Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TGCCATTCGAAAATGTGCCAGGGTTCAACTCATCAAAAATGGGAAGAAGATTGCTGCATTCGTGCCAAATGATGGTTGCTTAAATTACATTGAAGAGAATgtaagaagttaaattgatcatgttatttatattattttgctgctattggtgatgctgtttttgcctatgctcaatataccataaaatgtggaaggacaattttttgagttgctttataatacggggtgtggttgatgtttgtag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA19G36250.1
intron # 3
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|31463685|gb|CD405713.1|CD405713
EST:     TTGCTGCATTCGTGCCAAATGATGGTTGCTTAAATTACATTGAAGAGAAT                         GATGAAGTCTTGATAGCTGGATTTGGACGAAAGGGTCATGCCGTGGGTGAT
genomic: TTGCTGCATTCGTGCCAAATGATGGTTGCTTAAATTACATTGAAGAGAATgtaagaagtt ... atgtttgtagGATGAAGTCTTGATAGCTGGATTTGGACGAAAGGGTCATGCCGTGGGTGAT
EST: gi|14999308|gb|BI320308.1|BI320308
EST:     TTGCTGCATTCGTGCCAAATGATGGTTGCTTAAATTACATTGAAGAGAAT                         GATGAAGTCTTGATAGCTGGATTTGGACGAAAGGGTCATGCCGTGGGTGAT
genomic: TTGCTGCATTCGTGCCAAATGATGGTTGCTTAAATTACATTGAAGAGAATgtaagaagtt ... atgtttgtagGATGAAGTCTTGATAGCTGGATTTGGACGAAAGGGTCATGCCGTGGGTGAT
EST: gi|7285057|gb|AW597544.1|AW597544
EST:     TTGCTGCATTCGTGCCAAATGATGGTTGCTTAAATTACATTGAAGAGAAT                         GATGAAGTCTTGATAGCTGGATTTGGACGAAAGGGTCATGCCGTGGGTGAT
genomic: TTGCTGCATTCGTGCCAAATGATGGTTGCTTAAATTACATTGAAGAGAATgtaagaagtt ... atgtttgtagGATGAAGTCTTGATAGCTGGATTTGGACGAAAGGGTCATGCCGTGGGTGAT
EST: gi|192331181|gb|FK020948.1|FK020948
EST:     TTGCTGCATTCGTGCCAAATGATGGTTGCTTAAATTACATTGAAGAGAAT                         GATGAAGTCTTGATAGCTGGATTTGGACGAAAGGGTCATGCCGTGGGTGAT
genomic: TTGCTGCATTCGTGCCAAATGATGGTTGCTTAAATTACATTGAAGAGAATgtaagaagtt ... atgtttgtagGATGAAGTCTTGATAGCTGGATTTGGACGAAAGGGTCATGCCGTGGGTGAT
EST: gi|6724746|gb|AW309145.1|AW309145
EST:     TTGCTGCATTCGTGCCAAATGATGGTTGCTTAAATTACATTGAAGAGAAT                         GATGAAGTCTTGATAGCTGGATTTGGACGAAAGGGTCATGCCGTGGGTGAT
genomic: TTGCTGCATTCGTGCCAAATGATGGTTGCTTAAATTACATTGAAGAGAATgtaagaagtt ... atgtttgtagGATGAAGTCTTGATAGCTGGATTTGGACGAAAGGGTCATGCCGTGGGTGAT
EST: gi|12691424|gb|BG157760.1|BG157760
EST:     TTGCTGCATTCGTGCCAAATGATGGTTGCTTAAATTACATTGAAGAGAAT                         GATGAAGTCTTGATAGCTGGATTTGGACGAAAGGGTCATGCCGTGGGTGAT
genomic: TTGCTGCATTCGTGCCAAATGATGGTTGCTTAAATTACATTGAAGAGAATgtaagaagtt ... atgtttgtagGATGAAGTCTTGATAGCTGGATTTGGACGAAAGGGTCATGCCGTGGGTGAT
EST: gi|31465409|gb|CD407437.1|CD407437
EST:     TTGCTGCATTCGTGCCNAATGATGGTTGCTTAAATTACATTGAAGAGAAT                         GATGAAGTCTTGATAGCTGGATTTGGACGAAAGGGTCATGCCGTGGGTGAT
