Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...ttgtttggtttctgtgcacctatggactgagtttaagttttcttttgaattcattctaaaatttaattttttttaatcactaatttgggatattttgcagCTTGTGTTAAGCACTGGAAGTGGTGTTAATGGTTTCACCCTTGATCCATCTCTTGGGGAGTTCATTCTAACTCACCCTGACATCAAG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA20G30620.3
intron # 6
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA20G30620.3 (Glycine max), 3'ss of exon 6
lower sequence: PP1S385_43V6.1 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 6
-ttgtttggtt-tctgtgcacctatggactgagtttaagttt-tcttttgaattcattctaaaatttaatttt--ttttaatcactaatttgggatattttgcagCTTGTGTTAAGCACTGGAAGTGGTGTTAATGGTTTCACCCTTGATCCATCTCTTGGGGAGTTCATTCTAACTCACCCTGACATCAAG
 |||  | ||  ||  |   | ||| || |  |    || |  |||  || |    |  ||    ||   |    | | | | || |  |||   | | |||||| | ||  | ||||| ||   ||| |||||||| |||||||| ||||| || ||||||||||||||  | || |||||||||||||||
tttgcctagtcatccat---cttatcgaatttgcaccagctaatctggtggaggt-tagtagtgcttgcctagagtctcagtaacaaggttgtc-tgtattgcagTTGGTACTGAGCACAGGTGCTGGGGTTAATGGCTTCACCCTCGATCCTTCACTTGGGGAGTTCATCTTGACGCACCCTGACATCAAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|120529729|gb|EH257863.1|EH257863
EST:     GGAAGAACATGTTGGCAGCTGGTTATTGCATGTATGGAAGCTCTTGCACG                         CTTGTGTTAAGCACTGGAAGTGGTGTTAATGGTTTCACCCTTGATCCAT
genomic: GGAAGAACATGTTGGCAGCTGGTTATTGCATGTATGGAAGCTCTTGCACGgtatgataaa ... tattttgcagCTTGTGTTAAGCACTGGAAGTGGTGTTAATGGTTTCACCCTTGATCCAT
EST: gi|192316335|gb|FK011680.1|FK011680
EST:     GGAAGAACATGTTGGCAGCTGGTTATTGCATGTATGGAAGCTCTTGCACG                         CTTGTGTTAAGCACTGGAAGTGGTGTTAATGGTTTCACCCTTGATCCATCT
genomic: GGAAGAACATGTTGGCAGCTGGTTATTGCATGTATGGAAGCTCTTGCACGgtatgataaa ... tattttgcagCTTGTGTTAAGCACTGGAAGTGGTGTTAATGGTTTCACCCTTGATCCATCT
EST: gi|20497840|gb|BQ272770.1|BQ272770
EST:     GGAAGAACATGTTGGCAGCTGGTTATTGCATGTATGGAAGCTCTTGCACG                         CTTGTGTTAAACATTGGAAGTGGTGGTAATGGTTTTACCCTTGATCCATCT
genomic: GGAAGAACATGTTGGCAGCTGGTTATTGCATGTATGGAAGCTCTTGCACGgtatgataaa ... tattttgcagCTTGTGTTAAGCACTGGAAGTGGTGTTAATGGTTTCACCCTTGATCCATCT
EST: gi|8670382|gb|BE191489.1|BE191489
EST:     GGAAGAACATGTTGGCAGCTGGTTATTGCATGTATGGAAGCTCTTGCACG                         CTTGTGTTAAGCACTGGAAGTGGTGTTAATGGTTTCACCCTTGATCCATCT
genomic: GGAAGAACATGTTGGCAGCTGGTTATTGCATGTATGGAAGCTCTTGCACGgtatgataaa ... tattttgcagCTTGTGTTAAGCACTGGAAGTGGTGTTAATGGTTTCACCCTTGATCCATCT
EST: gi|209707338|gb|BW670901.1|BW670901
EST:     GGAAGAACATGTTGGCAGCTGGTTATTGCATGTATGGAAGCTCTTGCACG                         CTTGTGTTAAGCA
genomic: GGAAGAACATGTTGGCAGCTGGTTATTGCATGTATGGAAGCTCTTGCACGgtatgataaa ... tattttgcagCTTGTGTTAAGCA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tgaattcattctaaaatttaattttttttaatcactaatttgggatattttgcagCTTGTGTTAAGCACTGGAAGTGGTGTTAATGGTTTCACCCTTGATCCATCTCTTGGGGAGTTCATTCTAACTCACCCTGACATCAAG
                                cactaat  putative branch site (score: 2)
           taaaatttaatttttt  TA-rich tract