Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagttgctccctctctgttttgtcttttctccgtatttgcgtgttgtgtgttatgctaggttttgttaactgatgttttttgaggttgaagttgttttgttaactagttatatcatataacgtctaatgaggaacccaagacctggtttacagGTGTGGTCCTTGTCAATTTATGGTTCCCATACTCAATGAAGTAAGCACTCGGCTTAAGGATAAGATACAGGTGGTGAAGATTGATACTGAGAAGTATCCT

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA20G30740.4
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA20G30740.4 (Glycine max), 3'ss of exon 3
lower sequence: AT1G76760.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 2
------------------------gtaagttgctccctctctgtt-ttgtcttttctccgtatttgcgtgttgtgtgttatgc-taggttttgttaactgatgttttttgaggttgaagt-tgttt---tgttaactagttatatcatataacgtctaatgaggaacccaag------acctggtttacagGTGTGGTCCTTGTCAATTTATGGTTCCCATACTCAATGAAGTAAGCACTCGGCTTAAGGATAAGATACAGGTGGTGAAGATTGATACTGAGAAGTATCCT
                         |||  ||       |  ||  |  ||         || |||  | || |   | |||  |  || |  ||     |||||         || ||| |||||   | ||| | ||||   |  |  |||   | ||  |||| |  |          || ||  ||||||||||||||| || || |||||||| |||||||||||||| ||       || || || |||||||||||||||||||||||||| || || || || 
gtgagtttgttttggtgtcaaatgataacatgtgttagttgagtggtcatcaaccagttctagttgactattattcatcatgaatgagtatacttggtctatgttgggatccagtgtagtctgtttgcttattatcgagtttatttgttaaacagatgatttggaatcagaatgtactgtttgtttggcagGTGTGGTCCTTGCCAGTTCATGGTTCCAATACTCAATGAAGTGAGTGAAACCCTGAAAGACAAGATACAGGTGGTGAAGATTGATACCGAAAAATACCCC

upper sequence: GLYMA20G30740.4 (Glycine max), 3'ss of exon 3
lower sequence: AT1G43560.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 2
gtaagttgctccctctctgttttgtcttttctccgtatttgcgtgttgtgtgttatgctaggttttgttaactgatgttttttgaggttgaagttgttttgttaactagttatatcatataacgtctaatgaggaacccaagacctggtttacagGTGTGGTCCTTGTCAATTTATGGTTCCCATACTCAATGAAGTAAGCACTCGGCTTAAGGATAAGATACAGGTGGTGAAGATTGATACTGAGAAGTATCCT
                                                        |  || || |||| |    |  || ||   |    || | |||  |    |  ||   || ||||     |  | |   |     |   |   || |||||||||||| |||||  ||||||| || |||||||||||||| ||       || || ||||  ||    || ||||| ||||||||||||||||| || 
--------------------------------------------------------gtgagtttatgttcaggtgtacttgttatagcatcaggt-tttaatgtgttttttggttcttata-----tggttacagagttgtgtttt---ttgcagGTGTGGTCCATGTCAGCTTATGGTACCTATACTCAATGAAGTGAGTGAAACACTGAAAGATATAATTGCAGTTGTGAAAATTGATACTGAGAAGTACCCA
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|213604222|gb|DB974264.1|DB974264
EST:     TTGCTTGCCAATTCTGAGAAACCTGTGTTGGTTGACTTCTATGCAACCTG                         GTGTGGTCCTTGTCAATTTATGGTTCCCATACTCAATGAAGTAAGCACTCG
genomic: TTGCTTGCCAATTCTGAGAAACCTGTGTTGGTTGACTTCTATGCAACCTGgtaagttgct ... tggtttacagGTGTGGTCCTTGTCAATTTATGGTTCCCATACTCAATGAAGTAAGCACTCG
EST: gi|23726584|gb|BU761289.1|BU761289
EST:     TTGCTTGCCAATTCTGAGAAACCTGTGTTGGTTGACTTCTATGCAACCTG                         GTGTGGTCCTTGTCAATTTATGGTTCCCATACTCAATGAAGTAAGCACTCG
genomic: TTGCTTGCCAATTCTGAGAAACCTGTGTTGGTTGACTTCTATGCAACCTGgtaagttgct ... tggtttacagGTGTGGTCCTTGTCAATTTATGGTTCCCATACTCAATGAAGTAAGCACTCG
EST: gi|6667989|gb|AW279440.1|AW279440
EST:     TTGCTTGCCAATTCTGAGAAACCTGTGTTGGTTGACTTCTATGCAACCTG                         GTGTGGTCCTTGTCAATTTATGGTTCCTATACTCAATGAAGTAAGCACTCG
genomic: TTGCTTGCCAATTCTGAGAAACCTGTGTTGGTTGACTTCTATGCAACCTGgtaagttgct ... tggtttacagGTGTGGTCCTTGTCAATTTATGGTTCCCATACTCAATGAAGTAAGCACTCG
EST: gi|193363137|gb|FK326171.1|FK326171
EST:     TTGCTTGCCAATTCTGAGAAACCTGTGTTGGTTGACTTCTATGCAACCTG                         GTGTGGTCCTTGTCAATTTATGGTTCCCATACTCAATAGAAGTAAGCACTC
genomic: TTGCTTGCCAATTCTGAGAAACCTGTGTTGGTTGACTTCTATGCAACCTGgtaagttgct ... tggtttacagGTGTGGTCCTTGTCAATTTATGGTTCCCATACTCAAT-GAAGTAAGCACTC
EST: gi|254334469|gb|GR844254.1|GR844254
EST:     TTGCTTGCCAATTCTGAGAAACCTGTGTTGGTTGACTTCTATGCAACCTG                         GTGTGGTCCTTGTCAATTTATGGTTCCCATACTCAATGAAGTAAGCACTCG
genomic: TTGCTTGCCAATTCTGAGAAACCTGTGTTGGTTGACTTCTATGCAACCTGgtaagttgct ... tggtttacagGTGTGGTCCTTGTCAATTTATGGTTCCCATACTCAATGAAGTAAGCACTCG
EST: gi|10231415|gb|BE800303.1|BE800303
EST:     TTGCTTGCCAATTCTGAGAAACCTGTGTTGGTTGACTTCTATGCAACCTG                         GTGTGGTCCTTGTCAATTTATGGTTCCCATACTCAATGAAGTAAGCACTCG
genomic: TTGCTTGCCAATTCTGAGAAACCTGTGTTGGTTGACTTCTATGCAACCTGgtaagttgct ... tggtttacagGTGTGGTCCTTGTCAATTTATGGTTCCCATACTCAATGAAGTAAGCACTCG
EST: gi|209714626|gb|BW654038.1|BW654038
EST:     TTGCTTGCCAATTCTGAGAAACCTGTGTTGGTTGACTTCTATGCAACCTG                         GTGTGGTCCTTGTCAATTTATGGTTCCCATACTCAATGAAGTAAGCACTCG
genomic: TTGCTTGCCAATTCTGAGAAACCTGTGTTGGTTGACTTCTATGCAACCTGgtaagttgct ... tggtttacagGTGTGGTCCTTGTCAATTTATGGTTCCCATACTCAATGAAGTAAGCACTCG
EST: gi|298198493|gb|HO040032.1|HO040032
EST:     TTGCTTGCCAATTCTGAGAAACCTGTGTTGGTTGACTTCTATGCAACCTG                         GTGTGGTCCTTGTCAATTTATGGTTCCCATACTCAATGAAGTAAGCACTCG
genomic: TTGCTTGCCAATTCTGAGAAACCTGTGTTGGTTGACTTCTATGCAACCTGgtaagttgct ... tggtttacagGTGTGGTCCTTGTCAATTTATGGTTCCCATACTCAATGAAGTAAGCACTCG
EST: gi|20812770|gb|BQ297248.1|BQ297248