genomic: TTGCTGCATTCGTGCCAAATGATGGTTGCTTAAATTACATTGAAGAGAATgtaagaagtt ... atgtttgtagGATGAAGTCTTGATAGCTGGATTTGGACGAAAGGGTCATGCCGTGGGTGAT
EST: gi|151410705|gb|EV280520.1|EV280520
EST:     GCTGCATTCGTGCCAAATGATGGTTTGCTTAAATTTACATTGAAGAGAAT                         GATGAAGTCTTGATAGCTGGATTTGGACGAAAGGGTCATGCCGTGGGTGAT
genomic: GCTGCATTCGTGCCAAATGATGG-TTGCTTAAA-TTACATTGAAGAGAATgtaagaagtt ... atgtttgtagGATGAAGTCTTGATAGCTGGATTTGGACGAAAGGGTCATGCCGTGGGTGAT
EST: gi|213598822|gb|DB968293.1|DB968293
EST:     TTGCTGCATTCGTGCCAAATGATGGTTGCTTAAATTACATTGAAGAGAAT                         GATGAAGTCTTGATAGCTGGATTTGGACGAAAGGGTCATGCCGTGGGTGAT
genomic: TTGCTGCATTCGTGCCAAATGATGGTTGCTTAAATTACATTGAAGAGAATgtaagaagtt ... atgtttgtagGATGAAGTCTTGATAGCTGGATTTGGACGAAAGGGTCATGCCGTGGGTGAT
EST: gi|12689923|gb|BG156259.1|BG156259
EST:     TTGCTGCATTCGTGCCAAATGATGGTTGCTTAAATTACATTGAAGAGAAT                         GATGAGGTCTTGATAGCTGGATTTGGACGAAAGGGTCATGCCGTGGGTGAT
genomic: TTGCTGCATTCGTGCCAAATGATGGTTGCTTAAATTACATTGAAGAGAATgtaagaagtt ... atgtttgtagGATGAAGTCTTGATAGCTGGATTTGGACGAAAGGGTCATGCCGTGGGTGAT
EST: gi|192301152|gb|FG988017.1|FG988017
EST:     TTGCTGCATTCGTGCCAAATGATGGTTGCTTAAATTACATTGAAGAGAAT                         GATGAAGTCTTGATAGCTGGATTTGGACGAAAGGGTCATGCCGTGGGTGAT
genomic: TTGCTGCATTCGTGCCAAATGATGGTTGCTTAAATTACATTGAAGAGAATgtaagaagtt ... atgtttgtagGATGAAGTCTTGATAGCTGGATTTGGACGAAAGGGTCATGCCGTGGGTGAT
EST: gi|298181192|gb|HO022631.1|HO022631
EST:     TTGCTGCATTCGTGCCAAATGATGGTTGCTTAAATTACATTGAAGAGAAT                         GATGAAGTCTTGATAGCTGGATTTGGACGAAAGGGTCATGCCGTGGGTGAT
genomic: TTGCTGCATTCGTGCCAAATGATGGTTGCTTAAATTACATTGAAGAGAATgtaagaagtt ... atgtttgtagGATGAAGTCTTGATAGCTGGATTTGGACGAAAGGGTCATGCCGTGGGTGAT
EST: gi|7590861|gb|AW706604.1|AW706604
EST:     TTGCTGCATTCGTGCCAAATGATGGTTGCTTAAATTACATTGAAGAGAAT                         GATGAAGTCTTGATAGCTGGATTTGGACGAAAGGGTCATGCCGTGGGTGAT
genomic: TTGCTGCATTCGTGCCAAATGATGGTTGCTTAAATTACATTGAAGAGAATgtaagaagtt ... atgtttgtagGATGAAGTCTTGATAGCTGGATTTGGACGAAAGGGTCATGCCGTGGGTGAT
EST: gi|151411715|gb|EV281526.1|EV281526
EST:     TTGCTGCATTCGTGCCAAATGATGGTTGCTTAAATTACATTGAAGAGAAT                         GATGAAGTCTTGATAGCTGGATTTGGACGAAAGGGTCATGCCGTGGGTGAT
genomic: TTGCTGCATTCGTGCCAAATGATGGTTGCTTAAATTACATTGAAGAGAATgtaagaagtt ... atgtttgtagGATGAAGTCTTGATAGCTGGATTTGGACGAAAGGGTCATGCCGTGGGTGAT
EST: gi|15204233|gb|BI427001.1|BI427001
EST:     TTGCTGCATTCGTGCCAAATGATGGTTGCTTAAATTACATTGAAGAGAAT                         GATGAAGTCTTGATAGCTGGATTTGGACGAAAGGGTCATGCCGTGGGTGAT
