Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTGTGGCCCTTGCAAAGTGATGGCTCCAAAGTTTCAAGAATTATCTGAAAAGTATCTGGATGTTGTCTTTCTAAAGCTTGATTGCAACCAAGACAACAGGgtatggatgtaatgtgctattttaatttatttatgaacacccttgcttaagcctaaagttaaccaatactttccttgacaaacatggtattaatttgtttaatggtttgttggcag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA18G47850.1
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA18G47850.1 (Glycine max), 5'ss of exon 2
lower sequence: GRMZM2G017419_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 2
GTGTGGCCCTTGCAAAGTGATGGCTCCAAAGTTTCAAGAATTATCTGAAAAGTATCTGGATGTTGTCTTTCTAAAGCTTGATTGCAACCAAGACAACAGGgtatggatgtaatgtgctattttaatttatttatgaacacccttgcttaagcc-taaagttaaccaatactttccttgacaaacatggtattaatttgtttaatggtttgttggcag
||| || |||||||||||||||||||| || || || ||  | ||||| ||| | ||||||||||| || || ||||| || |||||||| ||||||| |||   || |||    ||     ||   ||| ||   |   | |||| |  |||  |   |  |||  | || | ||| |      || | ||  | |  ||   |            
GTGCGGGCCTTGCAAAGTGATGGCTCCGAAATTCCAGGAGATGTCTGAGAAGAACCTGGATGTTGTGTTCCTGAAGCTCGACTGCAACCAGGACAACAAGgt---gaggtagctagcatagctaggatatatagttattactttgcattggccgcatgatctacctcttctcttctttatctgt-tgttgttgttgttgttgcag------------

upper sequence: GLYMA18G47850.1 (Glycine max), 5'ss of exon 2
lower sequence: Vv04s0023g00740.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 2
GTGTGGCCCTTGCAAAGTGATGGCTCCAAAGTTTCAAGAATTATCTGAAAAGTATCTGGATGTTGTCTTTCTAAAGCTTGATTGCAACCAAGACAACAGGgtatg-gatgtaatgtgctattttaatttatttatgaacacccttgcttaagcctaaagttaaccaatactttccttgacaaacatggtattaatttgtttaatggtttgttggcag
|||||| || |||||||||||||||||||| || |||||||| ||||  |||||||| || ||||||||||||||||| || |||||||||||||||| ||| ||  || |  |     ||   ||||   | ||  | |  |  |      |    | | | |  | |  |   ||| ||                                    
GTGTGGTCCCTGCAAAGTGATGGCTCCAAAATTCCAAGAATTGTCTGGGAAGTATCTTGACGTTGTCTTTCTAAAGCTGGACTGCAACCAAGACAACAAGgtctgtaatcttttacctgatcccaattccctgatacaaatgcacgagctcacactgattcatctgagaact--gttggcag-----------------------------------
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|208206678|gb|GE005815.1|GE005815
EST:     AGTATCTGGATGTTGTCTTTC-AAAGCTTGATTGCAACCAAGACAACAGG                         CCCTTGGCAATAGAGCTGGGAATTAAAGTGGTTCCCAC
genomic: AGTATCTGGATGTTGTCTTTCTAAAGCTTGATTGCAACCAAGACAACAGGgtatggatgt ... ttgttggcagCCCTTGGCAATAGAGCTGGGAATTAAAGTGGTTCCCAC
EST: gi|208291436|gb|GE094602.1|GE094602
EST:     AGTATCTGGATGTTGTCTTTCTAAAGCTTGATTGCAACCAAGACAACAGG                         CCCTTGGCAATAGAGCTGGGAATTAAAGTGGTTCCCACTTTCAAAATTCTG
genomic: AGTATCTGGATGTTGTCTTTCTAAAGCTTGATTGCAACCAAGACAACAGGgtatggatgt ... ttgttggcagCCCTTGGCAATAGAGCTGGGAATTAAAGTGGTTCCCACTTTCAAAATTCTG
EST: gi|208315959|gb|GE117871.1|GE117871
EST:     ATCTGGATGTTGTACTTTACTAAAAGCTTGATTGCAACCAAGACAACAGG                         CCCTTGGCAATAGAGCTGGGAATTAAAGTGGTTCCCACTTTCATAATTCTG
genomic: ATCTGGATGTTGT-CTTT-CTAAA-GCTTGATTGCAACCAAGACAACAGGgtatggatgt ... ttgttggcagCCCTTGGCAATAGAGCTGGGAATTAAAGTGGTTCCCACTTTCAAAATTCTG
EST: gi|193573980|gb|FK529298.1|FK529298
EST:     AGTATCTGGATGTTGTCTTTCTAAAGCTTGATTGCAACCAAGACAACAGG                         CCCTTGGCAATAGAGCTGGGAATTAAAGTGGTTCCCACTTTCAAAATTCTG
genomic: AGTATCTGGATGTTGTCTTTCTAAAGCTTGATTGCAACCAAGACAACAGGgtatggatgt ... ttgttggcagCCCTTGGCAATAGAGCTGGGAATTAAAGTGGTTCCCACTTTCAAAATTCTG
EST: gi|193449274|gb|FK412025.1|FK412025
EST:     AGTATCTGGATGTTGTCTTTCTAAAGCTTGATTGCAACCAAGACAACAGG                         CCCTTGGCAATAGAGCTGGGAATTAAAGTGGTTCCCACTTTCAAAATTCTG
genomic: AGTATCTGGATGTTGTCTTTCTAAAGCTTGATTGCAACCAAGACAACAGGgtatggatgt ... ttgttggcagCCCTTGGCAATAGAGCTGGGAATTAAAGTGGTTCCCACTTTCAAAATTCTG
EST: gi|208235444|gb|GE029686.1|GE029686
EST:     AGTATCTGGATGTTGTCTTTCTAAAGCTTGATTGCAACCAAGACAACAGG                         CCCTTGGCAATAGAGCTGGGAATTAAAGTGGTTCCCACTTTCAAAATT
genomic: AGTATCTGGATGTTGTCTTTCTAAAGCTTGATTGCAACCAAGACAACAGGgtatggatgt ... ttgttggcagCCCTTGGCAATAGAGCTGGGAATTAAAGTGGTTCCCACTTTCAAAATT
EST: gi|10233522|gb|BE802410.1|BE802410
EST:     AGTATCTGGATGTTGTCTTTCTAAAGCTTGATTGCAACCAAGACAACAGG                         CCCTTGGCAATAGAGCTGGGAATTAAAGTGGTTCCCACTTTCAAAATTCTG
genomic: AGTATCTGGATGTTGTCTTTCTAAAGCTTGATTGCAACCAAGACAACAGGgtatggatgt ... ttgttggcagCCCTTGGCAATAGAGCTGGGAATTAAAGTGGTTCCCACTTTCAAAATTCTG
EST: gi|22523063|gb|BU081874.1|BU081874
EST:     GTATCTNGGATGTTGTCTTTCTAAAGCTTGATTGCAACCAAGACAACAGG                         CCCTTGGCAATAGAGCTGGGAATTAAAGTGGTTCCCACTTTCAAAATTCTG
genomic: GTATCT-GGATGTTGTCTTTCTAAAGCTTGATTGCAACCAAGACAACAGGgtatggatgt ... ttgttggcagCCCTTGGCAATAGAGCTGGGAATTAAAGTGGTTCCCACTTTCAAAATTCTG
EST: gi|8669948|gb|BE191055.1|BE191055
EST:     AGTATCTGGATGTTGTCTNTCTAAAGCTTGATTGCAACCAAGACAACAGG                         CCCTTGGCAATAGAGCTGGGAATTAAAGTGGCTCCCACTTTCAAAATTCTG
genomic: AGTATCTGGATGTTGTCTTTCTAAAGCTTGATTGCAACCAAGACAACAGGgtatggatgt ... ttgttggcagCCCTTGGCAATAGAGCTGGGAATTAAAGTGGTTCCCACTTTCAAAATTCTG
EST: gi|15204667|gb|BI427435.1|BI427435
EST:     AGTATCTGGATGTTGTCTTTCTAAAGCTTGATTGCAACCAAGACAACAGG                         CCCTTGGCAATAGAGCTGGGAATTAAAGTGGTTCCCACTTTCAAAATTCTG
genomic: AGTATCTGGATGTTGTCTTTCTAAAGCTTGATTGCAACCAAGACAACAGGgtatggatgt ... ttgttggcagCCCTTGGCAATAGAGCTGGGAATTAAAGTGGTTCCCACTTTCAAAATTCTG
EST: gi|209718144|gb|BW657803.1|BW657803
EST:     AGTATCTGGATGTTGTCTTTCTAAAGCTTGATTGCAACCAAGACAACAGG                         CCCTTGGCAATAGAGCTGGGAATTAAAGTGGTTCCCACTTTCAAAATTCTG
genomic: AGTATCTGGATGTTGTCTTTCTAAAGCTTGATTGCAACCAAGACAACAGGgtatggatgt ... ttgttggcagCCCTTGGCAATAGAGCTGGGAATTAAAGTGGTTCCCACTTTCAAAATTCTG
EST: gi|193496027|gb|FK458607.1|FK458607
EST:     AGTATCTGGATGTTGTCTTTCTAAAGCTTGATTGCAACCAAGACAACAGG                         CCCTTGGCAATAGAGCTGGGAATTAAAGTGGTTCCCACTTTCAAAATTCTG
genomic: AGTATCTGGATGTTGTCTTTCTAAAGCTTGATTGCAACCAAGACAACAGGgtatggatgt ... ttgttggcagCCCTTGGCAATAGAGCTGGGAATTAAAGTGGTTCCCACTTTCAAAATTCTG
EST: gi|208097036|gb|GD894689.1|GD894689
EST:     AGTATCTGGATGTTGTCTTTCTAAAGCTTGATTGCAACCAAGACAACAGG                         CCCTTGGCAATAGAGCTGGGAATTAAAGTGGTTCCCACTTTCAAAAATTCT
genomic: AGTATCTGGATGTTGTCTTTCTAAAGCTTGATTGCAACCAAGACAACAGGgtatggatgt ... ttgttggcagCCCTTGGCAATAGAGCTGGGAATTAAAGTGGTTCCCACTTTCAAAA-TTCT
EST: gi|207820793|gb|GD791790.1|GD791790
EST:     AGTATCTGGATGTTGTCTTTCTAAAGCTTGATTGCAACCAAGACAACAGG                         CCCTGGGCAATAGAGCTGGGAATTAAAGTGGTTCCCACTTTCAAAATTCTG
genomic: AGTATCTGGATGTTGTCTTTCTAAAGCTTGATTGCAACCAAGACAACAGGgtatggatgt ... ttgttggcagCCCTTGGCAATAGAGCTGGGAATTAAAGTGGTTCCCACTTTCAAAATTCTG
EST: gi|208201450|gb|GE000014.1|GE000014
EST:     AGTATCTGGATGTTGTCTTTCTAAAGCTTGATTGCAACCAAGACAACAGG                         CCCTTGGCAATAGAGCTGGGAATTAAAGTGGTTCCCCACTTTCAAAATTCT
genomic: AGTATCTGGATGTTGTCTTTCTAAAGCTTGATTGCAACCAAGACAACAGGgtatggatgt ... ttgttggcagCCCTTGGCAATAGAGCTGGGAATTAAAGTGGTTCCC-ACTTTCAAAATTCT
EST: gi|193666151|gb|FK612210.1|FK612210
EST:     AGTATCTGGATGTTGTCTTTCTAAAGCTTGATTGCAACCAAGACAACAGG                         CCCTTGGCAAATAAGAAGCTGGGAATTAAAGTGGTTCCCACTTTCAAAATT
genomic: AGTATCTGGATGTTGTCTTTCTAAAGCTTGATTGCAACCAAGACAACAGGgtatggatgt ... ttgttggcagCCCTTGGCAA-TA-GA-GCTGGGAATTAAAGTGGTTCCCACTTTCAAAATT
EST: gi|15204672|gb|BI427440.1|BI427440
EST:     AGTATCTGGATGTTGTCTTTCTAAAGCTTGATTGCAACCAAGACAACAGG                         CCCTTGGCAATAGAGCTGGGAATTAAAGTGGTTCCCACTTTCAAAATTCTG
genomic: AGTATCTGGATGTTGTCTTTCTAAAGCTTGATTGCAACCAAGACAACAGGgtatggatgt ... ttgttggcagCCCTTGGCAATAGAGCTGGGAATTAAAGTGGTTCCCACTTTCAAAATTCTG
EST: gi|208110738|gb|GD910892.1|GD910892
EST:     AGTATCTGGATGTTGTCTTTCTAAAGCTTGATTGCAACCAAGACAACAGG                         CCCTTGGCAATAGAGCTGGGAATTAAAGTGGTTCCCACTTTCAAAATTACT
