Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AGAAACCTTGTCACCTTGCATGGATATGCTCTTACTCCCTATGGAAATCTCCTTTTCTATGACTATATGGCGAATGGCTCACTGTGGGATCTTCTACATGgtaatgttgctcaactgctaggattttcttaattgaattagtagatgattttgaaattatttgtagcaagtgttactttaaatgtggtactttttgacat...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA20G29010.1
intron # 20
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA20G29010.1 (Glycine max), 5'ss of exon 20
lower sequence: AT5G62230.2 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 23
AGAAACCTTGTCACCTTGCATGGATATGCTCTTACTCCCTATGGAAATCTCCTTTTCTATGACTATATGGCGAATGGCTCACTGTGGGATCTTCTACATGgtaatgttgctcaactgctaggattttcttaattgaattagtagatgattttgaaattatttgtagcaagtgttactttaaatgtggtactttttgacat
|||||| | |||| |||||||||||||||  |  ||||   ||| || || |||||||||||||| ||||  ||||| ||||| ||||| ||||| ||||||||  |     ||||  |    |||  || | |   | |     ||||||  | || |   |||  ||    |  ||| | | |  |  | ||  | | 
AGAAACATAGTCAGCTTGCATGGATATGCCTTGTCTCCTACTGGCAACCTTCTTTTCTATGACTACATGGAAAATGGATCACTTTGGGACCTTCTTCATGgtaagttcttctaactttt----tttggttcaatttgtgaaagattgatttgcagataaacggtaaaaa----tgttttgatttttattttcttgaaaag