1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' |
...aattctaatgcaccaaatgaagaaggaagaaattgttgctttagtttttaggctttccctgctttaattctaacatgcactgaaattttacttgattcagTGATTAATCTTTGTGGGTGATTGAATTTGGCTGGTTACTGCAGAGGGATTCAATTGAGAGGGAAAGGGACTGATGGCAGACAACACACAGTCTTACTGGG
species | Glycine max |
transcript | GLYMA20G02250.4 |
intron # | 1 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TTTAATCTTCGTCAACGTTACTTTTCCACCTCGTACEST: gi|151404729|gb|EV274543.1|EV274543
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EST: CCTAGCTTCTAGCCACCCTTTAATCTTCGTCAACGTTACTTTTCCACCTCGTACEST: gi|18040157|gb|BM308451.1|BM308451
genomic: CCTAGCTTCTAGCCACCCTTTAATCTTCGTCAACGTTACTTTTCCA-C-C-T-Cgtacggtaac ... cttgatt
EST: CCTAGCTTCTAGCCACCCTTTAATCTTCGTCAACGTTACTTTTCCACCTCGTAC
genomic: CCTAGCTTCTAGCCACCCTTTAATCTTCGTCAACGTTACTTTTCCA-C-C-T-Cgtacggtaac ... cttgatt
ttttaggctttccctgctttaattctaacatgcactgaaattttacttgattcagTGATTAATCTTTGTGGGTGATTGAATTTGGCTGGTTACTGCAGAGGGATTCAATTGAGAGGGAAAGGGACTGATGGCAGACAACACACAGTCTTACTGGG
ttttactt CT-rich tract
aaattttacttgatt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| aattctaatgcaccaaatgaagaaggaagaaattgttgctttagtttttaggctttccctgctttaattctaacatgcactgaaattttacttgattcagTGATTAATCTTTGTGGGTGATTGAATTTGGCTGGTTACTGCAGAGGGATTCAATTGAGAGGGAAAGGGACTGATGGCAGACAACACACAGTCTTACTGGG
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