EST:     TTGCTTGCCAATTCTGAGAAACCTGTGTTGGTTGACTTCTATGCAACCTG                         GTGTGGTCCTTGTCAATTTATGGTTCCCATACTCAATGAAGTAAGCACTCG
genomic: TTGCTTGCCAATTCTGAGAAACCTGTGTTGGTTGACTTCTATGCAACCTGgtaagttgct ... tggtttacagGTGTGGTCCTTGTCAATTTATGGTTCCCATACTCAATGAAGTAAGCACTCG
EST: gi|10847634|gb|BF070281.1|BF070281
EST:     TTGCTTGCCAATTCTGAGAAACCTGTGTTGGTTGACTTCTATGCAACCTG                         GTGTGGTCCTTGTCAATTTATGGTTCCCATACTCAATGAAGTAAGCACTCG
genomic: TTGCTTGCCAATTCTGAGAAACCTGTGTTGGTTGACTTCTATGCAACCTGgtaagttgct ... tggtttacagGTGTGGTCCTTGTCAATTTATGGTTCCCATACTCAATGAAGTAAGCACTCG
EST: gi|192313926|gb|FK008778.1|FK008778
EST:     TTGCTTGCCAATTCTGAGAAACCTGTGTTGGTTGACTTCTATGCAACCTG                         GTGTGGTCCTTGTCAATTTATGGTTCCCATACTCAATGAAGTAAGCACTCG
genomic: TTGCTTGCCAATTCTGAGAAACCTGTGTTGGTTGACTTCTATGCAACCTGgtaagttgct ... tggtttacagGTGTGGTCCTTGTCAATTTATGGTTCCCATACTCAATGAAGTAAGCACTCG
EST: gi|10847375|gb|BF071528.1|BF071528
EST:     TTGCTTGCCAATTCTGAGAAACCTGTGTTGGTTGACTTCTATGCAACCTG                         GTGTGGTCCTTGTCAATTTATGGTTCCCATACTCAATGAAGTAAGCACTCG
genomic: TTGCTTGCCAATTCTGAGAAACCTGTGTTGGTTGACTTCTATGCAACCTGgtaagttgct ... tggtttacagGTGTGGTCCTTGTCAATTTATGGTTCCCATACTCAATGAAGTAAGCACTCG
EST: gi|17153165|gb|BM143098.1|BM143098
EST:     TTGCTTGCCAATTCTGAGAAACCTGTGTTGGTTGACTTCTATGCAACCTG                         GTGTGGTCCTTGTCAATTTATGGTTCCCATACTCAATGAAGTAAGCACTCG
genomic: TTGCTTGCCAATTCTGAGAAACCTGTGTTGGTTGACTTCTATGCAACCTGgtaagttgct ... tggtttacagGTGTGGTCCTTGTCAATTTATGGTTCCCATACTCAATGAAGTAAGCACTCG
EST: gi|151403275|gb|EV273085.1|EV273085
EST:     TTGCTTGCCAATTCTGAGAAACCTGTGTTGGTTGACTTCTATGCAACCTG                         GTGTGGTCCTTGTCAATTTATGGTTCCCATACTCAATGAAGTAAGCACTCG
genomic: TTGCTTGCCAATTCTGAGAAACCTGTGTTGGTTGACTTCTATGCAACCTGgtaagttgct ... tggtttacagGTGTGGTCCTTGTCAATTTATGGTTCCCATACTCAATGAAGTAAGCACTCG
EST: gi|10254490|gb|BE822256.1|BE822256
EST:     TTGCTTGCCAATNNNGAGAAACCTGTGTTGGTTGACTTCTATGCAANNTG                         GTGTGGTCCTTGTCAATTTATGGTTCCCATACTCAATGAAGTAAGCACTCG
genomic: TTGCTTGCCAATTCTGAGAAACCTGTGTTGGTTGACTTCTATGCAACCTGgtaagttgct ... tggtttacagGTGTGGTCCTTGTCAATTTATGGTTCCCATACTCAATGAAGTAAGCACTCG
EST: gi|207712273|gb|GD693317.1|GD693317
EST:     TTGCTTGCCAATTCTGAGAAACCTGTGTTGGTTGACTTCTATGCAACCTG                         GTGTGGTCCTTGTCAATTTATGGTTCCCATACTCAATGAAGTAAGCACTCG
genomic: TTGCTTGCCAATTCTGAGAAACCTGTGTTGGTTGACTTCTATGCAACCTGgtaagttgct ... tggtttacagGTGTGGTCCTTGTCAATTTATGGTTCCCATACTCAATGAAGTAAGCACTCG
EST: gi|9902987|gb|BE611955.1|BE611955
EST:     TTGCTTGCCAATTCTGAGAAACCTGTGTTGGTTGACTTCTATGCAACCTG                         GTGTGGTCCTTGTCAATTTATGGTTCCCATACTCAATGAAGTAAGCACTCG
genomic: TTGCTTGCCAATTCTGAGAAACCTGTGTTGGTTGACTTCTATGCAACCTGgtaagttgct ... tggtttacagGTGTGGTCCTTGTCAATTTATGGTTCCCATACTCAATGAAGTAAGCACTCG
EST: gi|207786234|gb|GD758641.1|GD758641
EST:     TTGCTTGCCAATTCTGAGAAACCTGTGTTGGTTGACTTCTATACAACCTG                         GTGTGGTCCTTGTCAATTTATGGTTCCCATACTCAATGAAGTAAGCACTCG
genomic: TTGCTTGCCAATTCTGAGAAACCTGTGTTGGTTGACTTCTATGCAACCTGgtaagttgct ... tggtttacagGTGTGGTCCTTGTCAATTTATGGTTCCCATACTCAATGAAGTAAGCACTCG
EST: gi|192313925|gb|FK008777.1|FK008777
EST:     TTGCTTGCCAATTCTGAGAAACCTGTGTTGGTTGACTTCTATGCAACCTG                         GTGTGGTCCTTGTCAATTTATGGTTCCCATACTCAATGAAGTAAGCACTCG
genomic: TTGCTTGCCAATTCTGAGAAACCTGTGTTGGTTGACTTCTATGCAACCTGgtaagttgct ... tggtttacagGTGTGGTCCTTGTCAATTTATGGTTCCCATACTCAATGAAGTAAGCACTCG
EST: gi|21600748|gb|BQ611079.1|BQ611079
EST:     TTGCTTGCCAATTCTGAGAAACCTGTGTTGGTTGACTTCTATGCAACCTG                         GTGTGGTCCTTGTCAATTTATGGTTCCCATACTCAATGAAGTAAGCACTCG
genomic: TTGCTTGCCAATTCTGAGAAACCTGTGTTGGTTGACTTCTATGCAACCTGgtaagttgct ... tggtttacagGTGTGGTCCTTGTCAATTTATGGTTCCCATACTCAATGAAGTAAGCACTCG
EST: gi|20812879|gb|BQ297357.1|BQ297357
EST:     TTGCTTGCCAATTCTGAGAAACCTGTGTTGGTTGACTTCTATGCAACCTG                         GTGTGGTCCTTGTCAATTTATGGTTCCCATACTCAATGAAGTAAGCACTCG
genomic: TTGCTTGCCAATTCTGAGAAACCTGTGTTGGTTGACTTCTATGCAACCTGgtaagttgct ... tggtttacagGTGTGGTCCTTGTCAATTTATGGTTCCCATACTCAATGAAGTAAGCACTCG
EST: gi|209717749|gb|BW654037.1|BW654037
EST:     TTGCTTGCCAATTCTGAGAAACCTGTGTTGGTTGACTTCTATGCAACCTG                         GTGTGGTCCTTGTCAATTTATGGTTCCCATACTCAATGAAGTAAGCACTCG
genomic: TTGCTTGCCAATTCTGAGAAACCTGTGTTGGTTGACTTCTATGCAACCTGgtaagttgct ... tggtttacagGTGTGGTCCTTGTCAATTTATGGTTCCCATACTCAATGAAGTAAGCACTCG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gttaactagttatatcatataacgtctaatgaggaacccaagacctggtttacagGTGTGGTCCTTGTCAATTTATGGTTCCCATACTCAATGAAGTAAGCACTCGGCTTAAGGATAAGATACAGGTGGTGAAGATTGATACTGAGAAGTATCCT
      tagttatatcatataa  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtaagttgctccctctctgttttgtcttttctccgtatttgcgtgttgtgtgttatgctaggttttgttaactgatgttttttgaggttgaagttgttttgttaactagttatatcatataacgtctaatgaggaacccaagacctggtttacagGTGTGGTCCTTGTCAATTTATGGTTCCCATACTCAATGAAGTAAGCACTCGGCTTAAGGATAAGATACAGGTGGTGAAGATTGATACTGAGAAGTATCCT

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGT