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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...ataaggatacaatgtactctttttaacccagaataggattcaaacactcctcgtgtttcatatgggattttcctgacaccttgtccaacctttaatgcagGGAGCAGCAACAACATGCTATGTAGCATTGCACCCACAAGTAAAGGGAATCAGTGGCAAGTATTTTTCAGACAGTAATTTGGCAAAAACAACCGCACAGG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA20G30080.1
intron # 7
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|151394515|gb|EV264386.1|EV264386
EST:     GTCTAATTAATGTGATTGGGAGACTGGTGCTTAAAA-TGTCCAGCAG                         G-AGCAGCA-CA-CATGCTATGTAGCATTGCACCCCACAAGT
genomic: GTCTAATTAATGTGATTGGGAGACTGGTGCTTAAAAATGTCCAGCAGgtacgttgaa ... tttaatgcagGGAGCAGCAACAACATGCTATGTAGCATTGCACCC-ACAAGT
EST: gi|14516408|gb|BI095080.1|BI095080
EST:     GTCTAATTAATGTGATTGGGAGACTGGTGCTTAAAAATGTCCAGCAG                         GGAGCAGCAACAACATGCTATGTAGCATTGCACCCACAAGTAAAGGGAATC
genomic: GTCTAATTAATGTGATTGGGAGACTGGTGCTTAAAAATGTCCAGCAGgtacgttgaa ... tttaatgcagGGAGCAGCAACAACATGCTATGTAGCATTGCACCCACAAGTAAAGGGAATC
EST: gi|8825731|gb|BE209397.1|BE209397
EST:     GGAGACTGGTGCTTAAAAATGTCCAGCAG                         GGAGCAGCAACAACATGCTATGTAGCATTGCACCCACAAGTAAAGGGAATC
genomic: GGAGACTGGTGCTTAAAAATGTCCAGCAGgtacgttgaa ... tttaatgcagGGAGCAGCAACAACATGCTATGTAGCATTGCACCCACAAGTAAAGGGAATC
EST: gi|19452661|gb|BM954071.1|BM954071
EST:     GTCTAATTAATGTGATTGGGAGACTGGTGCTTAAAAATGTCCAGCAG                         GGAGCAGCAACAACATGCTATGTAGCATTGCACCCACAAGTAAAGGGAATC
genomic: GTCTAATTAATGTGATTGGGAGACTGGTGCTTAAAAATGTCCAGCAGgtacgttgaa ... tttaatgcagGGAGCAGCAACAACATGCTATGTAGCATTGCACCCACAAGTAAAGGGAATC
EST: gi|14205703|gb|BG839381.1|BG839381
EST:     GTCTAATTAATGTGATTGGGAGACTGGTGCTTAAAAATGTCCAGCAG                         GGAGCAGCAACAACATGCTATGTAGCATTGCACCCACAAGTAAAGGGAATC
genomic: GTCTAATTAATGTGATTGGGAGACTGGTGCTTAAAAATGTCCAGCAGgtacgttgaa ... tttaatgcagGGAGCAGCAACAACATGCTATGTAGCATTGCACCCACAAGTAAAGGGAATC
EST: gi|31472649|gb|CD414677.1|CD414677
EST:     GTCTAATTAATGTGATTGGGAGACTGGTGCTTAAAAATGTCCAGCAG                         GGAGCAGCAACAACATGCTATGTAGCATTGCACCCACAAGTAAAGGGAATC
genomic: GTCTAATTAATGTGATTGGGAGACTGGTGCTTAAAAATGTCCAGCAGgtacgttgaa ... tttaatgcagGGAGCAGCAACAACATGCTATGTAGCATTGCACCCACAAGTAAAGGGAATC
EST: gi|31473948|gb|CD415976.1|CD415976
EST:     GTCTAATTAATGTGATTGGGAGACTGGTGCTTAAAAATGTCCAGCAG                         GGAGCAGCAACAACATGCTATGTAGCATTGCACCCACAAGTAAAGGGAATC
genomic: GTCTAATTAATGTGATTGGGAGACTGGTGCTTAAAAATGTCCAGCAGgtacgttgaa ... tttaatgcagGGAGCAGCAACAACATGCTATGTAGCATTGCACCCACAAGTAAAGGGAATC
EST: gi|14206074|gb|BG839752.1|BG839752
EST:     GTCTAATTAATGTGATTGGGAGACTGGTGCTTAAAAATGTCCAGCAG                         GGAGCAGCAACAACATGCTATGTAGCATTGCACCCACAAGTAAAGGGAATC
genomic: GTCTAATTAATGTGATTGGGAGACTGGTGCTTAAAAATGTCCAGCAGgtacgttgaa ... tttaatgcagGGAGCAGCAACAACATGCTATGTAGCATTGCACCCACAAGTAAAGGGAATC
EST: gi|10232148|gb|BE801036.1|BE801036
EST:     GTCTAATTAATGTGATTGGGAGACTGGTGCTTAAAAATGTCCAGCAG                         GGAGCAGCAACAACATGCTATGTAGCATTGCACCCACAAGTAAAGGGAATC
genomic: GTCTAATTAATGTGATTGGGAGACTGGTGCTTAAAAATGTCCAGCAGgtacgttgaa ... tttaatgcagGGAGCAGCAACAACATGCTATGTAGCATTGCACCCACAAGTAAAGGGAATC
EST: gi|209715121|gb|BW677164.1|BW677164
EST:     GTCTAATTAATGTGATTGGGAGACTGGTGCTTAAAAATGTCCAGCAG                         GGAGCAGCAACAACATGCTATGTAGCATTGCACCCCCAAGTAAAGGGAATC
genomic: GTCTAATTAATGTGATTGGGAGACTGGTGCTTAAAAATGTCCAGCAGgtacgttgaa ... tttaatgcagGGAGCAGCAACAACATGCTATGTAGCATTGCACCCACAAGTAAAGGGAATC
EST: gi|22930059|gb|BU547198.1|BU547198
EST:     GTCTAATTAATGTGATTGGGAGACTGGTGCTTAAAAATGTCCAGCAG                         GGAGCAGCAACAACATGCTATGTAGCATTGCACCCACAAGTAAAGGGAATC
genomic: GTCTAATTAATGTGATTGGGAGACTGGTGCTTAAAAATGTCCAGCAGgtacgttgaa ... tttaatgcagGGAGCAGCAACAACATGCTATGTAGCATTGCACCCACAAGTAAAGGGAATC
EST: gi|31471558|gb|CD413586.1|CD413586
EST:     GTCTAATTAATGTGATTGGGAGACTGGTGCTTAAAAATGTCCAGCAG                         GGAGCAGCAACAACATGCTATGTAGCATTGCACCCACAAGTAAAGGGAATC
genomic: GTCTAATTAATGTGATTGGGAGACTGGTGCTTAAAAATGTCCAGCAGgtacgttgaa ... tttaatgcagGGAGCAGCAACAACATGCTATGTAGCATTGCACCCACAAGTAAAGGGAATC
EST: gi|192319094|gb|FK010630.1|FK010630
EST:     GTCTAATTAATGTGATTGGGAGACTGGTGCTTAAAAATGTCCAGCAG                         GGAGCAGCAACAACATACTATGTAGCATTGCACCCACAAGTAAAGGGAATC
genomic: GTCTAATTAATGTGATTGGGAGACTGGTGCTTAAAAATGTCCAGCAGgtacgttgaa ... tttaatgcagGGAGCAGCAACAACATGCTATGTAGCATTGCACCCACAAGTAAAGGGAATC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

actcctcgtgtttcatatgggattttcctgacaccttgtccaacctttaatgcagGGAGCAGCAACAACATGCTATGTAGCATTGCACCCACAAGTAAAGGGAATCAGTGGCAAGTATTTTTCAGACAGTAATTTGGCAAAAACAACCGCACAGG
                                           ccttt  CT-rich tract
 tttcatat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
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ataaggatacaatgtactctttttaacccagaataggattcaaacactcctcgtgtttcatatgggattttcctgacaccttgtccaacctttaatgcagGGAGCAGCAACAACATGCTATGTAGCATTGCACCCACAAGTAAAGGGAATCAGTGGCAAGTATTTTTCAGACAGTAATTTGGCAAAAACAACCGCACAGG

- - - - - aatgtac
- - - - - - - - - - - - - cccagaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - caaacac
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - caccttg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tccaacc