genomic: TTGCTGCATTCGTGCCAAATGATGGTTGCTTAAATTACATTGAAGAGAATgtaagaagtt ... atgtttgtagGATGAAGTCTTGATAGCTGGATTTGGACGAAAGGGTCATGCCGTGGGTGAT
EST: gi|298170932|gb|HO015908.1|HO015908
EST:     TTGCTGCATTCGTGCCAAATGATGGTTGCTTAAATTACATTGAAGAGAAT                         GATGAAGTCTTGATAGCTGGATTTGGACGAAAGGGTCATGCCGTGGGTGAT
genomic: TTGCTGCATTCGTGCCAAATGATGGTTGCTTAAATTACATTGAAGAGAATgtaagaagtt ... atgtttgtagGATGAAGTCTTGATAGCTGGATTTGGACGAAAGGGTCATGCCGTGGGTGAT
EST: gi|213604592|gb|DB966679.1|DB966679
EST:     TTGCTGCATTCGTGCCAAATGATGGTTGCTTAAATTACATTGAAGAGAAT                         GATGAAGTCTTGATAGCTGGATTTGGACGAAAGGGTCATGCCGTGGGTGAT
genomic: TTGCTGCATTCGTGCCAAATGATGGTTGCTTAAATTACATTGAAGAGAATgtaagaagtt ... atgtttgtagGATGAAGTCTTGATAGCTGGATTTGGACGAAAGGGTCATGCCGTGGGTGAT
EST: gi|192331029|gb|FK020249.1|FK020249
EST:     TTGCTGCATTCGTGCCAAATGATGGTTGCTTAAATTACATTGAAGAGAAT                         GATGAAGTCTTGATAGCTGGATTTGGACGAAAGGGTCATGCCGTGGGTGAT
genomic: TTGCTGCATTCGTGCCAAATGATGGTTGCTTAAATTACATTGAAGAGAATgtaagaagtt ... atgtttgtagGATGAAGTCTTGATAGCTGGATTTGGACGAAAGGGTCATGCCGTGGGTGAT
EST: gi|9564040|gb|BE473549.1|BE473549
EST:     TTGCTGCATTCGTGCCAAATGATGGTTGCTTAAATTACATTGAAGAGAAT                         GATGAAGTCTTGATAGCTGGATTTGGACGAAAGGGTCATGCCGTGGGTGAT
genomic: TTGCTGCATTCGTGCCAAATGATGGTTGCTTAAATTACATTGAAGAGAATgtaagaagtt ... atgtttgtagGATGAAGTCTTGATAGCTGGATTTGGACGAAAGGGTCATGCCGTGGGTGAT
EST: gi|12690049|gb|BG156385.1|BG156385
EST:     TTGCTGCATTCGTGCCAAATGATGGTTGCTTAAATTACATTGAAGAGAAT                         GATGAAGTCTTGATAGCTGGATTTGGACGAAAGGGTCATGCCGTGGGTGAT
genomic: TTGCTGCATTCGTGCCAAATGATGGTTGCTTAAATTACATTGAAGAGAATgtaagaagtt ... atgtttgtagGATGAAGTCTTGATAGCTGGATTTGGACGAAAGGGTCATGCCGTGGGTGAT
EST: gi|214006941|gb|DB987739.1|DB987739
EST:     TTGCTGCATTCGTGCCAAATGATGGTTGCTTAAATTACATTGAAGAGAAT                         GATGAAGTCTTGATAGCTGGATTTGGACGAAAGGGTCATGCCGTGGGTGAT
genomic: TTGCTGCATTCGTGCCAAATGATGGTTGCTTAAATTACATTGAAGAGAATgtaagaagtt ... atgtttgtagGATGAAGTCTTGATAGCTGGATTTGGACGAAAGGGTCATGCCGTGGGTGAT
EST: gi|31463644|gb|CD405672.1|CD405672
EST:     TTGCTGCATTCGTGCCAAATGATGGTTGCTTAAATTACATTGAAGAGAAT                         GATGAAGTCTTGATAGCTGGATTTGGACGAAAGGGTCATGCCGTGGGTGAT
genomic: TTGCTGCATTCGTGCCAAATGATGGTTGCTTAAATTACATTGAAGAGAATgtaagaagtt ... atgtttgtagGATGAAGTCTTGATAGCTGGATTTGGACGAAAGGGTCATGCCGTGGGTGAT
EST: gi|38193923|gb|CF923129.1|CF923129
EST:     TTGCTGCATTCGTGCCAAATGATGGTTGCTTAAATTACATTGAAGAGAAT                         GATGAAGTCTTGATAGCTGGATTTGGACGAAAGGGTCATGCCGTGGGTGAT
genomic: TTGCTGCATTCGTGCCAAATGATGGTTGCTTAAATTACATTGAAGAGAATgtaagaagtt ... atgtttgtagGATGAAGTCTTGATAGCTGGATTTGGACGAAAGGGTCATGCCGTGGGTGAT
EST: gi|9203751|gb|BE329975.1|BE329975
EST:     TTGCTGCATTCGTGCCAAATGATGGTTGCTTAAATTACATTGAAGAGAAT                         GATGAAGTCTTGATAGCTGGATTTGGACGAAAGGGTCATGCCGTGGGTGAT
genomic: TTGCTGCATTCGTGCCAAATGATGGTTGCTTAAATTACATTGAAGAGAATgtaagaagtt ... atgtttgtagGATGAAGTCTTGATAGCTGGATTTGGACGAAAGGGTCATGCCGTGGGTGAT
EST: gi|38192612|gb|CF921818.1|CF921818
EST:     TTGCTGCATTCGTGCCAAATGATGGTTGCTTAAATTACATTGAAGAGAAT                         GATGAAGTCTTGATAGCTGGATTTGGACGAAAGGGTCATGCCGTGGGTGAT
genomic: TTGCTGCATTCGTGCCAAATGATGGTTGCTTAAATTACATTGAAGAGAATgtaagaagtt ... atgtttgtagGATGAAGTCTTGATAGCTGGATTTGGACGAAAGGGTCATGCCGTGGGTGAT
EST: gi|15664500|gb|BI701871.1|BI701871
EST:     TTGCTGCATTCGTGCCAAATGATGGTTGCTTAAATTACATTGAAGAGAAT                         GATGAAGTCTTGATAGCTGGATTTGGACGAAAGGGTCATGCCGTGGGTGAT
genomic: TTGCTGCATTCGTGCCAAATGATGGTTGCTTAAATTACATTGAAGAGAATgtaagaagtt ... atgtttgtagGATGAAGTCTTGATAGCTGGATTTGGACGAAAGGGTCATGCCGTGGGTGAT
EST: gi|16280693|gb|BI944097.1|BI944097
EST:     TTGCTGCATTCGTGCCAAATGATGGTTGCTTAAATTACATTGAAGAGAAT                         GATGAAGTCTTGATAGCTGGATTTGGAC-AAAGGGTCATGC-GTGGGTGAT
genomic: TTGCTGCATTCGTGCCAAATGATGGTTGCTTAAATTACATTGAAGAGAATgtaagaagtt ... atgtttgtagGATGAAGTCTTGATAGCTGGATTTGGACGAAAGGGTCATGCCGTGGGTGAT
EST: gi|13479574|gb|BG508917.1|BG508917
EST:     TTGCTGCATTCGTGCCAAATGATGGTTGCTTAAATTACATTGAAGAGAAT                         GATGAAGTCTTGATAGCTGGATTTGGACGAAAGGGTCATGCCGTGGGTGAT
genomic: TTGCTGCATTCGTGCCAAATGATGGTTGCTTAAATTACATTGAAGAGAATgtaagaagtt ... atgtttgtagGATGAAGTCTTGATAGCTGGATTTGGACGAAAGGGTCATGCCGTGGGTGAT
EST: gi|192331180|gb|FK020947.1|FK020947
EST:     TTGCTGCATTCGTGCCAAATGATGGTTGCTTAAATTACATTGAAGAGAAT                         GATGAAGTCTTGATAGCTGGATTTGGACGAAAGGGTCATGCCGTGGGTGAT
genomic: TTGCTGCATTCGTGCCAAATGATGGTTGCTTAAATTACATTGAAGAGAATgtaagaagtt ... atgtttgtagGATGAAGTCTTGATAGCTGGATTTGGACGAAAGGGTCATGCCGTGGGTGAT
EST: gi|7686003|gb|AW756651.1|AW756651
EST:     TTGCTGCATTCGTGCCAAATGATGGTTGCTTAAATTACATTGAAGAGAAT                         GATGAAGTCTTGATAGCTGGATTTGGACGAAAGGGTCATGCCGTGGGTGAT
genomic: TTGCTGCATTCGTGCCAAATGATGGTTGCTTAAATTACATTGAAGAGAATgtaagaagtt ... atgtttgtagGATGAAGTCTTGATAGCTGGATTTGGACGAAAGGGTCATGCCGTGGGTGAT
EST: gi|15661759|gb|BI699130.1|BI699130
EST:     TTGCTGCATTCGTGCCAAATGATGGTTGCTTAAATTACATTGAAGAGAAT                         GATGAAGTCTTGATAGCTGGATTTGGACGAAAGGGTCATGCCGTGGGTGAT
genomic: TTGCTGCATTCGTGCCAAATGATGGTTGCTTAAATTACATTGAAGAGAATgtaagaagtt ... atgtttgtagGATGAAGTCTTGATAGCTGGATTTGGACGAAAGGGTCATGCCGTGGGTGAT
EST: gi|31463628|gb|CD405656.1|CD405656
EST:     TTGCTGCATTCGTGCCAAATGATGGTTGCTTAAATTACATTGAAGAGAAT                         GATGAAGTCTTGATAGCTGGATTTGGACGAAAGGGTCATCCCGTGGGTGAT
genomic: TTGCTGCATTCGTGCCAAATGATGGTTGCTTAAATTACATTGAAGAGAATgtaagaagtt ... atgtttgtagGATGAAGTCTTGATAGCTGGATTTGGACGAAAGGGTCATGCCGTGGGTGAT
EST: gi|7692145|gb|AW760259.1|AW760259
EST:     TTGCTGCATTCGTGCCAAATGATGGTTGCTTAAATTACATTGAAGAGAAT                         GATGAAGTCTTGATAGCTGGATTTGGACGAAAGGGTCATGCCGTGGGTGAT
genomic: TTGCTGCATTCGTGCCAAATGATGGTTGCTTAAATTACATTGAAGAGAATgtaagaagtt ... atgtttgtagGATGAAGTCTTGATAGCTGGATTTGGACGAAAGGGTCATGCCGTGGGTGAT
EST: gi|8827366|gb|BE211096.1|BE211096
EST:     TTGCTGCATTCGTGCCAAATGATGGTTGCTTAAATTACATTGAAGAGAAT                         GATGAAGTCTTGATAGCTGGATTTGGACGAAAGGGTCATGCCGTGGGTGAT
genomic: TTGCTGCATTCGTGCCAAATGATGGTTGCTTAAATTACATTGAAGAGAATgtaagaagtt ... atgtttgtagGATGAAGTCTTGATAGCTGGATTTGGACGAAAGGGTCATGCCGTGGGTGAT
EST: gi|22930605|gb|BU547752.1|BU547752
EST:     TTGCTGCATTCGTGCCAAATGATGGTTGCTTAAATTACATTGAAGAGAAT                         GATGAAGTCTTGATAGCTGGATTTGGACGAAAGGGTCATGCCGTGGGTGAT
genomic: TTGCTGCATTCGTGCCAAATGATGGTTGCTTAAATTACATTGAAGAGAATgtaagaagtt ... atgtttgtagGATGAAGTCTTGATAGCTGGATTTGGACGAAAGGGTCATGCCGTGGGTGAT
EST: gi|38191834|gb|CF921040.1|CF921040
EST:     TTGCTGCATTCGTGCCAAATGATGGTTGCTTAAATTACATTGAAGAGAAT                         GATGAAGTCTTGATAGCTGGATTTGGACGAAAGGGTCATGCCGTGGGTGAT
genomic: TTGCTGCATTCGTGCCAAATGATGGTTGCTTAAATTACATTGAAGAGAATgtaagaagtt ... atgtttgtagGATGAAGTCTTGATAGCTGGATTTGGACGAAAGGGTCATGCCGTGGGTGAT
EST: gi|15285174|gb|BI469065.1|BI469065
EST:     TTGCTGCATTCGTGCCAAATGATGGTTGCTTAAATTACATTGAAGAGAAT                         GATGAAGTCTTGATAGCTGGATTTGGACGAAAGGGTCATGCCGTGGGTGAT
genomic: TTGCTGCATTCGTGCCAAATGATGGTTGCTTAAATTACATTGAAGAGAATgtaagaagtt ... atgtttgtagGATGAAGTCTTGATAGCTGGATTTGGACGAAAGGGTCATGCCGTGGGTGAT
EST: gi|41146089|gb|CK606300.1|CK606300
EST:     TTGCTGCATTCGTGCCAAATGATGGTTGCTTAAATTACATTGAAGAGAAT                         GATGAAGTCTTGATAGCTGGATTTGGACGAAAGGGTCATGCCGTGGGTGAT
genomic: TTGCTGCATTCGTGCCAAATGATGGTTGCTTAAATTACATTGAAGAGAATgtaagaagtt ... atgtttgtagGATGAAGTCTTGATAGCTGGATTTGGACGAAAGGGTCATGCCGTGGGTGAT
EST: gi|20498352|gb|BQ273282.1|BQ273282
EST:     TTGCTGCATTCGTGCCAAATGATGGTTGCTTAAATTACATTGAAGAGAAT                         GATGAAGTCTTGATAGCTGGATTTGGACGAAAGGGTCATGCCGTGGGTGAT
genomic: TTGCTGCATTCGTGCCAAATGATGGTTGCTTAAATTACATTGAAGAGAATgtaagaagtt ... atgtttgtagGATGAAGTCTTGATAGCTGGATTTGGACGAAAGGGTCATGCCGTGGGTGAT
EST: gi|16342347|gb|BI967942.1|BI967942
EST:     TTGCTGCATTCGTGCCAAATGATGGTTGCTTAAATTACATTGAAGAGAAT                         GATGAAGTCTTGATAGCTGGATTTGGACGAAAGGGTCATGCCGTGGGTGAT
genomic: TTGCTGCATTCGTGCCAAATGATGGTTGCTTAAATTACATTGAAGAGAATgtaagaagtt ... atgtttgtagGATGAAGTCTTGATAGCTGGATTTGGACGAAAGGGTCATGCCGTGGGTGAT
EST: gi|214005463|gb|DB985529.1|DB985529
EST:     TTGCTGCATTCGTGCCAAATGATGGTTGCTTAAATTACATTGAAGAGAAT                         GATGAAGTCTTGATAGCTGGATTTGGACGAAAGGGTCATGCCGTGGGTGAT
genomic: TTGCTGCATTCGTGCCAAATGATGGTTGCTTAAATTACATTGAAGAGAATgtaagaagtt ... atgtttgtagGATGAAGTCTTGATAGCTGGATTTGGACGAAAGGGTCATGCCGTGGGTGAT
EST: gi|207716381|gb|GD699409.1|GD699409
EST:     AATGATGGTTGTCTTAAATTTACATTGAAGAGAAT                         GATGAAGTCTTGATAGCTGGATTTGGACGAAAGGGTCATGCCGTGGGTGAT
genomic: AATGATGGTTG-CTTAAA-TTACATTGAAGAGAATgtaagaagtt ... atgtttgtagGATGAAGTCTTGATAGCTGGATTTGGACGAAAGGGTCATGCCGTGGGTGAT
EST: gi|208208904|gb|GE003454.1|GE003454
EST:     AATGATGGTTGCTTAAATTACATTGAAGAGAAT                         GATGAAGTCTTGATAGCTGGATTTGGACGAAAGGGTCATGCCGTGGGTGAT
genomic: AATGATGGTTGCTTAAATTACATTGAAGAGAATgtaagaagtt ... atgtttgtagGATGAAGTCTTGATAGCTGGATTTGGACGAAAGGGTCATGCCGTGGGTGAT
EST: gi|192296979|gb|FG991960.1|FG991960
EST:     TTGCTGCATTCGTGCCAAATGATGGTTGCTTAACTTACATTGAAGAGAAT                         GATGAAGTCTTGATAGCTGGATTTGGACGAAAGGGTCATGCCGTGGGTGAT
genomic: TTGCTGCATTCGTGCCAAATGATGGTTGCTTAAATTACATTGAAGAGAATgtaagaagtt ... atgtttgtagGATGAAGTCTTGATAGCTGGATTTGGACGAAAGGGTCATGCCGTGGGTGAT
EST: gi|20814764|gb|BQ299242.1|BQ299242
EST:     TTGCTGCATTCGTGCCAAATGATGGTTGCTTAAATTACATTGAAGAGAAT                         GATGAAGTCTTGATAGCTGGATTTGGACGAAAGGGTCATGCCGTGGGTGAT
genomic: TTGCTGCATTCGTGCCAAATGATGGTTGCTTAAATTACATTGAAGAGAATgtaagaagtt ... atgtttgtagGATGAAGTCTTGATAGCTGGATTTGGACGAAAGGGTCATGCCGTGGGTGAT
EST: gi|22931295|gb|BU548434.1|BU548434
EST:     TTGCTGCATTCGTGCCAAATGATGGTTGCTTAAATTACATTGAAGAGAAT                         GATGAAGTCTTGATAGCTGGATTTGGACGAAAGGGTCATGCCGTGGGTGAT
genomic: TTGCTGCATTCGTGCCAAATGATGGTTGCTTAAATTACATTGAAGAGAATgtaagaagtt ... atgtttgtagGATGAAGTCTTGATAGCTGGATTTGGACGAAAGGGTCATGCCGTGGGTGAT
EST: gi|7590629|gb|AW706377.1|AW706377
EST:     TTGCTGCATTCGTGCCAAATGATGGTTGCTTAAATTACATTGAAGAGAAT                         GATGAAGTCTTGATAGCTGGATTTGGACGAAAGGGTCATGCCGTGGGTGAT
genomic: TTGCTGCATTCGTGCCAAATGATGGTTGCTTAAATTACATTGAAGAGAATgtaagaagtt ... atgtttgtagGATGAAGTCTTGATAGCTGGATTTGGACGAAAGGGTCATGCCGTGGGTGAT
EST: gi|120532758|gb|EH260891.1|EH260891
EST:     TTGCTGCATTCGTGCCAAATGATGGTTGCTTAAATTACATTGAAGAGAAT                         GATGAAGTCTTGATAGCTGGATTTGGACGAAAGGGTCATGCCGTGGGTGAT
genomic: TTGCTGCATTCGTGCCAAATGATGGTTGCTTAAATTACATTGAAGAGAATgtaagaagtt ... atgtttgtagGATGAAGTCTTGATAGCTGGATTTGGACGAAAGGGTCATGCCGTGGGTGAT
EST: gi|38191888|gb|CF921094.1|CF921094
EST:     TTGCTGCATTCGTGCCAAATGATGGTTGCTTAAATTACATTGAAGAGAAT                         GATGAAGTCTTGATAGCTGGATTTGGACGAAAGGGTCATGCCGTGGGTGAT
genomic: TTGCTGCATTCGTGCCAAATGATGGTTGCTTAAATTACATTGAAGAGAATgtaagaagtt ... atgtttgtagGATGAAGTCTTGATAGCTGGATTTGGACGAAAGGGTCATGCCGTGGGTGAT
EST: gi|6718905|gb|AW306552.1|AW306552
EST:     TTGCTGCATTCGTGCCAAATGATGGTTGCTTAAATTACATTGAAGAGAAT                         GATGAAGTCTTGATAGCTGGATTTGGACGAAAGGGTCATGCCGTGGGTGAT
genomic: TTGCTGCATTCGTGCCAAATGATGGTTGCTTAAATTACATTGAAGAGAATgtaagaagtt ... atgtttgtagGATGAAGTCTTGATAGCTGGATTTGGACGAAAGGGTCATGCCGTGGGTGAT
EST: gi|4283798|gb|AI440701.1|AI440701
EST:     TTGCTGCATTCGTGCCAAATGATGGTTGCTTAAATTACATTGAAGAGAAT                         GATGAAGTCTTGATAGCTGGATTTGGACGAAAGGGTCATGCCGTGGGTGAT
genomic: TTGCTGCATTCGTGCCAAATGATGGTTGCTTAAATTACATTGAAGAGAATgtaagaagtt ... atgtttgtagGATGAAGTCTTGATAGCTGGATTTGGACGAAAGGGTCATGCCGTGGGTGAT
EST: gi|12773406|gb|BG238333.1|BG238333
EST:     TTGCTGCATTCGTGCCAAATGATGGTTGCTTAAATTACATTGAAAAGAAT                         GATGAAGTCTTGATAGCTGGATTTGGACGAAAAGGTTATGCC
genomic: TTGCTGCATTCGTGCCAAATGATGGTTGCTTAAATTACATTGAAGAGAATgtaagaagtt ... atgtttgtagGATGAAGTCTTGATAGCTGGATTTGGACGAAAGGGTCATGCC
EST: gi|21678468|gb|BQ630819.1|BQ630819
EST:     TTGCTGCATTCGTGCCAAATGATGGTTGCTTAAATTACATTGAAGAGAAT                         GATGAAGTCTTGATAGCTGGATTTGGACGAAAGGGTCATGCCGTGGGTGAT
genomic: TTGCTGCATTCGTGCCAAATGATGGTTGCTTAAATTACATTGAAGAGAATgtaagaagtt ... atgtttgtagGATGAAGTCTTGATAGCTGGATTTGGACGAAAGGGTCATGCCGTGGGTGAT
EST: gi|15661617|gb|BI698988.1|BI698988
EST:     TTGCTGCATTCGTGCCAAATGATGGTTGCTTAAATTACATTGAAGAGAAT                         GATGAAGTCTTGATAGCTGGATTTGGACGAAAGGGTCATGCCGTGGGTGAT
genomic: TTGCTGCATTCGTGCCAAATGATGGTTGCTTAAATTACATTGAAGAGAATgtaagaagtt ... atgtttgtagGATGAAGTCTTGATAGCTGGATTTGGACGAAAGGGTCATGCCGTGGGTGAT
EST: gi|38193340|gb|CF922546.1|CF922546
EST:     TTGCTGCATTCGTGCCAAATGATGGTTGCTTAAATTACATTGAAGAGAAT                         GATGAAGTCTTGATAGCTGGATTTGGACGAAAGGGTCATGCCGTGGGTGAT
genomic: TTGCTGCATTCGTGCCAAATGATGGTTGCTTAAATTACATTGAAGAGAATgtaagaagtt ... atgtttgtagGATGAAGTCTTGATAGCTGGATTTGGACGAAAGGGTCATGCCGTGGGTGAT
