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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gttggcttatttttctgttctcttatatatttccctcttattcctgtttatgttttaattagctctgattaccctgctctttacctatatgattgcagCTTCGAGTTGTTCGAGCTGTTGCTGTTCTTGGAGGCCTACTTCAGATTTTTCTATTTATGTGCATGTGTGGGCTTACAGTATCA

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA17G34780.1
intron # 8
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA17G34780.1 (Glycine max), 3'ss of exon 8
lower sequence: AT5G11800.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 8
gttggcttatttttctgttctcttatatatttccctcttattcctgtttatgttttaattagctctgattaccctgctctttacctatatgattgcagCTTCGAGTTGTTCGAGCTGTTGCTGTTCTTGGAGGCCTACTTCAGATTTTTCTATTTATGTGCATGTGTGGGCTTACAGTATCA
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----gtgagatcaaccg--ctttgatttgtatagtgttgaattaaattgttaacataacaaactcttgagctcctttcctcttactatgt------agCTTAAAGTTGTTCGATCAGTTGCTGTTCTGGGAGGCCTTCTTCAAATTCTTCTATTCATGTTCTTGTGCGGTATCACAGTGTCG


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ctgtttatgttttaattagctctgattaccctgctctttacctatatgattgcagCTTCGAGTTGTTCGAGCTGTTGCTGTTCTTGGAGGCCTACTTCAGATTTTTCTATTTATGTGCATGTGTGGGCTTACAGTATCA
     tatgttttaatta  TA-rich tract