1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' |
...tccattccgtgttaaataaaccatgttgggaatgtttcctgtagttttttgcctgcctgttctgtgtaagtgtatgaacccacaatttgttcacatgcagTGCAAAAATGTAATTAGCAAGCTCCAAAGGAGAATAGACAAGGAAGGCCATCAAATTGTACCTTTGCTAACAGATTTGTGGAAGAGGATGGAGAATTCTG
species | Glycine max |
transcript | GLYMA18G46930.1 |
intron # | 11 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: ATGGATCTTCAGCTCATGGGACTAAGACAACCGAAATCATCCAGAGAGGA TGCAAAAATGTAATTAGCAAGCTCCAAAGGAGAATAGACAAGGAAG-CCAT
genomic: ATGGATCTTCAGCTCATGGGACTAAGACAACCGAAATCATCCAGAGAGGAgtatgtgcca ... tcacatgcagTGCAAAAATGTAATTAGCAAGCTCCAAAGGAGAATAGACAAGGAAGGCCAT
tttttgcctgcctgttctgtgtaagtgtatgaacccacaatttgttcacatgcagTGCAAAAATGTAATTAGCAAGCTCCAAAGGAGAATAGACAAGGAAGGCCATCAAATTGTACCTTTGCTAACAGATTTGTGGAAGAGGATGGAGAATTCTG
tttgttc CT-rich tract
aatttgtt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tccattccgtgttaaataaaccatgttgggaatgtttcctgtagttttttgcctgcctgttctgtgtaagtgtatgaacccacaatttgttcacatgcagTGCAAAAATGTAATTAGCAAGCTCCAAAGGAGAATAGACAAGGAAGGCCATCAAATTGTACCTTTGCTAACAGATTTGTGGAAGAGGATGGAGAATTCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAA
-ccattcc
- - - - - - -aaataaa
- - - - - - - - - - - -tgttggg
- - - - - - - - - - - - - - - - tgtttcc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ttctgtg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgtatga
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -acccaca