Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CAGATAGTTCTCCTGATGCCAAGTACAGTCGGGGTAGACAATTATTGCAGTTTGATAAATCTCATAGACCTGCCTTTTATGGTGTTTGGCCTGCAAAAAGgttagatttttgtatggattttttttttttttgacttaattaaagtgttttacacttgagtttcttctaaattctaattatgcagatagtcactactgtc...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA18G48000.1
intron # 8
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|208114385|gb|GD908930.1|GD908930
EST:     TTTGATAAATCTCATAGACCTGCCTTTTATGGTGTTTGGCCTGCAAAAAG                         TCATGTTGTTGGACCACGCCATCCTTTAAGGAAGGATCCAAGCCTGGATTA
genomic: TTTGATAAATCTCATAGACCTGCCTTTTATGGTGTTTGGCCTGCAAAAAGgttagatttt ... gtatttctagTCATGTTGTTGGACCACGCCATCCTTTAAGGAAGGATCCAAGCCTGGATTA
EST: gi|208181613|gb|GD978492.1|GD978492
EST:     TTTGATAAATCTCATAGACCTGCCTTTTATGGTGTTTGGCCTGCAAAAAG                         TCATGTTGTTGGACCACGCCATCCTTTAAGGAAGGATCCAAGCCTGGATTA
genomic: TTTGATAAATCTCATAGACCTGCCTTTTATGGTGTTTGGCCTGCAAAAAGgttagatttt ... gtatttctagTCATGTTGTTGGACCACGCCATCCTTTAAGGAAGGATCCAAGCCTGGATTA
EST: gi|193356533|gb|FK321846.1|FK321846
EST:     TTTGATAAATCTCATAGACCTGCCTTTTATGGTGTTTGGCCTGCAAAAAG                         TCATGTTGTTGGACCACGCCATCCTTTAAGGAAGGATCCAAGCCTGGATTA
genomic: TTTGATAAATCTCATAGACCTGCCTTTTATGGTGTTTGGCCTGCAAAAAGgttagatttt ... gtatttctagTCATGTTGTTGGACCACGCCATCCTTTAAGGAAGGATCCAAGCCTGGATTA
EST: gi|208240759|gb|GE036817.1|GE036817
EST:     GGCCTGCAAAAAG                         TCATGTTGTTGGACCACGCCATCCTTTAAGGAAGGATCCAAGCCTGGATTA
genomic: GGCCTGCAAAAAGgttagatttt ... gtatttctagTCATGTTGTTGGACCACGCCATCCTTTAAGGAAGGATCCAAGCCTGGATTA
EST: gi|193488764|gb|FK453633.1|FK453633
EST:     TTTGATAAATCTCATAGACCTGCCTTTTATGGTGTTTGGCCTGC-AAAAG                         TCATGTTGTTGGACCACGCCATCCTTTAAGGAAGGATCCAAGCCTGGATTA
genomic: TTTGATAAATCTCATAGACCTGCCTTTTATGGTGTTTGGCCTGCAAAAAGgttagatttt ... gtatttctagTCATGTTGTTGGACCACGCCATCCTTTAAGGAAGGATCCAAGCCTGGATTA
EST: gi|193419948|gb|FK385386.1|FK385386
EST:     TTTGATAAATCTCATAGACCTGCCTTTTATGGTGTTTGGCCTGCAAAAAG                         TCATGTTGTTGGACCACGCCATCCTTTAAGGAAGGATCCAAGCCTGGATTA
genomic: TTTGATAAATCTCATAGACCTGCCTTTTATGGTGTTTGGCCTGCAAAAAGgttagatttt ... gtatttctagTCATGTTGTTGGACCACGCCATCCTTTAAGGAAGGATCCAAGCCTGGATTA