Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AAGATGGCCAAGAGAAGTGTTGCTGCTAATTCTTCTTTTGAGAGTACTAGCTTGGCTTCTCTGGATCAAAAGTTGGCCATGGCCAAGCGCTGCTCTCATGgtaatgtatactttgagagtgtaaaagcattctatatggttcagaattatggtcattaatgagtttgcaaatttctcgatatctgaattacatggtttcaatttacattttttatttgtgtgtaaacag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA17G12610.1
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|192298126|gb|FG991406.1|FG991406
EST:     CTTGGCTTCTCTGGATCAAAAGTTGGCCATGGCCAAGCGCTGCTCTCATG                         AGGGTGCGATGGCAGGAGCCAAGGCAGCTGTTGCTGCTACTATTGCCACTG
genomic: CTTGGCTTCTCTGGATCAAAAGTTGGCCATGGCCAAGCGCTGCTCTCATGgtaatgtata ... gtgtaaacagAGGGTGCGATGGCAGGAGCCAAGGCAGCTGTTGCTGCTACTATTGCCACTG
EST: gi|151398293|gb|EV268164.1|EV268164
EST:     CTTGGCTTCTCTGGATCAAAAGTTGGCCATGGCCAAGCGCTGCTCTCATG                         AGGGTGCGATGGCAGGAGCCAAGGCAGCTGTTGCTGCTACTATTGCCACTG
genomic: CTTGGCTTCTCTGGATCAAAAGTTGGCCATGGCCAAGCGCTGCTCTCATGgtaatgtata ... gtgtaaacagAGGGTGCGATGGCAGGAGCCAAGGCAGCTGTTGCTGCTACTATTGCCACTG
EST: gi|11687774|gb|BF595450.1|BF595450
EST:     CTTGGCTTCTCTGGATCAAAAGTTGGCCATGGCCAAGCGCTGCTCTCATG                         AGGGTGCGATGTCAGGAGCCAAGGCAGCTGTTGCTGCTACTATTGCCACTG
genomic: CTTGGCTTCTCTGGATCAAAAGTTGGCCATGGCCAAGCGCTGCTCTCATGgtaatgtata ... gtgtaaacagAGGGTGCGATGGCAGGAGCCAAGGCAGCTGTTGCTGCTACTATTGCCACTG
EST: gi|209708256|gb|BW678628.1|BW678628
EST:     CTTGGCTTCTCTGGATCAAAAGTTGGCCATGGCCAAGCGCTGCTCTCATG                         AGGGTGCGATGGCAGGAGCCAAGGCAGCTGTTGCTGCTACTATTGCCACTG
genomic: CTTGGCTTCTCTGGATCAAAAGTTGGCCATGGCCAAGCGCTGCTCTCATGgtaatgtata ... gtgtaaacagAGGGTGCGATGGCAGGAGCCAAGGCAGCTGTTGCTGCTACTATTGCCACTG
EST: gi|14258947|gb|BG881855.1|BG881855
EST:     CTTGGCTTCTCTGGATCAAAAGTTGGCCATGGCCAAGCGCTGCTCTCATG                         AGGGTGCGATGGCAGGAGCCAAGGCAGCTGTTGCTGCTACTATTGCCACTG
genomic: CTTGGCTTCTCTGGATCAAAAGTTGGCCATGGCCAAGCGCTGCTCTCATGgtaatgtata ... gtgtaaacagAGGGTGCGATGGCAGGAGCCAAGGCAGCTGTTGCTGCTACTATTGCCACTG
EST: gi|15663121|gb|BI700492.1|BI700492
EST:     CTTGGCTTCTCTGGATCAAAAGTTGGCCATGGCCAAGCGCTGCTCTCATG                         AGGGTGCGATGGCAGGAGCCAAGGCAGCTGTTGCTGCTACTATTGCCACTG
genomic: CTTGGCTTCTCTGGATCAAAAGTTGGCCATGGCCAAGCGCTGCTCTCATGgtaatgtata ... gtgtaaacagAGGGTGCGATGGCAGGAGCCAAGGCAGCTGTTGCTGCTACTATTGCCACTG
EST: gi|6915083|gb|AW396680.1|AW396680
EST:     CTTGGCTTCTCTGGATCAAAAGTTGGCCATGGCCAAGCGCTGCTCTCATG                         AGGGTGCGATGGCAGGAGCCAAGGCAGCTGTTGCTGCTACTATTGCCACTG
genomic: CTTGGCTTCTCTGGATCAAAAGTTGGCCATGGCCAAGCGCTGCTCTCATGgtaatgtata ... gtgtaaacagAGGGTGCGATGGCAGGAGCCAAGGCAGCTGTTGCTGCTACTATTGCCACTG
EST: gi|23734362|gb|BU765408.1|BU765408
EST:     CTTGGCTTCTCTGGATCAAAAGTTGGCCATGGCCAAGCGCTGCTCTCATG                         AGGGTGCGATGGCAGGAGCCAAGGCAGCTGTTGCTGCTACTATTGCCACTG
genomic: CTTGGCTTCTCTGGATCAAAAGTTGGCCATGGCCAAGCGCTGCTCTCATGgtaatgtata ... gtgtaaacagAGGGTGCGATGGCAGGAGCCAAGGCAGCTGTTGCTGCTACTATTGCCACTG
EST: gi|21286198|gb|BQ474069.1|BQ474069
EST:     CTTGGCTTCTCTGGATCAAAAGTTGGCCATGGCCAAGCGCTGCTCTCATG                         AGGGTGCGATGGCAGGAGCCAAGGCAGCTGTTGCTGCTACTATTGCCACTG
genomic: CTTGGCTTCTCTGGATCAAAAGTTGGCCATGGCCAAGCGCTGCTCTCATGgtaatgtata ... gtgtaaacagAGGGTGCGATGGCAGGAGCCAAGGCAGCTGTTGCTGCTACTATTGCCACTG
EST: gi|15663183|gb|BI700554.1|BI700554
EST:     CTTGGCTTCTCTGGATCAAAAGTTGGCCATGGCCAAGCGCTGCTCTCATG                         AGGGTGCGATGGCAGGAGCCAAGGCAGCTGTTGCTGCTACTATTGCCACTG
genomic: CTTGGCTTCTCTGGATCAAAAGTTGGCCATGGCCAAGCGCTGCTCTCATGgtaatgtata ... gtgtaaacagAGGGTGCGATGGCAGGAGCCAAGGCAGCTGTTGCTGCTACTATTGCCACTG
EST: gi|21285635|gb|BQ473506.1|BQ473506
EST:     CTTGGCTTCTCTGGATCAAAAGTTGGCCATGGCCAAGCGCTGCTCTCATG                         AGGGTGCGATGGCAGGAGCCAAGGCAGCTGTTGCTGCTACTATTGCCACTG
genomic: CTTGGCTTCTCTGGATCAAAAGTTGGCCATGGCCAAGCGCTGCTCTCATGgtaatgtata ... gtgtaaacagAGGGTGCGATGGCAGGAGCCAAGGCAGCTGTTGCTGCTACTATTGCCACTG
EST: gi|15663692|gb|BI701063.1|BI701063
EST:     CTTGGCTTCTCTGGATCAAAAGTTGGCCATGGCCAAGCGCTGCTCTCATG                         AGGGTGCGATGGCAGGAGCCAAGGCAGCTGTTGCTGCTACTATTGCCACTG
genomic: CTTGGCTTCTCTGGATCAAAAGTTGGCCATGGCCAAGCGCTGCTCTCATGgtaatgtata ... gtgtaaacagAGGGTGCGATGGCAGGAGCCAAGGCAGCTGTTGCTGCTACTATTGCCACTG
EST: gi|21479776|gb|BQ576459.1|BQ576459
EST:     CTTGGCTTCTCTGGATCAAAAGTTGGCCATGGCCAAGCGCTGCTCTCATG                         AGGGTGCGATGGCAGGAGCCAAGGCAGCTGTTGCTGCTACTATTGCCACTG
genomic: CTTGGCTTCTCTGGATCAAAAGTTGGCCATGGCCAAGCGCTGCTCTCATGgtaatgtata ... gtgtaaacagAGGGTGCGATGGCAGGAGCCAAGGCAGCTGTTGCTGCTACTATTGCCACTG
EST: gi|15814831|gb|BI787106.1|BI787106
EST:     CTTGGCTTCTCTGGATCAAAAGTTGGCCATGGCCAAGCGCTGCTCTCATG                         AGGGTGCGATGGCAGGAGCCAAGGCAGCTGTTGCTGCTACTATTGCCACTG
genomic: CTTGGCTTCTCTGGATCAAAAGTTGGCCATGGCCAAGCGCTGCTCTCATGgtaatgtata ... gtgtaaacagAGGGTGCGATGGCAGGAGCCAAGGCAGCTGTTGCTGCTACTATTGCCACTG
EST: gi|151407412|gb|EV277227.1|EV277227
EST:     CTTGGCTTCTCTGGATCAAAAGTTGGCCATGGCCAAGCGCTGCTCTCATG                         AGGGTGCGATGGCAGGAGCCAAGGCAGCTGTTGCTGCTACTATTGCCACTG
genomic: CTTGGCTTCTCTGGATCAAAAGTTGGCCATGGCCAAGCGCTGCTCTCATGgtaatgtata ... gtgtaaacagAGGGTGCGATGGCAGGAGCCAAGGCAGCTGTTGCTGCTACTATTGCCACTG
EST: gi|15663707|gb|BI701078.1|BI701078
EST:     CTTGGCTTCTCTGGATCAAAAGTTGGCCATGGACAAGCGCTGCTCTCATG                         AGGGTGCGATGGCAGGAGCCAAGGCATTTGTTGCTGCTACTATTGCCACTG
genomic: CTTGGCTTCTCTGGATCAAAAGTTGGCCATGGCCAAGCGCTGCTCTCATGgtaatgtata ... gtgtaaacagAGGGTGCGATGGCAGGAGCCAAGGCAGCTGTTGCTGCTACTATTGCCACTG
EST: gi|21285533|gb|BQ473404.1|BQ473404
EST:     CTTGGCTTCTCTGGATCAAAAGTTGGCCATGGCCAAGCGCTGCTCTCATG                         AGGGTGCGATGGCAGGAGCCAAGGCAGCTGTTGCTGCTACTATTGCCACTG
genomic: CTTGGCTTCTCTGGATCAAAAGTTGGCCATGGCCAAGCGCTGCTCTCATGgtaatgtata ... gtgtaaacagAGGGTGCGATGGCAGGAGCCAAGGCAGCTGTTGCTGCTACTATTGCCACTG
EST: gi|15814835|gb|BI787110.1|BI787110
EST:     CTTGGCTTCTCTGGATCAAAAGTTGGCCATGGCCAAGCGCTGCTCTCATG                         AGGGTGCGATGGCAGGAGCCAAGGCAGCTGTTGCTGCTACTATTGCCACTG
genomic: CTTGGCTTCTCTGGATCAAAAGTTGGCCATGGCCAAGCGCTGCTCTCATGgtaatgtata ... gtgtaaacagAGGGTGCGATGGCAGGAGCCAAGGCAGCTGTTGCTGCTACTATTGCCACTG
EST: gi|18039261|gb|BM307555.1|BM307555
EST:     CTTGGCTTCTCTGGATCAAAAGTTGGCCATGGCCAAGCGCTGCTCTCATG                         AGGGTGCGATGGCAGGAGCCAAGGCAGCTGTTGCTGCTACTATTGCCACTG
genomic: CTTGGCTTCTCTGGATCAAAAGTTGGCCATGGCCAAGCGCTGCTCTCATGgtaatgtata ... gtgtaaacagAGGGTGCGATGGCAGGAGCCAAGGCAGCTGTTGCTGCTACTATTGCCACTG
EST: gi|151413250|gb|EV283058.1|EV283058
