCTG                         GTGTGGTCCTTGTCAATTTATGGTTCCCATACTCAATAGAAGTAAGCACTC
genomic: TTGCTTGCCAATTCTGAGAAACCTGTGTTGGTTGACTTCTATGCAACCTGgtaagttgct ... tggtttacagGTGTGGTCCTTGTCAATTTATGGTTCCCATACTCAAT-GAAGTAAGCACTC
EST: gi|254334469|gb|GR844254.1|GR844254
EST:     TTGCTTGCCAATTCTGAGAAACCTGTGTTGGTTGACTTCTATGCAACCTG                         GTGTGGTCCTTGTCAATTTATGGTTCCCATACTCAATGAAGTAAGCACTCG
genomic: TTGCTTGCCAATTCTGAGAAACCTGTGTTGGTTGACTTCTATGCAACCTGgtaagttgct ... tggtttacagGTGTGGTCCTTGTCAATTTATGGTTCCCATACTCAATGAAGTAAGCACTCG
EST: gi|10231415|gb|BE800303.1|BE800303
EST:     TTGCTTGCCAATTCTGAGAAACCTGTGTTGGTTGACTTCTATGCAACCTG                         GTGTGGTCCTTGTCAATTTATGGTTCCCATACTCAATGAAGTAAGCACTCG
genomic: TTGCTTGCCAATTCTGAGAAACCTGTGTTGGTTGACTTCTATGCAACCTGgtaagttgct ... tggtttacagGTGTGGTCCTTGTCAATTTATGGTTCCCATACTCAATGAAGTAAGCACTCG
EST: gi|209714626|gb|BW654038.1|BW654038
EST:     TTGCTTGCCAATTCTGAGAAACCTGTGTTGGTTGACTTCTATGCAACCTG                         GTGTGGTCCTTGTCAATTTATGGTTCCCATACTCAATGAAGTAAGCACTCG
genomic: TTGCTTGCCAATTCTGAGAAACCTGTGTTGGTTGACTTCTATGCAACCTGgtaagttgct ... tggtttacagGTGTGGTCCTTGTCAATTTATGGTTCCCATACTCAATGAAGTAAGCACTCG
EST: gi|298198493|gb|HO040032.1|HO040032
EST:     TTGCTTGCCAATTCTGAGAAACCTGTGTTGGTTGACTTCTATGCAACCTG                         GTGTGGTCCTTGTCAATTTATGGTTCCCATACTCAATGAAGTAAGCACTCG
genomic: TTGCTTGCCAATTCTGAGAAACCTGTGTTGGTTGACTTCTATGCAACCTGgtaagttgct ... tggtttacagGTGTGGTCCTTGTCAATTTATGGTTCCCATACTCAATGAAGTAAGCACTCG
EST: gi|20812770|gb|BQ297248.1|BQ297248
EST:     TTGCTTGCCAATTCTGAGAAACCTGTGTTGGTTGACTTCTATGCAACCTG                         GTGTGGTCCTTGTCAATTTATGGTTCCCATACTCAATGAAGTAAGCACTCG
genomic: TTGCTTGCCAATTCTGAGAAACCTGTGTTGGTTGACTTCTATGCAACCTGgtaagttgct ... tggtttacagGTGTGGTCCTTGTCAATTTATGGTTCCCATACTCAATGAAGTAAGCACTCG
EST: gi|10847634|gb|BF070281.1|BF070281
EST:     TTGCTTGCCAATTCTGAGAAACCTGTGTTGGTTGACTTCTATGCAACCTG                         GTGTGGTCCTTGTCAATTTATGGTTCCCATACTCAATGAAGTAAGCACTCG
genomic: TTGCTTGCCAATTCTGAGAAACCTGTGTTGGTTGACTTCTATGCAACCTGgtaagttgct ... tggtttacagGTGTGGTCCTTGTCAATTTATGGTTCCCATACTCAATGAAGTAAGCACTCG
EST: gi|192313926|gb|FK008778.1|FK008778
EST:     TTGCTTGCCAATTCTGAGAAACCTGTGTTGGTTGACTTCTATGCAACCTG                         GTGTGGTCCTTGTCAATTTATGGTTCCCATACTCAATGAAGTAAGCACTCG
genomic: TTGCTTGCCAATTCTGAGAAACCTGTGTTGGTTGACTTCTATGCAACCTGgtaagttgct ... tggtttacagGTGTGGTCCTTGTCAATTTATGGTTCCCATACTCAATGAAGTAAGCACTCG
EST: gi|10847375|gb|BF071528.1|BF071528
EST:     TTGCTTGCCAATTCTGAGAAACCTGTGTTGGTTGACTTCTATGCAACCTG                         GTGTGGTCCTTGTCAATTTATGGTTCCCATACTCAATGAAGTAAGCACTCG
genomic: TTGCTTGCCAATTCTGAGAAACCTGTGTTGGTTGACTTCTATGCAACCTGgtaagttgct ... tggtttacagGTGTGGTCCTTGTCAATTTATGGTTCCCATACTCAATGAAGTAAGCACTCG
EST: gi|17153165|gb|BM143098.1|BM143098
EST:     TTGCTTGCCAATTCTGAGAAACCTGTGTTGGTTGACTTCTATGCAACCTG                         GTGTGGTCCTTGTCAATTTATGGTTCCCATACTCAATGAAGTAAGCACTCG
genomic: TTGCTTGCCAATTCTGAGAAACCTGTGTTGGTTGACTTCTATGCAACCTGgtaagttgct ... tggtttacagGTGTGGTCCTTGTCAATTTATGGTTCCCATACTCAATGAAGTAAGCACTCG
EST: gi|151403275|gb|EV273085.1|EV273085
EST:     TTGCTTGCCAATTCTGAGAAACCTGTGTTGGTTGACTTCTATGCAACCTG                         GTGTGGTCCTTGTCAATTTATGGTTCCCATACTCAATGAAGTAAGCACTCG
genomic: TTGCTTGCCAATTCTGAGAAACCTGTGTTGGTTGACTTCTATGCAACCTGgtaagttgct ... tggtttacagGTGTGGTCCTTGTCAATTTATGGTTCCCATACTCAATGAAGTAAGCACTCG
EST: gi|10254490|gb|BE822256.1|BE822256
EST:     TTGCTTGCCAATNNNGAGAAACCTGTGTTGGTTGACTTCTATGCAANNTG                         GTGTGGTCCTTGTCAATTTATGGTTCCCATACTCAATGAAGTAAGCACTCG
genomic: TTGCTTGCCAATTCTGAGAAACCTGTGTTGGTTGACTTCTATGCAACCTGgtaagttgct ... tggtttacagGTGTGGTCCTTGTCAATTTATGGTTCCCATACTCAATGAAGTAAGCACTCG
EST: gi|207712273|gb|GD693317.1|GD693317
EST:     TTGCTTGCCAATTCTGAGAAACCTGTGTTGGTTGACTTCTATGCAACCTG                         GTGTGGTCCTTGTCAATTTATGGTTCCCATACTCAATGAAGTAAGCACTCG
genomic: TTGCTTGCCAATTCTGAGAAACCTGTGTTGGTTGACTTCTATGCAACCTGgtaagttgct ... tggtttacagGTGTGGTCCTTGTCAATTTATGGTTCCCATACTCAATGAAGTAAGCACTCG
EST: gi|9902987|gb|BE611955.1|BE611955
EST:     TTGCTTGCCAATTCTGAGAAACCTGTGTTGGTTGACTTCTATGCAACCTG                         GTGTGGTCCTTGTCAATTTATGGTTCCCATACTCAATGAAGTAAGCACTCG
genomic: TTGCTTGCCAATTCTGAGAAACCTGTGTTGGTTGACTTCTATGCAACCTGgtaagttgct ... tggtttacagGTGTGGTCCTTGTCAATTTATGGTTCCCATACTCAATGAAGTAAGCACTCG
EST: gi|207786234|gb|GD758641.1|GD758641
EST:     TTGCTTGCCAATTCTGAGAAACCTGTGTTGGTTGACTTCTATACAACCTG                         GTGTGGTCCTTGTCAATTTATGGTTCCCATACTCAATGAAGTAAGCACTCG
genomic: TTGCTTGCCAATTCTGAGAAACCTGTGTTGGTTGACTTCTATGCAACCTGgtaagttgct ... tggtttacagGTGTGGTCCTTGTCAATTTATGGTTCCCATACTCAATGAAGTAAGCACTCG
EST: gi|192313925|gb|FK008777.1|FK008777
EST:     TTGCTTGCCAATTCTGAGAAACCTGTGTTGGTTGACTTCTATGCAACCTG                         GTGTGGTCCTTGTCAATTTATGGTTCCCATACTCAATGAAGTAAGCACTCG
genomic: TTGCTTGCCAATTCTGAGAAACCTGTGTTGGTTGACTTCTATGCAACCTGgtaagttgct ... tggtttacagGTGTGGTCCTTGTCAATTTATGGTTCCCATACTCAATGAAGTAAGCACTCG
EST: gi|21600748|gb|BQ611079.1|BQ611079
EST:     TTGCTTGCCAATTCTGAGAAACCTGTGTTGGTTGACTTCTATGCAACCTG                         GTGTGGTCCTTGTCAATTTATGGTTCCCATACTCAATGAAGTAAGCACTCG
genomic: TTGCTTGCCAATTCTGAGAAACCTGTGTTGGTTGACTTCTATGCAACCTGgtaagttgct ... tggtttacagGTGTGGTCCTTGTCAATTTATGGTTCCCATACTCAATGAAGTAAGCACTCG
EST: gi|20812879|gb|BQ297357.1|BQ297357
EST:     TTGCTTGCCAATTCTGAGAAACCTGTGTTGGTTGACTTCTATGCAACCTG                         GTGTGGTCCTTGTCAATTTATGGTTCCCATACTCAATGAAGTAAGCACTCG
genomic: TTGCTTGCCAATTCTGAGAAACCTGTGTTGGTTGACTTCTATGCAACCTGgtaagttgct ... tggtttacagGTGTGGTCCTTGTCAATTTATGGTTCCCATACTCAATGAAGTAAGCACTCG
EST: gi|209717749|gb|BW654037.1|BW654037
EST:     TTGCTTGCCAATTCTGAGAAACCTGTGTTGGTTGACTTCTATGCAACCTG                         GTGTGGTCCTTGTCAATTTATGGTTCCCATACTCAATGAAGTAAGCACTCG
genomic: TTGCTTGCCAATTCTGAGAAACCTGTGTTGGTTGACTTCTATGCAACCTGgtaagttgct ... tggtttacagGTGTGGTCCTTGTCAATTTATGGTTCCCATACTCAATGAAGTAAGCACTCG