1 5' 3' | 2 5' 3' |
...tctcagcatttttgtttccctttcatgtatcatttttatgatgagagagtttccaaaatcctgttatgtttaagttggattttaacatgttgaattgcagCTTTGTTTAGATGGGGTGTGGCATTGCAGCAGCGATCTCGCTTAAGGCCGGGAAGTAGTAAAGAGAAGGTAAAGTTACTGCAGCAAGCAAAAAGGCTATA
species | Glycine max |
transcript | GLYMA17G12650.1 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TGACAAGTTCGATGCTATGCTGTTAAAGGGCAATGTTTATGCACCAGATG CTTTGTTTAGATGGGGTGTGGCATTGCAGCAGCGATCTCGCTTAAGGCCGGEST: gi|192314067|gb|FK008807.1|FK008807
genomic: TGACAAGTTCGATGCTATGCTGTTAAAGGGCAATGTTTATGCACCAGATGgtattatgtc ... tgaattgcagCTTTGTTTAGATGGGGTGTGGCATTGCAGCAGCGATCTCGCTTAAGGCCGG
EST: TGACAAGTTCGATGCTATGCTGTTAAAGGGCAATGTTTATGCACCAGATG CTTTGTTTAGATGGGGTGTGGCATTGCAGCAGCGATCTCGCTTAAGGCCGGEST: gi|51337969|gb|CO981835.1|CO981835
genomic: TGACAAGTTCGATGCTATGCTGTTAAAGGGCAATGTTTATGCACCAGATGgtattatgtc ... tgaattgcagCTTTGTTTAGATGGGGTGTGGCATTGCAGCAGCGATCTCGCTTAAGGCCGG
EST: TGACAAGTTGGATGTTATGCTGTTAAAGGGCAATGTTTATGCACCAGATG CTTTGTTTAGATGGGGTGTGGCATTGCAGCAGCGATCTCGATTAAGACCGG
genomic: TGACAAGTTCGATGCTATGCTGTTAAAGGGCAATGTTTATGCACCAGATGgtattatgtc ... tgaattgcagCTTTGTTTAGATGGGGTGTGGCATTGCAGCAGCGATCTCGCTTAAGGCCGG
agagtttccaaaatcctgttatgtttaagttggattttaacatgttgaattgcagCTTTGTTTAGATGGGGTGTGGCATTGCAGCAGCGATCTCGCTTAAGGCCGGGAAGTAGTAAAGAGAAGGTAAAGTTACTGCAGCAAGCAAAAAGGCTATA
ttttaac putative branch site (score: 2)
ttatgtttaa TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tctcagcatttttgtttccctttcatgtatcatttttatgatgagagagtttccaaaatcctgttatgtttaagttggattttaacatgttgaattgcagCTTTGTTTAGATGGGGTGTGGCATTGCAGCAGCGATCTCGCTTAAGGCCGGGAAGTAGTAAAGAGAAGGTAAAGTTACTGCAGCAAGCAAAAAGGCTATA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGCAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCAA
- - - - - - - - -ccctttc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgatgag