1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' |
gtaagcttagtgaatttgatttatttttatgttatctgttattgttgatattaatgcaatgttgttgactgcaattggcatgtacagtacatacatgtttctgctgatgtctgttttatcttgtgtattcagcatgatgactcatttatatgttttaatctttatatgctagCTACCTTATCGGCTGTGATAATGAGCTTGCAAAATTGCATACTAGCCATCCTGAGGCTTGTGACAAGGTTGGTGGTGTAATCATTATGCATATTGATGAT
species | Glycine max |
transcript | GLYMA19G07790.1 |
intron # | 6 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CCATGGGAGTTCAAAGCTGCTCGTGGTCGTCCTGTTTCAACTCCCTATGA CTACCTTATCGGCTGTGATAATGAGCTTGCAAAATTGCATACTAGCCATCCEST: gi|7145800|gb|AW507722.1|AW507722
genomic: CCATGGGAGTTCAAAGCTGCTCGTGGTCGTCCTGTTTCAACTCCCTATGAgtaagcttag ... tatatgctagCTACCTTATCGGCTGTGATAATGAGCTTGCAAAATTGCATACTAGCCATCC
EST: CCATGGGAGTTCAAAGCTGCTCGTGGTCGTCCTGTTTCAACTCCCTATGA CTACCTTATCGGCTGTGATAATGAGCTTGCAAAATTGCATACTAGCCATCCEST: gi|17021846|gb|BM092880.1|BM092880
genomic: CCATGGGAGTTCAAAGCTGCTCGTGGTCGTCCTGTTTCAACTCCCTATGAgtaagcttag ... tatatgctagCTACCTTATCGGCTGTGATAATGAGCTTGCAAAATTGCATACTAGCCATCC
EST: CCATGGGAGTTCAAAGCTGCTCGTGGTCGTCCTGTTTCAACTCCCTATGA CTACCTTATCGGCTGTGATAATGAGCTTGCAAAATTGCATACTAGCCATCC
genomic: CCATGGGAGTTCAAAGCTGCTCGTGGTCGTCCTGTTTCAACTCCCTATGAgtaagcttag ... tatatgctagCTACCTTATCGGCTGTGATAATGAGCTTGCAAAATTGCATACTAGCCATCC
atcttgtgtattcagcatgatgactcatttatatgttttaatctttatatgctagCTACCTTATCGGCTGTGATAATGAGCTTGCAAAATTGCATACTAGCCATCCTGAGGCTTGTGACAAGGTTGGTGGTGTAATCATTATGCATATTGATGAT
ttttaat putative branch site (score: 3)
tctttat CT-rich tract
actcatttatatgttt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtaagcttagtgaatttgatttatttttatgttatctgttattgttgatattaatgcaatgttgttgactgcaattggcatgtacagtacatacatgtttctgctgatgtctgttttatcttgtgtattcagcatgatgactcatttatatgttttaatctttatatgctagCTACCTTATCGGCTGTGATAATGAGCTTGCAAAATTGCATACTAGCCATCCTGAGGCTTGTGACAAGGTTGGTGGTGTAATCATTATGCATATTGATGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG