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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GCGATGTCTTCCAGGGGATGGATTGGAGGAGCATTTTGTAATACAAATggtaattggccttaatataattcaatatgttgtttatgctgcattggctctcttttatttgggaagataacttctatgcttagttcaaatcttgatacat...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA18G47920.1
intron # 4
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|254345763|gb|GR859410.1|GR859410
EST:     ACGATGTCTTCCAGGGGATGGATTGGAGGAGCATTTTGTAATACAAAT                         GGAAGGTGTTAACATCTTGGCTGTCAGTTATGGTGCCCCAGGGGCTTGCCC
genomic: GCGATGTCTTCCAGGGGATGGATTGGAGGAGCATTTTGTAATACAAATggtaattggc ... ttctgtttcaGGAAGGTGTTAACATCTTGGCTGTCAGTTATGGTGCCCCAGGGGCTTGCCC
EST: gi|207751867|gb|GD724084.1|GD724084
EST:     ACGATGTCTTCCAGGGGATGGATTGGAGGAGCATTTTGTAATACAAAT                         GGAAGGTGTTAACATCTTGGCTGTCAGTTATGGTGCCCCAGGGGCTTGCCC
genomic: GCGATGTCTTCCAGGGGATGGATTGGAGGAGCATTTTGTAATACAAATggtaattggc ... ttctgtttcaGGAAGGTGTTAACATCTTGGCTGTCAGTTATGGTGCCCCAGGGGCTTGCCC
EST: gi|207753550|gb|GD725976.1|GD725976
EST:     ACGATGTCTTCCAGGGGATGGATTGGAGGAGCATTTTGTAATANAAAT                         GGAAGGTGTTAACATCTTGGCTGTCAGTTATGGTGCCCCAGGGGCTTGCCC
genomic: GCGATGTCTTCCAGGGGATGGATTGGAGGAGCATTTTGTAATACAAATggtaattggc ... ttctgtttcaGGAAGGTGTTAACATCTTGGCTGTCAGTTATGGTGCCCCAGGGGCTTGCCC
EST: gi|193333542|gb|FK299488.1|FK299488
EST:     ACGATGTCTTCCAGGGGATGGATTGGAGGAGCATTTTGTAATACAAAT                         GGAAGGTGTTAACATCTTGGCTGTCAGTTATGGTGCCCCAGGGGCTTGCCC
genomic: GCGATGTCTTCCAGGGGATGGATTGGAGGAGCATTTTGTAATACAAATggtaattggc ... ttctgtttcaGGAAGGTGTTAACATCTTGGCTGTCAGTTATGGTGCCCCAGGGGCTTGCCC
EST: gi|208309007|gb|GE101679.1|GE101679
EST:     ACGATGTCTTCCAGGGGATGGATTGGAGGAGCATTTTGTAATACAAAT                         GGAAGGTGTTAACATCTTGGCTGTCAGTTATGGTGCCCCAGGGGCTTGCCC
genomic: GCGATGTCTTCCAGGGGATGGATTGGAGGAGCATTTTGTAATACAAATggtaattggc ... ttctgtttcaGGAAGGTGTTAACATCTTGGCTGTCAGTTATGGTGCCCCAGGGGCTTGCCC
EST: gi|208085854|gb|GD882444.1|GD882444
EST:     ACGATGTCTTCCAGGGGATGGATTGGAGGAGCATTTTGTAATACAAAT                         GGAAGGTGTTAACATCTTGGCTGTCAGTTATGGTGCCCCAGGGGCTTGTCC
genomic: GCGATGTCTTCCAGGGGATGGATTGGAGGAGCATTTTGTAATACAAATggtaattggc ... ttctgtttcaGGAAGGTGTTAACATCTTGGCTGTCAGTTATGGTGCCCCAGGGGCTTG-CC
EST: gi|192325685|gb|FK015042.1|FK015042
EST:     ACGATGTCTTCCAGGGGATGGATTGGAGGAGCATTTTGTAATACAAAT                         GGAAGGTGTTAACATCTTGGCTGTCAGTTATGGTGCCCCAGGGGCTTGCCC
