1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
...agaaatggagctggagcatgagtgacaatatcctagcttttatgagttatttatttgtttgaacatttacagctgacttctttccttgtcatttttgtagCTGCAGTGCTAGAGCAAAGGAATGGTTCTGCTGCTGGAATTGATTCTACCGTTGGAGAATCCTCTCCTACTGTGCCAATTAAAGAAAAGCTTGAAGAGAG
species | Glycine max |
transcript | GLYMA20G02500.1 |
intron # | 4 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CCTTGAACTTGATCTCATTACAACAAATGAAGCACTCCAAG CTGCAGTGCTAGAGCAAAGGAATGGTTCTGCTGCTGGAATTGATTCTACCGEST: gi|51336644|gb|CO980510.1|CO980510
genomic: CCTTGAACTTGATCTCATTACAACAAATGAAGCACTCCAAGgtttgcaaac ... atttttgtagCTGCAGTGCTAGAGCAAAGGAATGGTTCTGCTGCTGGAATTGATTCTACCG
EST: TCTTGATCTCCTTGAACTTGATCTCATTACAACAAATGAAGCACTCCAAG CTGCAGTGCTAGAGCAAAGGAATGGTTCTGCTGCTGGAATTGATTCTACCG
genomic: TCTTGATCTCCTTGAACTTGATCTCATTACAACAAATGAAGCACTCCAAGgtttgcaaac ... atttttgtagCTGCAGTGCTAGAGCAAAGGAATGGTTCTGCTGCTGGAATTGATTCTACCG
gttatttatttgtttgaacatttacagctgacttctttccttgtcatttttgtagCTGCAGTGCTAGAGCAAAGGAATGGTTCTGCTGCTGGAATTGATTCTACCGTTGGAGAATCCTCTCCTACTGTGCCAATTAAAGAAAAGCTTGAAGAGAG
agctgac putative branch site (score: 3)
cttctttccttgtcat CT-rich tract
ttatttgttt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| agaaatggagctggagcatgagtgacaatatcctagcttttatgagttatttatttgtttgaacatttacagctgacttctttccttgtcatttttgtagCTGCAGTGCTAGAGCAAAGGAATGGTTCTGCTGCTGGAATTGATTCTACCGTTGGAGAATCCTCTCCTACTGTGCCAATTAAAGAAAAGCTTGAAGAGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGA
- - - - -gctggag
- - - - - - - - - tgagtga
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ttgtttg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -cagctga