EST: gi|31458935|gb|CD400963.1|CD400963
EST:     TGGTTGCTTAAATTACATTGAAGAGAAT                         GATGAAGTCTTGATAGCTGGATTTGGACGAAAGGGTCATGCCGTGGGTGAT
genomic: TGGTTGCTTAAATTACATTGAAGAGAATgtaagaagtt ... atgtttgtagGATGAAGTCTTGATAGCTGGATTTGGACGAAAGGGTCATGCCGTGGGTGAT
EST: gi|298172611|gb|HO019651.1|HO019651
EST:     TTGCTGCATTCGTGCCAAATGATGGTTGCTTAAATTACATTGAAGAGAAT                         GATGAAGTCTTGATAGCTGGATTTGGACGAAAGGGTCATGCCGTGGGTGAT
genomic: TTGCTGCATTCGTGCCAAATGATGGTTGCTTAAATTACATTGAAGAGAATgtaagaagtt ... atgtttgtagGATGAAGTCTTGATAGCTGGATTTGGACGAAAGGGTCATGCCGTGGGTGAT
EST: gi|17023602|gb|BM094636.1|BM094636
EST:     TTGCTGCATTCGTGCCAAATGATGGTTGCTTAAATTACATTGAAGAGAAT                         GATGAAGTCTTGATAGCTGGATTTGGACGAAAGGGTCATGCCGTGGGTGAT
genomic: TTGCTGCATTCGTGCCAAATGATGGTTGCTTAAATTACATTGAAGAGAATgtaagaagtt ... atgtttgtagGATGAAGTCTTGATAGCTGGATTTGGACGAAAGGGTCATGCCGTGGGTGAT
EST: gi|7639255|gb|AW733582.1|AW733582
EST:     TTGCTGCATTCGTGCCAAATGATGGTTGCTTAAATTACATTGAAGAGAAT                         GATGAAGTCTTGATAGCTGGATTTGGACGAAAGGGTCATGCCGTGGGTGAT
genomic: TTGCTGCATTCGTGCCAAATGATGGTTGCTTAAATTACATTGAAGAGAATgtaagaagtt ... atgtttgtagGATGAAGTCTTGATAGCTGGATTTGGACGAAAGGGTCATGCCGTGGGTGAT
EST: gi|15664522|gb|BI701893.1|BI701893
EST:     TTGCTGCATTCGTGCCAAATGATGGTTGCTTAAATTACATTGAAGAGAAT                         GATGAAGTCTTGATAGCTGGATTTGGACGAAAGGGTCATGCCGTGGGTGAT
genomic: TTGCTGCATTCGTGCCAAATGATGGTTGCTTAAATTACATTGAAGAGAATgtaagaagtt ... atgtttgtagGATGAAGTCTTGATAGCTGGATTTGGACGAAAGGGTCATGCCGTGGGTGAT
EST: gi|6746983|gb|AW317439.1|AW317439
EST:     TTGCTGCATTCGTGCCAAATGATGGTTGCTTAAATTACATTGAAGAGAAT                         GATGAAGTCTTGATAGCTGGATTTGGACGAAAGGGTCATGCCGTGGGTGAT
genomic: TTGCTGCATTCGTGCCAAATGATGGTTGCTTAAATTACATTGAAGAGAATgtaagaagtt ... atgtttgtagGATGAAGTCTTGATAGCTGGATTTGGACGAAAGGGTCATGCCGTGGGTGAT
EST: gi|33388055|gb|CA851262.1|CA851262
EST:     TTGCTGCATTCGTGCCAAATGATGGTTGCTTAAATTACATTGAAGAGAAT                         GATGAAGTCTTGATAGCTGGATTTGGACGAAAGGGTCATGCCGTGGGTGAT
genomic: TTGCTGCATTCGTGCCAAATGATGGTTGCTTAAATTACATTGAAGAGAATgtaagaagtt ... atgtttgtagGATGAAGTCTTGATAGCTGGATTTGGACGAAAGGGTCATGCCGTGGGTGAT

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
TGCCATTCGAAAATGTGCCAGGGTTCAACTCATCAAAAATGGGAAGAAGATTGCTGCATTCGTGCCAAATGATGGTTGCTTAAATTACATTGAAGAGAATgtaagaagttaaattgatcatgttatttatattattttgctgctattggtgatgctgtttttgcctatgctcaatataccataaaatgtggaaggacaattttttgagttgctttataatacggggtgtggttgatgtttgtag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGA