Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...aaggatttggttgatcttttatgtcattgttatcattgctgcttattaccaactgaacctttggataaccttcgatatgaatttatgaattctttttcagGTGTGGCCCTTGCAAAGTGATGGCTCCAAAGTTTCAAGAATTATCTGAAAAGTATCTGGATGTTGTCTTTCTAAAGCTTGATTGCAACCAAGACAACAGG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA18G47850.1
intron # 1
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA18G47850.1 (Glycine max), 3'ss of exon 1
lower sequence: GRMZM2G017419_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 1
aaggatttggttgatcttttatgtcattgttatcattgctgcttatta-ccaactgaacctttggataaccttcgata------tgaatttatgaattct-ttttcagGTGTGGCCCTTGCAAAGTGATGGCTCCAAAGTTTCAAGAATTATCTGAAAAGTATCTGGATGTTGTCTTTCTAAAGCTTGATTGCAACCAAGACAACAGG
    ||   | |||||| | ||| || |      ||  |  || | || | |  |||   | |   ||   |  || |      ||  || || ||   | ||| |||||| || |||||||||||||||||||| || || || ||  | ||||| ||| | ||||||||||| || || ||||| || |||||||| ||||||| |
----atggtgatgatctctaatgacaatag----atctcacctcactagctagatgattgtgtacgtagaatctgagacagcagtgtgttcattaacaatatttgcagGTGCGGGCCTTGCAAAGTGATGGCTCCGAAATTCCAGGAGATGTCTGAGAAGAACCTGGATGTTGTGTTCCTGAAGCTCGACTGCAACCAGGACAACAAG

upper sequence: GLYMA18G47850.1 (Glycine max), 3'ss of exon 1
lower sequence: Vv04s0023g00740.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 1
-aaggatt--tggt-tgatcttttatgtcattgttatcattg-ctgcttattaccaactgaacctttggataaccttcgatatgaatttatgaattctttttcagGTGTGGCCCTTGCAAAGTGATGGCTCCAAAGTTTCAAGAATTATCTGAAAAGTATCTGGATGTTGTCTTTCTAAAGCTTGATTGCAACCAAGACAACAGG
 ||| | |     |  ||  | | |||  | |  | |  |   |   || ||        |   |||   | |  |   ||||   |   | ||||||   |||||||||| || |||||||||||||||||||| || |||||||| ||||  |||||||| || ||||||||||||||||| || |||||||||||||||| |
caagaactgccaatgcgacttgtaatgcaactcatctgttgatccaattttttttggtacattatttacctgatgtc--atattgttgcttaaattct---tcagGTGTGGTCCCTGCAAAGTGATGGCTCCAAAATTCCAAGAATTGTCTGGGAAGTATCTTGACGTTGTCTTTCTAAAGCTGGACTGCAACCAAGACAACAAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|208206678|gb|GE005815.1|GE005815
EST:     GGGAT-AAACCGTTGTCCTTGACATGTACACACAATG                         GTGTGGCCCTTGCAAAGTGATGGCTCCAAAGTTTCAAGAATTATCTGAAAA
genomic: GGGATAAAACCGTTGTCCTTGACATGTACACACAATGgtatgtatct ... tctttttcagGTGTGGCCCTTGCAAAGTGATGGCTCCAAAGTTTCAAGAATTATCTGAAAA
EST: gi|208291436|gb|GE094602.1|GE094602
EST:     GCCGGGAATAAAACCGTTGTCCTTGACATGTACACACAATG                         GTGTGGCCCTTGCAAAGTGATGGCTCCAAAGTTTCAAGAATTATCTGAAAA
genomic: GCCGGGGATAAAACCGTTGTCCTTGACATGTACACACAATGgtatgtatct ... tctttttcagGTGTGGCCCTTGCAAAGTGATGGCTCCAAAGTTTCAAGAATTATCTGAAAA
EST: gi|208315959|gb|GE117871.1|GE117871
EST:     GCCGGGGATAAAACCGTTGTCCTTGACATGTACACACAATG                         GTGTGGCCCTTGCAAAGTGATGGCTCCAAAGTTTCAAGAATTATCTGAAAA
genomic: GCCGGGGATAAAACCGTTGTCCTTGACATGTACACACAATGgtatgtatct ... tctttttcagGTGTGGCCCTTGCAAAGTGATGGCTCCAAAGTTTCAAGAATTATCTGAAAA
EST: gi|193573980|gb|FK529298.1|FK529298
EST:     GGGGATAAAACCGTTGTTCCTTTGACATGTACACACAATG                         GTGTGGCCCTTGCAAAGTGAATGGCTCCAAAGTTTCAAGAATTATCTGAAA
genomic: GGGGATAAAACCGTTG-TCC-TTGACATGTACACACAATGgtatgtatct ... tctttttcagGTGTGGCCCTTGCAAAGTG-ATGGCTCCAAAGTTTCAAGAATTATCTGAAA
EST: gi|193449274|gb|FK412025.1|FK412025
EST:     CTGCCGGGGATAAAACCGTTGTCCTTGACATGTACACGCAATG                         GTGTGGCCCTTGCAAAGTGATGGCTCCAAAGTTTCAAGAATTATCTGAAAA
genomic: CTGCCGGGGATAAAACCGTTGTCCTTGACATGTACACACAATGgtatgtatct ... tctttttcagGTGTGGCCCTTGCAAAGTGATGGCTCCAAAGTTTCAAGAATTATCTGAAAA
EST: gi|208235444|gb|GE029686.1|GE029686
EST:     GCCGGGGATAAAACCGTTGTCCTTGACATGTACACACAATG                         GTGTGGCCCTTGCAAAGTGATGGCTCCAAAGTTTCAAGAATTATCTGAAAA
genomic: GCCGGGGATAAAACCGTTGTCCTTGACATGTACACACAATGgtatgtatct ... tctttttcagGTGTGGCCCTTGCAAAGTGATGGCTCCAAAGTTTCAAGAATTATCTGAAAA
EST: gi|10233522|gb|BE802410.1|BE802410
EST:     GTTAAGGCTGCCGGGGATAAAACCGTTGTCCTTGACATGTACACACAATG                         GTGTGGCCCTTGCAAAGTGATGGCTCCAAAGTTTCAAGAATTATCTGAAAA
genomic: GTTAAGGCTGCCGGGGATAAAACCGTTGTCCTTGACATGTACACACAATGgtatgtatct ... tctttttcagGTGTGGCCCTTGCAAAGTGATGGCTCCAAAGTTTCAAGAATTATCTGAAAA
EST: gi|22523063|gb|BU081874.1|BU081874
EST:     GTTAAGGCTGCCGGGGATAAAACCGTTGTCCTTGACATGTACACACAATG                         GTGTGGCCCTTGCAAAGTGATGGCTCCAAAGTTTCAAGAATTATCTGAAAA
genomic: GTTAAGGCTGCCGGGGATAAAACCGTTGTCCTTGACATGTACACACAATGgtatgtatct ... tctttttcagGTGTGGCCCTTGCAAAGTGATGGCTCCAAAGTTTCAAGAATTATCTGAAAA
EST: gi|8669948|gb|BE191055.1|BE191055
EST:     GTTAAGGCTGCCGGGGATAAAACCGTTGTCCTTGACATGTACACACAATG                         GTGTGGCCCTTGCAAAGTGATGGCTCCAAAGTTTCAAGAATTATCTGAAAA
genomic: GTTAAGGCTGCCGGGGATAAAACCGTTGTCCTTGACATGTACACACAATGgtatgtatct ... tctttttcagGTGTGGCCCTTGCAAAGTGATGGCTCCAAAGTTTCAAGAATTATCTGAAAA
EST: gi|15204667|gb|BI427435.1|BI427435
EST:     GTTAAGGCTGCCGGGGATAAAACCGTTGTCCTTGACATGTACACACAATG                         GTGTGGCCCTTGCAAAGTGATGGCTCCAAAGTTTCAAGAATTATCTGAAAA
genomic: GTTAAGGCTGCCGGGGATAAAACCGTTGTCCTTGACATGTACACACAATGgtatgtatct ... tctttttcagGTGTGGCCCTTGCAAAGTGATGGCTCCAAAGTTTCAAGAATTATCTGAAAA
EST: gi|209718144|gb|BW657803.1|BW657803
EST:     GTTAAGGCTGCCGGGGATAAAACCGTTGTCCTTGACATGTACACACAATG                         GTGTGGCCCTTGCAAAGTGATGGCTCCAAAGTTTCAAGAATTATCTGAAAA
genomic: GTTAAGGCTGCCGGGGATAAAACCGTTGTCCTTGACATGTACACACAATGgtatgtatct ... tctttttcagGTGTGGCCCTTGCAAAGTGATGGCTCCAAAGTTTCAAGAATTATCTGAAAA
EST: gi|193496027|gb|FK458607.1|FK458607
EST:     GCCGGGGATAAAACCGTTGTCCTTGACATGTACACACAATG                         GTGTGGCCCTTGCAAGGTGATGGCTCCAAAGTTTCAAGAATTATCTGAAGA
genomic: GCCGGGGATAAAACCGTTGTCCTTGACATGTACACACAATGgtatgtatct ... tctttttcagGTGTGGCCCTTGCAAAGTGATGGCTCCAAAGTTTCAAGAATTATCTGAAAA
EST: gi|208097036|gb|GD894689.1|GD894689
EST:     GCCGGGGATAAAACCGTTGTCCTTGACATGTACACACAATG                         GTGTGGCCCTTGCAAAGTGATGGCTCCCAAGTTTCAAGAATTATCTGAAAA
genomic: GCCGGGGATAAAACCGTTGTCCTTGACATGTACACACAATGgtatgtatct ... tctttttcagGTGTGGCCCTTGCAAAGTGATGGCTCCAAAGTTTCAAGAATTATCTGAAAA
EST: gi|207820793|gb|GD791790.1|GD791790
EST:     GCCGGGGATAAAACCGTTGTTCCTTGTACTATGTACACACAATG                         GTGTGGCCC-TGCAAAGTGATGGCTCCAAAGTTTCAAGAATTATCTGAAAA
genomic: GCCGGGGATAAAACCGTTG-TCCTTG-AC-ATGTACACACAATGgtatgtatct ... tctttttcagGTGTGGCCCTTGCAAAGTGATGGCTCCAAAGTTTCAAGAATTATCTGAAAA
EST: gi|208201450|gb|GE000014.1|GE000014
EST:     GCCGGGGATAAAACCGTTGTCCTTGACATGTACACACAATG                         GTGTGGCCCTTGCAAAGTGATGGCTCCAAAGTTTCAAGAATTATCTGAAAA
genomic: GCCGGGGATAAAACCGTTGTCCTTGACATGTACACACAATGgtatgtatct ... tctttttcagGTGTGGCCCTTGCAAAGTGATGGCTCCAAAGTTTCAAGAATTATCTGAAAA
EST: gi|193666151|gb|FK612210.1|FK612210
EST:     GCCGGGGATAAAACCGTTGTCCTTGACATGTACACACAATG                         GTGTGGCCCTTGCAAAGTGATGGCTCCAAAGTTTCAAGAATTATCTGAAAA
genomic: GCCGGGGATAAAACCGTTGTCCTTGACATGTACACACAATGgtatgtatct ... tctttttcagGTGTGGCCCTTGCAAAGTGATGGCTCCAAAGTTTCAAGAATTATCTGAAAA
EST: gi|15204672|gb|BI427440.1|BI427440
EST:     GTTAAGGCTGCCGGGGATAAAACCGTTGTCCTTGACATGTACACACAATG                         GTGTGGCCCTTGCAAAGTGATGGCTCCAAAGTTTCAAGAATTATCTGAAAA
genomic: GTTAAGGCTGCCGGGGATAAAACCGTTGTCCTTGACATGTACACACAATGgtatgtatct ... tctttttcagGTGTGGCCCTTGCAAAGTGATGGCTCCAAAGTTTCAAGAATTATCTGAAAA
EST: gi|208110738|gb|GD910892.1|GD910892
EST:     GTTAAGGCTGCCGGGGATAAAACCGTTGTCCTTGACATGTACACACAATG                         GTGTGGCCCTTGCAAAGTGATGGCTCCAAAGTTTCAAGAATTATCTGAAAA
genomic: GTTAAGGCTGCCGGGGATAAAACCGTTGTCCTTGACATGTACACACAATGgtatgtatct ... tctttttcagGTGTGGCCCTTGCAAAGTGATGGCTCCAAAGTTTCAAGAATTATCTGAAAA
EST: gi|208178337|gb|GD978290.1|GD978290
EST:     CTGCCGGGGATAAAACCGTTGTCCTTGACATGTACACACAATG                         GTGTGGCCCTTGCAAAGTGATGGCTCCAAAGTTTCAAGAATTATCTGAAAA
genomic: CTGCCGGGGATAAAACCGTTGTCCTTGACATGTACACACAATGgtatgtatct ... tctttttcagGTGTGGCCCTTGCAAAGTGATGGCTCCAAAGTTTCAAGAATTATCTGAAAA
EST: gi|10844836|gb|BF068037.1|BF068037
EST:     GTTATGGCTGCCTGGGATAAAACCGTTGTCCTTGACATGTACACACAATG                         GTGTGGCCCTTGCAAAGTGATGGCTCCAAAGTTTCAAGAATTATCTGAAAA
genomic: GTTAAGGCTGCCGGGGATAAAACCGTTGTCCTTGACATGTACACACAATGgtatgtatct ... tctttttcagGTGTGGCCCTTGCAAAGTGATGGCTCCAAAGTTTCAAGAATTATCTGAAAA
EST: gi|10231562|gb|BE800450.1|BE800450
EST:     GTTAAGGCTGCCGGGGATAAAACCGTTGTCCTTGACATGTACACACAATG                         GTGTGGCCCTTGCAAAGTGATGGCTCCAAAGTTTCAAGAATTATCTGAAAA
genomic: GTTAAGGCTGCCGGGGATAAAACCGTTGTCCTTGACATGTACACACAATGgtatgtatct ... tctttttcagGTGTGGCCCTTGCAAAGTGATGGCTCCAAAGTTTCAAGAATTATCTGAAAA
EST: gi|20498028|gb|BQ272958.1|BQ272958
EST:     GTTAAGGCTGCCGGGGATAAAACCGTTGTCCTTGACATGTACACACAATG                         GTGTGGCCCTTGCAAAGTGATGGCTCCAAAGTTTCAAGAATTATCTGAAAA
genomic: GTTAAGGCTGCCGGGGATAAAACCGTTGTCCTTGACATGTACACACAATGgtatgtatct ... tctttttcagGTGTGGCCCTTGCAAAGTGATGGCTCCAAAGTTTCAAGAATTATCTGAAAA
EST: gi|5760472|gb|AI965835.1|AI965835
EST:     GTTAAGGCTGCCGGGGATAAAACCGTTGTCCTTGACATGTACACACAATG                         GTGTGGCCCTTGCAAAGTGATGGCTCCAAAGTTTCAAGAATTATCTGAAAA
genomic: GTTAAGGCTGCCGGGGATAAAACCGTTGTCCTTGACATGTACACACAATGgtatgtatct ... tctttttcagGTGTGGCCCTTGCAAAGTGATGGCTCCAAAGTTTCAAGAATTATCTGAAAA
EST: gi|20448963|gb|BQ253087.1|BQ253087
EST:     GTTAAGGCTGCCGGGGATAAAACCGTTGTCCTTGACATGTACACACAATG                         GTGTGGCCCTTGCAAAGTGATGGCTCCAAAGTTTCAAGAATTATCTGAAAA
genomic: GTTAAGGCTGCCGGGGATAAAACCGTTGTCCTTGACATGTACACACAATGgtatgtatct ... tctttttcagGTGTGGCCCTTGCAAAGTGATGGCTCCAAAGTTTCAAGAATTATCTGAAAA
EST: gi|193413845|gb|FK378276.1|FK378276
EST:     GCCGGGGATAAAACCGTTGTCCTCGACATGTACTACACAATG                         GTGTGGCCCTTGCAAAGTGATGGCTCCAAAGTTTCAAGAATTATCTGAAA
genomic: GCCGGGGATAAAACCGTTGTCCTTGACATGTAC-ACACAATGgtatgtatct ... tctttttcagGTGTGGCCCTTGCAAAGTGATGGCTCCAAAGTTTCAAGAATTATCTGAAA
EST: gi|208076715|gb|GD875644.1|GD875644
EST:     GCCGGGGAT-AAACCGTTGTCCTTGACATGTACACACAATG                         GTGTGGCCCTTGCAAAGTGATGGCTCCAAAGTTTCAAGAATTATCTGAAAA
genomic: GCCGGGGATAAAACCGTTGTCCTTGACATGTACACACAATGgtatgtatct ... tctttttcagGTGTGGCCCTTGCAAAGTGATGGCTCCAAAGTTTCAAGAATTATCTGAAAA
EST: gi|208247694|gb|GE045278.1|GE045278
EST:     GCCGGGGATAAAACCGTTGTTCCTTTGACATGTACACACAATG                         GTGTGGCCCTTGCAAAGTGATGGCTCCAAAGTTTCAAGAATTATCTGAAAA
genomic: GCCGGGGATAAAACCGTTG-TCC-TTGACATGTACACACAATGgtatgtatct ... tctttttcagGTGTGGCCCTTGCAAAGTGATGGCTCCAAAGTTTCAAGAATTATCTGAAAA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttaccaactgaacctttggataaccttcgatatgaatttatgaattctttttcagGTGTGGCCCTTGCAAAGTGATGGCTCCAAAGTTTCAAGAATTATCTGAAAAGTATCTGGATGTTGTCTTTCTAAAGCTTGATTGCAACCAAGACAACAGG
                 ggataac  putative branch site (score: 3)
                                            ttctttttc  putative PPT
                             atatgaatttatgaat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
aaggatttggttgatcttttatgtcattgttatcattgctgcttattaccaactgaacctttggataaccttcgatatgaatttatgaattctttttcagGTGTGGCCCTTGCAAAGTGATGGCTCCAAAGTTTCAAGAATTATCTGAAAAGTATCTGGATGTTGTCTTTCTAAAGCTTGATTGCAACCAAGACAACAGG

- ggatttg
- - - - - - - - - - - - - - - - - -ttgctgc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -accaact