genomic: AGTATCTGGATGTTGTCTTTCTAAAGCTTGATTGCAACCAAGACAACAGGgtatggatgt ... ttgttggcagCCCTTGGCAATAGAGCTGGGAATTAAAGTGGTTCCCACTTTCAAAATT-CT
EST: gi|208178337|gb|GD978290.1|GD978290
EST:     AGCATCTGGATGTTGTCTTTCTAAAGCTTGATTGCAACCAAGACAACAGG                         CCCTTGGCAATAGAGCTGGGAATTAAAGTGGTTCCCACTTTCAAAATTCTG
genomic: AGTATCTGGATGTTGTCTTTCTAAAGCTTGATTGCAACCAAGACAACAGGgtatggatgt ... ttgttggcagCCCTTGGCAATAGAGCTGGGAATTAAAGTGGTTCCCACTTTCAAAATTCTG
EST: gi|10844836|gb|BF068037.1|BF068037
EST:     AGTATCTGGATGTTGTCTTTCTAAAGCTTGATTGCAACCAATACAACAGG                         CCCTTGGCAATAGAGCTGGGAATTAAAGTGGTTCCCACTTTCAAAATTCTG
genomic: AGTATCTGGATGTTGTCTTTCTAAAGCTTGATTGCAACCAAGACAACAGGgtatggatgt ... ttgttggcagCCCTTGGCAATAGAGCTGGGAATTAAAGTGGTTCCCACTTTCAAAATTCTG
EST: gi|10231562|gb|BE800450.1|BE800450
EST:     AGTATCTGGATGTTGTCTTTCTAAAGCTTGATTGCAACCAAGACAACAGG                         CCCTTGGCAATAGAGCTGGGAATTAAAGTGGTTCCCACTTTCAAAATTCTG
genomic: AGTATCTGGATGTTGTCTTTCTAAAGCTTGATTGCAACCAAGACAACAGGgtatggatgt ... ttgttggcagCCCTTGGCAATAGAGCTGGGAATTAAAGTGGTTCCCACTTTCAAAATTCTG
EST: gi|20498028|gb|BQ272958.1|BQ272958
EST:     AGTATCTGGATGTTGTCTTTCTAAAGCTTGATTGCAACCAAGACAACAGG                         CCCTTGGCAATAGAGCTGGGAATTAAAGTGGTTCCCACTTTCAAAATTCTG
genomic: AGTATCTGGATGTTGTCTTTCTAAAGCTTGATTGCAACCAAGACAACAGGgtatggatgt ... ttgttggcagCCCTTGGCAATAGAGCTGGGAATTAAAGTGGTTCCCACTTTCAAAATTCTG
EST: gi|5760472|gb|AI965835.1|AI965835
EST:     AGTATCTGGATGTTGTCTTTCTAAAGCTTGATTGCAACCAAGACAACAGG                         CCCTTGGCAATAGAGCTGTGAATTAAAGTGGTTCCCACTCTCAAAATTCTG
genomic: AGTATCTGGATGTTGTCTTTCTAAAGCTTGATTGCAACCAAGACAACAGGgtatggatgt ... ttgttggcagCCCTTGGCAATAGAGCTGGGAATTAAAGTGGTTCCCACTTTCAAAATTCTG
EST: gi|193413845|gb|FK378276.1|FK378276
EST:     AGTATCTGGATGTTGTCTTTCTAAAGCTTGATTGCAACCAAGACAACAGG                         CCCTTGGCAATAGAGCTGGGAATTAAAGTGGTTCCCACTTTCAAAATTCTG
genomic: AGTATCTGGATGTTGTCTTTCTAAAGCTTGATTGCAACCAAGACAACAGGgtatggatgt ... ttgttggcagCCCTTGGCAATAGAGCTGGGAATTAAAGTGGTTCCCACTTTCAAAATTCTG
EST: gi|208076715|gb|GD875644.1|GD875644
EST:     GTATCTGGATGTTAGTCTTTCTAAAGCTTGATTGCAACCAAGACAACAGG                         CCCTTGGCAATAGAGCTGGG
genomic: GTATCTGGATGTT-GTCTTTCTAAAGCTTGATTGCAACCAAGACAACAGGgtatggatgt ... ttgttggcagCCCTTGGCAATAGAGCTGGG
EST: gi|208247694|gb|GE045278.1|GE045278
EST:     AGTATCTGGATGTTGTCTTTCTAAAGCTTGATTGCAACCAAGACAACAGG                         CCCTTGGCAATAGAGCTGGGAATTAAAGTGGTTCCCCACTTTCAAAATT
genomic: AGTATCTGGATGTTGTCTTTCTAAAGCTTGATTGCAACCAAGACAACAGGgtatggatgt ... ttgttggcagCCCTTGGCAATAGAGCTGGGAATTAAAGTGGTTCCC-ACTTTCAAAATT