EST:     CTTGGCTTCTCTGGATCAAAAGTTGGCCATGGCCAAGCGCTGCTCTCATG                         AGGGTGCGATGGCAGGAGCCAAGGCAGCTGTTGCTGCTACTATTGCCACTG
genomic: CTTGGCTTCTCTGGATCAAAAGTTGGCCATGGCCAAGCGCTGCTCTCATGgtaatgtata ... gtgtaaacagAGGGTGCGATGGCAGGAGCCAAGGCAGCTGTTGCTGCTACTATTGCCACTG
EST: gi|19052777|gb|BM731444.1|BM731444
EST:     CTTGGCTTCTCTGGATCAAAAGTTGGCCATGGGCAAGCGCTGCTCTCATG                         AGGGTGCGATGGCAGGAGCCAAAGCAGCTGTTGCTGCTACTATTGCCACTG
genomic: CTTGGCTTCTCTGGATCAAAAGTTGGCCATGGCCAAGCGCTGCTCTCATGgtaatgtata ... gtgtaaacagAGGGTGCGATGGCAGGAGCCAAGGCAGCTGTTGCTGCTACTATTGCCACTG
EST: gi|19052798|gb|BM731465.1|BM731465
EST:     CTTGGCTTCTCTGGATCAAAAGTTGGCCATGGCCAAGCGCTGCTCTCATG                         AGGGTGCGATGGCAGGAGCCAAGGCAGCTGTTGCTGCTACTATTGCCACTG
genomic: CTTGGCTTCTCTGGATCAAAAGTTGGCCATGGCCAAGCGCTGCTCTCATGgtaatgtata ... gtgtaaacagAGGGTGCGATGGCAGGAGCCAAGGCAGCTGTTGCTGCTACTATTGCCACTG
EST: gi|21285798|gb|BQ473669.1|BQ473669
EST:     CTTGGCTTCTCTGGATCAAAAGTTGGCCATGGCCAAGCGCTGCTCTCATG                         AGGGTGCGATGGCAGGAGCCAAGGCAGCTGTTGCTGCTACTATTGCCACTG
genomic: CTTGGCTTCTCTGGATCAAAAGTTGGCCATGGCCAAGCGCTGCTCTCATGgtaatgtata ... gtgtaaacagAGGGTGCGATGGCAGGAGCCAAGGCAGCTGTTGCTGCTACTATTGCCACTG
EST: gi|298181005|gb|HO022444.1|HO022444
EST:     CTTGGCTTCTCTGGATCAAAAGTTGGCCATGGCCAAGCGCTGCTCTCATG                         AGGGTGCGATGGCAGGAGCCAAGGCAGCTGTTGCTGCTACTATTGCCACTG
genomic: CTTGGCTTCTCTGGATCAAAAGTTGGCCATGGCCAAGCGCTGCTCTCATGgtaatgtata ... gtgtaaacagAGGGTGCGATGGCAGGAGCCAAGGCAGCTGTTGCTGCTACTATTGCCACTG
EST: gi|21678290|gb|BQ630641.1|BQ630641
EST:     CTTGGCTTCTCTGGATCAAAAGTTGGCCATGGCCAAGCGCTGCTCTCATG                         AGGGTGCGATGGCAGGAGCCAAGGCAGCNGTTGCNGCTACTATTGCCACTG
genomic: CTTGGCTTCTCTGGATCAAAAGTTGGCCATGGCCAAGCGCTGCTCTCATGgtaatgtata ... gtgtaaacagAGGGTGCGATGGCAGGAGCCAAGGCAGCTGTTGCTGCTACTATTGCCACTG

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
AAGATGGCCAAGAGAAGTGTTGCTGCTAATTCTTCTTTTGAGAGTACTAGCTTGGCTTCTCTGGATCAAAAGTTGGCCATGGCCAAGCGCTGCTCTCATGgtaatgtatactttgagagtgtaaaagcattctatatggttcagaattatggtcattaatgagtttgcaaatttctcgatatctgaattacatggtttcaatttacattttttatttgtgtgtaaacag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT