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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...ctacatcaattcctgtctatgaaatttgtttattttttttttattgcagataatgatagtagctgagttttatgtgtatatttctgtttgatttgagcagGTCTAATTAATGTGATTGGGAGACTGGTGCTTAAAAATGTCCAGCAG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA20G30080.1
intron # 6
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|151394515|gb|EV264386.1|EV264386
EST:     TCCAGGAACAATCACCACCAATCTTTTCCGGCATAACAGTGCAGTGAATG                         GTCTAATTAATGTGATTGGGAGACTGGTGCTTAAAA-TGTCCAGCAG
genomic: TCCAGGAACAATCACCACCAATCTTTTCCGGCATAACAGTGCAGTGAATGgtaactacca ... atttgagcagGTCTAATTAATGTGATTGGGAGACTGGTGCTTAAAAATGTCCAGCAG
EST: gi|14516408|gb|BI095080.1|BI095080
EST:     TCCAGGAACAATCACCACCAATCTTTTCCGGCATAACAGTGCAGTGAATG                         GTCTAATTAATGTGATTGGGAGACTGGTGCTTAAAAATGTCCAGCAG
genomic: TCCAGGAACAATCACCACCAATCTTTTCCGGCATAACAGTGCAGTGAATGgtaactacca ... atttgagcagGTCTAATTAATGTGATTGGGAGACTGGTGCTTAAAAATGTCCAGCAG
EST: gi|19452661|gb|BM954071.1|BM954071
EST:     TCCAGGAACAATCACCACCAATCTTTTCCGGCATAACAGTGCAGTGAATG                         GTCTAATTAATGTGATTGGGAGACTGGTGCTTAAAAATGTCCAGCAG
genomic: TCCAGGAACAATCACCACCAATCTTTTCCGGCATAACAGTGCAGTGAATGgtaactacca ... atttgagcagGTCTAATTAATGTGATTGGGAGACTGGTGCTTAAAAATGTCCAGCAG
EST: gi|14205703|gb|BG839381.1|BG839381
EST:     TCCAGGAACAATCACCACCAATCTTTTCCGGCATAACAGTGCAGTGAATG                         GTCTAATTAATGTGATTGGGAGACTGGTGCTTAAAAATGTCCAGCAG
genomic: TCCAGGAACAATCACCACCAATCTTTTCCGGCATAACAGTGCAGTGAATGgtaactacca ... atttgagcagGTCTAATTAATGTGATTGGGAGACTGGTGCTTAAAAATGTCCAGCAG
EST: gi|31472649|gb|CD414677.1|CD414677
EST:     ATCTTTTCCGGCATAACAGTGCAGTGAATG                         GTCTAATTAATGTGATTGGGAGACTGGTGCTTAAAAATGTCCAGCAG
genomic: ATCTTTTCCGGCATAACAGTGCAGTGAATGgtaactacca ... atttgagcagGTCTAATTAATGTGATTGGGAGACTGGTGCTTAAAAATGTCCAGCAG
EST: gi|31473948|gb|CD415976.1|CD415976
EST:     TCCAGGAACAATCACCACCAATCTTTTCCGGCATAACAGTGCAGTGAATG                         GTCTAATTAATGTGATTGGGAGACTGGTGCTTAAAAATGTCCAGCAG
genomic: TCCAGGAACAATCACCACCAATCTTTTCCGGCATAACAGTGCAGTGAATGgtaactacca ... atttgagcagGTCTAATTAATGTGATTGGGAGACTGGTGCTTAAAAATGTCCAGCAG
EST: gi|14206074|gb|BG839752.1|BG839752
EST:     TCCAGGAACAATCACCACCAATCTTTTCCGGCATAACAGTGCAGTGAATG                         GTCTAATTAATGTGATTGGGAGACTGGTGCTTAAAAATGTCCAGCAG
genomic: TCCAGGAACAATCACCACCAATCTTTTCCGGCATAACAGTGCAGTGAATGgtaactacca ... atttgagcagGTCTAATTAATGTGATTGGGAGACTGGTGCTTAAAAATGTCCAGCAG
EST: gi|10232148|gb|BE801036.1|BE801036
EST:     TCCAGGAACAATCACCACCAATCTTTTCCGGCATAACAGTGCAGTGAATG                         GTCTAATTAATGTGATTGGGAGACTGGTGCTTAAAAATGTCCAGCAG
genomic: TCCAGGAACAATCACCACCAATCTTTTCCGGCATAACAGTGCAGTGAATGgtaactacca ... atttgagcagGTCTAATTAATGTGATTGGGAGACTGGTGCTTAAAAATGTCCAGCAG
EST: gi|209715121|gb|BW677164.1|BW677164
EST:     TCCAGGAACAATCACCACCAATCTTTTCCGGCATAACAGTGCAGTGAATG                         GTCTAATTAATGTGATTGGGAGACTGGTGCTTAAAAATGTCCAGCAG
genomic: TCCAGGAACAATCACCACCAATCTTTTCCGGCATAACAGTGCAGTGAATGgtaactacca ... atttgagcagGTCTAATTAATGTGATTGGGAGACTGGTGCTTAAAAATGTCCAGCAG
EST: gi|22930059|gb|BU547198.1|BU547198
EST:     TCCAGGAACAATCACCACCAATCTTTTCCGGCATAACAGTGCAGTGAATG                         GTCTAATTAATGTGATTGGGAGACTGGTGCTTAAAAATGTCCAGCAG
genomic: TCCAGGAACAATCACCACCAATCTTTTCCGGCATAACAGTGCAGTGAATGgtaactacca ... atttgagcagGTCTAATTAATGTGATTGGGAGACTGGTGCTTAAAAATGTCCAGCAG
EST: gi|31471558|gb|CD413586.1|CD413586
EST:     TCCAGGAACAATCACCACCAATCTTTTCCGGCATAACAGTGCAGTGAATG                         GTCTAATTAATGTGATTGGGAGACTGGTGCTTAAAAATGTCCAGCAG
genomic: TCCAGGAACAATCACCACCAATCTTTTCCGGCATAACAGTGCAGTGAATGgtaactacca ... atttgagcagGTCTAATTAATGTGATTGGGAGACTGGTGCTTAAAAATGTCCAGCAG
EST: gi|192319094|gb|FK010630.1|FK010630
EST:     TCCAGGAACAATCACCACCAATCTTTTCCGGCATAACAGTGCAGTGAATG                         GTCTAATTAATGTGATTGGGAGACTGGTGCTTAAAAATGTCCAGCAG
genomic: TCCAGGAACAATCACCACCAATCTTTTCCGGCATAACAGTGCAGTGAATGgtaactacca ... atttgagcagGTCTAATTAATGTGATTGGGAGACTGGTGCTTAAAAATGTCCAGCAG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gcagataatgatagtagctgagttttatgtgtatatttctgtttgatttgagcagGTCTAATTAATGTGATTGGGAGACTGGTGCTTAAAAATGTCCAGCAG
                                        gtttgat  putative branch site (score: 5)
                      ttttatgtgtatattt  TA-rich tract