genomic: GCGATGTCTTCCAGGGGATGGATTGGAGGAGCATTTTGTAATACAAATggtaattggc ... ttctgtttcaGGAAGGTGTTAACATCTTGGCTGTCAGTTATGGTGCCCCAGGGGCTTGCCC
EST: gi|207766656|gb|GD738284.1|GD738284
EST:     ACGATGTCTTCCAGGGGATGGATTGGAGGAGCATTTTGTAATACAAAT                         GGAAGGTGTTAACATCTTGGCTGTCAGTTATGGTGCCCCAGGGGCTTGCCC
genomic: GCGATGTCTTCCAGGGGATGGATTGGAGGAGCATTTTGTAATACAAATggtaattggc ... ttctgtttcaGGAAGGTGTTAACATCTTGGCTGTCAGTTATGGTGCCCCAGGGGCTTGCCC
EST: gi|208290698|gb|GE082790.1|GE082790
EST:     ACGATGTCTTCCAGGGGATGGATTGGAGGAGCATTTTGTAATACAAAT                         GGAAGGTGTTAACATCTTGGCTGTCAGTTATGGTGCCCCAGGGGCTTGCCC
genomic: GCGATGTCTTCCAGGGGATGGATTGGAGGAGCATTTTGTAATACAAATggtaattggc ... ttctgtttcaGGAAGGTGTTAACATCTTGGCTGTCAGTTATGGTGCCCCAGGGGCTTGCCC
EST: gi|208145882|gb|GD941407.1|GD941407
EST:     ACGATGTCTTCCAGGGGATGGATTGGAGGAGCATTTTGTAATACAAAT                         GGAAGGTGTTAACATCTTGGCTGTCAGTTATGGTGCCCCAGGGGCTTGCCC
genomic: GCGATGTCTTCCAGGGGATGGATTGGAGGAGCATTTTGTAATACAAATggtaattggc ... ttctgtttcaGGAAGGTGTTAACATCTTGGCTGTCAGTTATGGTGCCCCAGGGGCTTGCCC
EST: gi|254331914|gb|GR843657.1|GR843657
EST:     ACGATGTCTTCCAGGG-ATGGATTGGAGGAGCATTTTGTAATACAAAT                         GGAAAGTGTTAACATCTTGGCTGTCAGTTATGGTGCCCCAGGGGCTTGCCC
genomic: GCGATGTCTTCCAGGGGATGGATTGGAGGAGCATTTTGTAATACAAATggtaattggc ... ttctgtttcaGGAAGGTGTTAACATCTTGGCTGTCAGTTATGGTGCCCCAGGGGCTTGCCC
EST: gi|207734721|gb|GD710152.1|GD710152
EST:     TTCCGAGGGGTATGGATTGGAGGAGCATTTTGTAATACAAAT                         GGAAGGTGTTAACGTCTTGGCTGTCAGTTATGGTGCCCCAGGGGCTTGCCC
genomic: TTCC-AGGGG-ATGGATTGGAGGAGCATTTTGTAATACAAATggtaattggc ... ttctgtttcaGGAAGGTGTTAACATCTTGGCTGTCAGTTATGGTGCCCCAGGGGCTTGCCC
EST: gi|193427480|gb|FK393520.1|FK393520
EST:     ACGATGTCTTCCAGGGGATGGATTGGAGGAGCA-TTTGTAATACAAAT                         GGAAGGTGTTAACATCTTGGCTGTCAGTTATGGTGCCCCAGGGGCTTGCCC
genomic: GCGATGTCTTCCAGGGGATGGATTGGAGGAGCATTTTGTAATACAAATggtaattggc ... ttctgtttcaGGAAGGTGTTAACATCTTGGCTGTCAGTTATGGTGCCCCAGGGGCTTGCCC
EST: gi|208134798|gb|GD927467.1|GD927467
EST:     ACGATGTCTTCCAGGGGATGGATTGGAGGAGCATTTTGTAATACAAAT                         GGAAGGTGTTAACATCTTGGCTGTCAGTTATGGTGCCCCAGGGGCTTGCCC
genomic: GCGATGTCTTCCAGGGGATGGATTGGAGGAGCATTTTGTAATACAAATggtaattggc ... ttctgtttcaGGAAGGTGTTAACATCTTGGCTGTCAGTTATGGTGCCCCAGGGGCTTGCCC
EST: gi|193356816|gb|FK319564.1|FK319564
EST:     ACGATGTCTTCCAGGGGATGGATTGGAGGAGCATTTTGTAATACAAAT                         GGAAGGTGTTAACATCTTGGCTGTCAGTTATGGTGCCCCAGGGGCTTGCCC
genomic: GCGATGTCTTCCAGGGGATGGATTGGAGGAGCATTTTGTAATACAAATggtaattggc ... ttctgtttcaGGAAGGTGTTAACATCTTGGCTGTCAGTTATGGTGCCCCAGGGGCTTGCCC
EST: gi|208124293|gb|GD920505.1|GD920505
EST:     ACGATGTCTTCCAGGGGATGGATTGGAGGAGCATTTTGTAATACAAAT                         GGAAGGTGTTAACATCTTGGCTGTCAGTTATGGTGCCCCAGGGGCTTGCCC
genomic: GCGATGTCTTCCAGGGGATGGATTGGAGGAGCATTTTGTAATACAAATggtaattggc ... ttctgtttcaGGAAGGTGTTAACATCTTGGCTGTCAGTTATGGTGCCCCAGGGGCTTGCCC
EST: gi|208150608|gb|GD945123.1|GD945123
EST:     GCACGATGTCTTCCAGGGGATGGATTGGAGGAGCATTTTGTAATACAAAT                         GGAAGGTGTTAACATCTTGGCTGTCAGTTATGGTGCCCCAGGGGCTTGCCC
genomic: GCGCGATGTCTTCCAGGGGATGGATTGGAGGAGCATTTTGTAATACAAATggtaattggc ... ttctgtttcaGGAAGGTGTTAACATCTTGGCTGTCAGTTATGGTGCCCCAGGGGCTTGCCC
EST: gi|207700941|gb|GD682830.1|GD682830
EST:     ACGATGTCTTCCAGGGGATGGATTGGAGGAGCATTTTGTAATACAAAT                         GGAAGGTGTTAACATCTTGGCTGTCGGTTATGGTGCCCCAGGGGCTTGCCC
genomic: GCGATGTCTTCCAGGGGATGGATTGGAGGAGCATTTTGTAATACAAATggtaattggc ... ttctgtttcaGGAAGGTGTTAACATCTTGGCTGTCAGTTATGGTGCCCCAGGGGCTTGCCC
EST: gi|208080432|gb|GD878972.1|GD878972
EST:     ACGATGTCTTCCAGGGGATGGATTGGAGGAGCATTTTGTAATACAAAT                         GGAAGGTGTTAACATCTTGGCTGTCAGTTATGGTGCCCCAGGGGCTTGCCC
genomic: GCGATGTCTTCCAGGGGATGGATTGGAGGAGCATTTTGTAATACAAATggtaattggc ... ttctgtttcaGGAAGGTGTTAACATCTTGGCTGTCAGTTATGGTGCCCCAGGGGCTTGCCC
EST: gi|193325826|gb|FK290265.1|FK290265
EST:     ACGATGTCTTCCAGGGGATGGATTGGAGGAGCATTTTGTAATACAAAT                         GGAAGGTGTTAACATCTTGGCTGTCAGTTATGGTGCCCCAGGGGCTTGCCC
genomic: GCGATGTCTTCCAGGGGATGGATTGGAGGAGCATTTTGTAATACAAATggtaattggc ... ttctgtttcaGGAAGGTGTTAACATCTTGGCTGTCAGTTATGGTGCCCCAGGGGCTTGCCC
EST: gi|254345762|gb|GR859409.1|GR859409
EST:     ACGATGTCTTCCAGGGGATGGATTGGAGGAGCATTTTGTAATACAAAT                         GGAAGGTGTTAACATCTTGGCTGTCAGTTATGGTGCCCCAGGGGCTTGCCC
genomic: GCGATGTCTTCCAGGGGATGGATTGGAGGAGCATTTTGTAATACAAATggtaattggc ... ttctgtttcaGGAAGGTGTTAACATCTTGGCTGTCAGTTATGGTGCCCCAGGGGCTTGCCC
EST: gi|207702293|gb|GD683048.1|GD683048
EST:     ATTGGAGGAGCATTTTGTAATACAAAT                         GGAAGGTGTTAACATCTTGGCTGTCAGTTATGGTGCCCCAGGGGCTTGCCC
genomic: ATTGGAGGAGCATTTTGTAATACAAATggtaattggc ... ttctgtttcaGGAAGGTGTTAACATCTTGGCTGTCAGTTATGGTGCCCCAGGGGCTTGCCC
EST: gi|193679248|gb|FK619710.1|FK619710
EST:     ACGATGTCTTCCAGGGGATGGATTGGAGGAGCATTTTGTAATACAAAT                         GGAAGGTGTTAACATCTTGGCTGTCAGTTATGGTGCCCCAGGGGCTTGCCC
genomic: GCGATGTCTTCCAGGGGATGGATTGGAGGAGCATTTTGTAATACAAATggtaattggc ... ttctgtttcaGGAAGGTGTTAACATCTTGGCTGTCAGTTATGGTGCCCCAGGGGCTTGCCC
EST: gi|207740907|gb|GD715853.1|GD715853
EST:     ACGATGTCTTCCAGGGGATGGATTGGAGGAGCATTTTGTAATACAAAT                         GGAAGGTGTTAACATCTTGGCTGTCAGTTATGGTGCCCCAGGGGCTTGCCC
genomic: GCGATGTCTTCCAGGGGATGGATTGGAGGAGCATTTTGTAATACAAATggtaattggc ... ttctgtttcaGGAAGGTGTTAACATCTTGGCTGTCAGTTATGGTGCCCCAGGGGCTTGCCC
EST: gi|208035516|gb|GD837680.1|GD837680
EST:     ACGATGTCTTCCAGGGGATGGATTGGAGGAGCATTTTGTAATACAAAT                         GGAAGGTGTTAACATCTTGGCTGTCAGTTATGGTGCCCCAGGGGCTTGCCC
genomic: GCGATGTCTTCCAGGGGATGGATTGGAGGAGCATTTTGTAATACAAATggtaattggc ... ttctgtttcaGGAAGGTGTTAACATCTTGGCTGTCAGTTATGGTGCCCCAGGGGCTTGCCC
EST: gi|208218438|gb|GE017506.1|GE017506
EST:     ACGATGTCTTCCAGGGGATGGATTGGAGGAGCATTTTGTAATACAAAT                         GGAAGGTGTTAACATCTTGGCTGTCAGTTATGGTGCCCCAGGGGCTTGCCC
genomic: GCGATGTCTTCCAGGGGATGGATTGGAGGAGCATTTTGTAATACAAATggtaattggc ... ttctgtttcaGGAAGGTGTTAACATCTTGGCTGTCAGTTATGGTGCCCCAGGGGCTTGCCC
EST: gi|207790915|gb|GD760484.1|GD760484
EST:     ACGATGTCTTCCAGGGGATGGATTGGAGGAGCATTTTGTAATACAAAT                         GGAAGGTGTTAACATCTTGGCTGTCAGTTATGGTGCCCCAGGGGCTTGCCC
genomic: GCGATGTCTTCCAGGGGATGGATTGGAGGAGCATTTTGTAATACAAATggtaattggc ... ttctgtttcaGGAAGGTGTTAACATCTTGGCTGTCAGTTATGGTGCCCCAGGGGCTTGCCC
EST: gi|192299870|gb|FG987828.1|FG987828
EST:     ACGATGTCTTCCAGGGGATGGATTGGAGGAGCATTTTGTAATACAAAT                         GGAAGGTGTTAACATCTTGGCTGTCAGTTATGGTGCCCCAGGGGCTTGCCC
genomic: GCGATGTCTTCCAGGGGATGGATTGGAGGAGCATTTTGTAATACAAATggtaattggc ... ttctgtttcaGGAAGGTGTTAACATCTTGGCTGTCAGTTATGGTGCCCCAGGGGCTTGCCC
EST: gi|207727158|gb|GD704328.1|GD704328
EST:     ACGATGTCTTCCAGGGGATGGATTGGAGGAGCATTTTGTAATACAAAT                         GGAAGGTGTTAACATCTTGGCTGTCAGTTATGGTGCCCCAGGGGCTTGCCC
genomic: GCGATGTCTTCCAGGGGATGGATTGGAGGAGCATTTTGTAATACAAATggtaattggc ... ttctgtttcaGGAAGGTGTTAACATCTTGGCTGTCAGTTATGGTGCCCCAGGGGCTTGCCC

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GCGATGTCTTCCAGGGGATGGATTGGAGGAGCATTTTGTAATACAAATggtaattggccttaatataattcaatatgttgtttatgctgcattggctctcttttatttgggaagataacttctatgcttagttcaaatcttgatacat

- - - - - - - - GATGGA
- - - - - - - - - - - TTGGAG
- - - - - - - - - - -  TGGAGG
- - - - - - - - - - - - GGAGGA
- - - - - - - - - - - -  GAGGAG
- - - - - - - - - - - - -  GGAGCA