1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
...ttctgagaaccaatttctgggttttatttcagaagcaatcaggttttttttatttatttaattcatacttgactgatgtgtcattggcttcgatgtcagaGTACTGTGAAAAGTATGCTAAACCTGAAGACATAGGGGAAGCCACAGAAGAGAAATCCAGCGATGAGGAGATGAGTGAAGATGAATATGACTCTAGTGAT
species | Glycine max |
transcript | GLYMA18G46940.1 |
intron # | 6 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TTATTCATTCCATCCAATGCCTTGTTATCTATCTATGGACAATGAAATGA GTACTGTGAAAAGTATGCTAAACCTGAAGACATAGGGGAAGCCACAGAAGA
genomic: TTATTCATTCCATCCAATGCCTTGTTATCTATCTATGGACAATGAAATGGtaactttatt ... cgatgtcagaGTACTGTGAAAAGTATGCTAAACCTGAAGACATAGGGGAAGCCACAGAAGA
ttttttatttatttaattcatacttgactgatgtgtcattggcttcgatgtcagaGTACTGTGAAAAGTATGCTAAACCTGAAGACATAGGGGAAGCCACAGAAGAGAAATCCAGCGATGAGGAGATGAGTGAAGATGAATATGACTCTAGTGAT
gactgat putative branch site (score: 3)
tatttatttaattcat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ttctgagaaccaatttctgggttttatttcagaagcaatcaggttttttttatttatttaattcatacttgactgatgtgtcattggcttcgatgtcagaGTACTGTGAAAAGTATGCTAAACCTGAAGACATAGGGGAAGCCACAGAAGAGAAATCCAGCGATGAGGAGATGAGTGAAGATGAATATGACTCTAGTGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGATG
ttctgag
- - - - - - - - - gggtttt
- - - - - - - - - - - - - - - - - gcaatca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -actgatg