1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' |
...attgccatatatttttaacatgcagtagaaattttggtgattttataaattttctgtatgttggtcatatttctaatcgatgcaacttgtacttgtgtagCTGGAGGGAACTAAGTTTGAGAATGTTGACTTGTCAAGTGGAGAATATGCCGAGTATGATGAGAAGGGAGAGTGCCCAGTAATGATATCCAATCTTCGAG
species | Glycine max |
transcript | GLYMA17G34940.1 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GCTATGAGCCAGTAGATTTTGTATTCGGTGATGGATGGAAAGTTGAATCA CTGGAGGGAACTAAGTTTGAGAATGTTGACTTGTCAAGTGGAGAATATGCCEST: gi|17401733|gb|BM178515.1|BM178515
genomic: GCTATGAGCCAGTAGATTTTGTATTCGGTGATGGATGGAAAGTTGAATCAgtgagtatcc ... acttgtgtagCTGGAGGGAACTAAGTTTGAGAATGTTGACTTGTCAAGTGGAGAATATGCC
EST: GAGCCAGTAGATTTTGTATTCGGTGATGGATGGAAAGTTGAATCA CTGGAGGGAACTAAGTTTGAGAATGTTGACTTGTCAAGTGGAGAATATGCCEST: gi|58014583|gb|CX701325.1|CX701325
genomic: GAGCCAGTAGATTTTGTATTCGGTGATGGATGGAAAGTTGAATCAgtgagtatcc ... acttgtgtagCTGGAGGGAACTAAGTTTGAGAATGTTGACTTGTCAAGTGGAGAATATGCC
EST: GCTATGAGCCAGTAGATTTTGTATTCGGTGATGGATGGAAAGTTGAATCA CTGGAGGGAACTAAGTTTGAGAATGTTGACTTGTCAAGTGGAGAATATGCCEST: gi|192326020|gb|FK016202.1|FK016202
genomic: GCTATGAGCCAGTAGATTTTGTATTCGGTGATGGATGGAAAGTTGAATCAgtgagtatcc ... acttgtgtagCTGGAGGGAACTAAGTTTGAGAATGTTGACTTGTCAAGTGGAGAATATGCC
EST: GCTATGAGCCAGTAGATTTTGTATTCGGTGATGGATGGAAAGTTGAATCA CTGGAGGGAACTAAGTTTGAGAATGTTGACTTGTCAAGTGGAGAATATGCC
genomic: GCTATGAGCCAGTAGATTTTGTATTCGGTGATGGATGGAAAGTTGAATCAgtgagtatcc ... acttgtgtagCTGGAGGGAACTAAGTTTGAGAATGTTGACTTGTCAAGTGGAGAATATGCC
taaattttctgtatgttggtcatatttctaatcgatgcaacttgtacttgtgtagCTGGAGGGAACTAAGTTTGAGAATGTTGACTTGTCAAGTGGAGAATATGCCGAGTATGATGAGAAGGGAGAGTGCCCAGTAATGATATCCAATCTTCGAG
ttctaat putative branch site (score: 2)
atatttctaat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| attgccatatatttttaacatgcagtagaaattttggtgattttataaattttctgtatgttggtcatatttctaatcgatgcaacttgtacttgtgtagCTGGAGGGAACTAAGTTTGAGAATGTTGACTTGTCAAGTGGAGAATATGCCGAGTATGATGAGAAGGGAGAGTGCCCAGTAATGATATCCAATCTTCGAG
- tgccata
- - - - - - - - -acatgca
- - - - - - - - - - - - - - - - tttggtg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -atgttgg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gatgcaa