1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
gtaatgtatactttgagagtgtaaaagcattctatatggttcagaattatggtcattaatgagtttgcaaatttctcgatatctgaattacatggtttcaatttacattttttatttgtgtgtaaacagAGGGTGCGATGGCAGGAGCCAAGGCAGCTGTTGCTGCTACTATTGCCACTGCCATTCCAACT
species | Glycine max |
transcript | GLYMA17G12610.1 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CTTGGCTTCTCTGGATCAAAAGTTGGCCATGGCCAAGCGCTGCTCTCATG AGGGTGCGATGGCAGGAGCCAAGGCAGCTGTTGCTGCTACTATTGCCACTGEST: gi|151398293|gb|EV268164.1|EV268164
genomic: CTTGGCTTCTCTGGATCAAAAGTTGGCCATGGCCAAGCGCTGCTCTCATGgtaatgtata ... gtgtaaacagAGGGTGCGATGGCAGGAGCCAAGGCAGCTGTTGCTGCTACTATTGCCACTG
EST: CTTGGCTTCTCTGGATCAAAAGTTGGCCATGGCCAAGCGCTGCTCTCATG AGGGTGCGATGGCAGGAGCCAAGGCAGCTGTTGCTGCTACTATTGCCACTGEST: gi|11687774|gb|BF595450.1|BF595450
genomic: CTTGGCTTCTCTGGATCAAAAGTTGGCCATGGCCAAGCGCTGCTCTCATGgtaatgtata ... gtgtaaacagAGGGTGCGATGGCAGGAGCCAAGGCAGCTGTTGCTGCTACTATTGCCACTG
EST: CTTGGCTTCTCTGGATCAAAAGTTGGCCATGGCCAAGCGCTGCTCTCATG AGGGTGCGATGTCAGGAGCCAAGGCAGCTGTTGCTGCTACTATTGCCACTGEST: gi|209708256|gb|BW678628.1|BW678628
genomic: CTTGGCTTCTCTGGATCAAAAGTTGGCCATGGCCAAGCGCTGCTCTCATGgtaatgtata ... gtgtaaacagAGGGTGCGATGGCAGGAGCCAAGGCAGCTGTTGCTGCTACTATTGCCACTG
EST: CTTGGCTTCTCTGGATCAAAAGTTGGCCATGGCCAAGCGCTGCTCTCATG AGGGTGCGATGGCAGGAGCCAAGGCAGCTGTTGCTGCTACTATTGCCACTGEST: gi|14258947|gb|BG881855.1|BG881855
genomic: CTTGGCTTCTCTGGATCAAAAGTTGGCCATGGCCAAGCGCTGCTCTCATGgtaatgtata ... gtgtaaacagAGGGTGCGATGGCAGGAGCCAAGGCAGCTGTTGCTGCTACTATTGCCACTG
EST: CTTGGCTTCTCTGGATCAAAAGTTGGCCATGGCCAAGCGCTGCTCTCATG AGGGTGCGATGGCAGGAGCCAAGGCAGCTGTTGCTGCTACTATTGCCACTGEST: gi|15663121|gb|BI700492.1|BI700492
genomic: CTTGGCTTCTCTGGATCAAAAGTTGGCCATGGCCAAGCGCTGCTCTCATGgtaatgtata ... gtgtaaacagAGGGTGCGATGGCAGGAGCCAAGGCAGCTGTTGCTGCTACTATTGCCACTG
EST: CTTGGCTTCTCTGGATCAAAAGTTGGCCATGGCCAAGCGCTGCTCTCATG AGGGTGCGATGGCAGGAGCCAAGGCAGCTGTTGCTGCTACTATTGCCACTGEST: gi|6915083|gb|AW396680.1|AW396680
genomic: CTTGGCTTCTCTGGATCAAAAGTTGGCCATGGCCAAGCGCTGCTCTCATGgtaatgtata ... gtgtaaacagAGGGTGCGATGGCAGGAGCCAAGGCAGCTGTTGCTGCTACTATTGCCACTG
EST: CTTGGCTTCTCTGGATCAAAAGTTGGCCATGGCCAAGCGCTGCTCTCATG AGGGTGCGATGGCAGGAGCCAAGGCAGCTGTTGCTGCTACTATTGCCACTGEST: gi|23734362|gb|BU765408.1|BU765408
genomic: CTTGGCTTCTCTGGATCAAAAGTTGGCCATGGCCAAGCGCTGCTCTCATGgtaatgtata ... gtgtaaacagAGGGTGCGATGGCAGGAGCCAAGGCAGCTGTTGCTGCTACTATTGCCACTG
EST: CTTGGCTTCTCTGGATCAAAAGTTGGCCATGGCCAAGCGCTGCTCTCATG AGGGTGCGATGGCAGGAGCCAAGGCAGCTGTTGCTGCTACTATTGCCACTGEST: gi|21286198|gb|BQ474069.1|BQ474069
genomic: CTTGGCTTCTCTGGATCAAAAGTTGGCCATGGCCAAGCGCTGCTCTCATGgtaatgtata ... gtgtaaacagAGGGTGCGATGGCAGGAGCCAAGGCAGCTGTTGCTGCTACTATTGCCACTG
EST: CTTGGCTTCTCTGGATCAAAAGTTGGCCATGGCCAAGCGCTGCTCTCATG AGGGTGCGATGGCAGGAGCCAAGGCAGCTGTTGCTGCTACTATTGCCACTGEST: gi|15663183|gb|BI700554.1|BI700554
genomic: CTTGGCTTCTCTGGATCAAAAGTTGGCCATGGCCAAGCGCTGCTCTCATGgtaatgtata ... gtgtaaacagAGGGTGCGATGGCAGGAGCCAAGGCAGCTGTTGCTGCTACTATTGCCACTG
EST: CTTGGCTTCTCTGGATCAAAAGTTGGCCATGGCCAAGCGCTGCTCTCATG AGGGTGCGATGGCAGGAGCCAAGGCAGCTGTTGCTGCTACTATTGCCACTGEST: gi|21285635|gb|BQ473506.1|BQ473506
genomic: CTTGGCTTCTCTGGATCAAAAGTTGGCCATGGCCAAGCGCTGCTCTCATGgtaatgtata ... gtgtaaacagAGGGTGCGATGGCAGGAGCCAAGGCAGCTGTTGCTGCTACTATTGCCACTG
EST: CTTGGCTTCTCTGGATCAAAAGTTGGCCATGGCCAAGCGCTGCTCTCATG AGGGTGCGATGGCAGGAGCCAAGGCAGCTGTTGCTGCTACTATTGCCACTGEST: gi|15663692|gb|BI701063.1|BI701063
genomic: CTTGGCTTCTCTGGATCAAAAGTTGGCCATGGCCAAGCGCTGCTCTCATGgtaatgtata ... gtgtaaacagAGGGTGCGATGGCAGGAGCCAAGGCAGCTGTTGCTGCTACTATTGCCACTG
EST: CTTGGCTTCTCTGGATCAAAAGTTGGCCATGGCCAAGCGCTGCTCTCATG AGGGTGCGATGGCAGGAGCCAAGGCAGCTGTTGCTGCTACTATTGCCACTGEST: gi|21479776|gb|BQ576459.1|BQ576459
genomic: CTTGGCTTCTCTGGATCAAAAGTTGGCCATGGCCAAGCGCTGCTCTCATGgtaatgtata ... gtgtaaacagAGGGTGCGATGGCAGGAGCCAAGGCAGCTGTTGCTGCTACTATTGCCACTG
EST: CTTGGCTTCTCTGGATCAAAAGTTGGCCATGGCCAAGCGCTGCTCTCATG AGGGTGCGATGGCAGGAGCCAAGGCAGCTGTTGCTGCTACTATTGCCACTGEST: gi|15814831|gb|BI787106.1|BI787106
genomic: CTTGGCTTCTCTGGATCAAAAGTTGGCCATGGCCAAGCGCTGCTCTCATGgtaatgtata ... gtgtaaacagAGGGTGCGATGGCAGGAGCCAAGGCAGCTGTTGCTGCTACTATTGCCACTG
EST: CTTGGCTTCTCTGGATCAAAAGTTGGCCATGGCCAAGCGCTGCTCTCATG AGGGTGCGATGGCAGGAGCCAAGGCAGCTGTTGCTGCTACTATTGCCACTGEST: gi|151407412|gb|EV277227.1|EV277227
genomic: CTTGGCTTCTCTGGATCAAAAGTTGGCCATGGCCAAGCGCTGCTCTCATGgtaatgtata ... gtgtaaacagAGGGTGCGATGGCAGGAGCCAAGGCAGCTGTTGCTGCTACTATTGCCACTG
EST: CTTGGCTTCTCTGGATCAAAAGTTGGCCATGGCCAAGCGCTGCTCTCATG AGGGTGCGATGGCAGGAGCCAAGGCAGCTGTTGCTGCTACTATTGCCACTGEST: gi|15663707|gb|BI701078.1|BI701078
genomic: CTTGGCTTCTCTGGATCAAAAGTTGGCCATGGCCAAGCGCTGCTCTCATGgtaatgtata ... gtgtaaacagAGGGTGCGATGGCAGGAGCCAAGGCAGCTGTTGCTGCTACTATTGCCACTG
EST: CTTGGCTTCTCTGGATCAAAAGTTGGCCATGGACAAGCGCTGCTCTCATG AGGGTGCGATGGCAGGAGCCAAGGCATTTGTTGCTGCTACTATTGCCACTGEST: gi|21285533|gb|BQ473404.1|BQ473404
genomic: CTTGGCTTCTCTGGATCAAAAGTTGGCCATGGCCAAGCGCTGCTCTCATGgtaatgtata ... gtgtaaacagAGGGTGCGATGGCAGGAGCCAAGGCAGCTGTTGCTGCTACTATTGCCACTG
EST: CTTGGCTTCTCTGGATCAAAAGTTGGCCATGGCCAAGCGCTGCTCTCATG AGGGTGCGATGGCAGGAGCCAAGGCAGCTGTTGCTGCTACTATTGCCACTGEST: gi|15814835|gb|BI787110.1|BI787110
genomic: CTTGGCTTCTCTGGATCAAAAGTTGGCCATGGCCAAGCGCTGCTCTCATGgtaatgtata ... gtgtaaacagAGGGTGCGATGGCAGGAGCCAAGGCAGCTGTTGCTGCTACTATTGCCACTG
EST: CTTGGCTTCTCTGGATCAAAAGTTGGCCATGGCCAAGCGCTGCTCTCATG AGGGTGCGATGGCAGGAGCCAAGGCAGCTGTTGCTGCTACTATTGCCACTGEST: gi|18039261|gb|BM307555.1|BM307555
genomic: CTTGGCTTCTCTGGATCAAAAGTTGGCCATGGCCAAGCGCTGCTCTCATGgtaatgtata ... gtgtaaacagAGGGTGCGATGGCAGGAGCCAAGGCAGCTGTTGCTGCTACTATTGCCACTG
EST: CTTGGCTTCTCTGGATCAAAAGTTGGCCATGGCCAAGCGCTGCTCTCATG AGGGTGCGATGGCAGGAGCCAAGGCAGCTGTTGCTGCTACTATTGCCACTGEST: gi|151413250|gb|EV283058.1|EV283058
genomic: CTTGGCTTCTCTGGATCAAAAGTTGGCCATGGCCAAGCGCTGCTCTCATGgtaatgtata ... gtgtaaacagAGGGTGCGATGGCAGGAGCCAAGGCAGCTGTTGCTGCTACTATTGCCACTG
EST: CTTGGCTTCTCTGGATCAAAAGTTGGCCATGGCCAAGCGCTGCTCTCATG AGGGTGCGATGGCAGGAGCCAAGGCAGCTGTTGCTGCTACTATTGCCACTGEST: gi|19052777|gb|BM731444.1|BM731444
genomic: CTTGGCTTCTCTGGATCAAAAGTTGGCCATGGCCAAGCGCTGCTCTCATGgtaatgtata ... gtgtaaacagAGGGTGCGATGGCAGGAGCCAAGGCAGCTGTTGCTGCTACTATTGCCACTG
EST: CTTGGCTTCTCTGGATCAAAAGTTGGCCATGGGCAAGCGCTGCTCTCATG AGGGTGCGATGGCAGGAGCCAAAGCAGCTGTTGCTGCTACTATTGCCACTGEST: gi|19052798|gb|BM731465.1|BM731465
genomic: CTTGGCTTCTCTGGATCAAAAGTTGGCCATGGCCAAGCGCTGCTCTCATGgtaatgtata ... gtgtaaacagAGGGTGCGATGGCAGGAGCCAAGGCAGCTGTTGCTGCTACTATTGCCACTG
EST: CTTGGCTTCTCTGGATCAAAAGTTGGCCATGGCCAAGCGCTGCTCTCATG AGGGTGCGATGGCAGGAGCCAAGGCAGCTGTTGCTGCTACTATTGCCACTGEST: gi|21285798|gb|BQ473669.1|BQ473669
genomic: CTTGGCTTCTCTGGATCAAAAGTTGGCCATGGCCAAGCGCTGCTCTCATGgtaatgtata ... gtgtaaacagAGGGTGCGATGGCAGGAGCCAAGGCAGCTGTTGCTGCTACTATTGCCACTG
EST: CTTGGCTTCTCTGGATCAAAAGTTGGCCATGGCCAAGCGCTGCTCTCATG AGGGTGCGATGGCAGGAGCCAAGGCAGCTGTTGCTGCTACTATTGCCACTGEST: gi|298181005|gb|HO022444.1|HO022444
genomic: CTTGGCTTCTCTGGATCAAAAGTTGGCCATGGCCAAGCGCTGCTCTCATGgtaatgtata ... gtgtaaacagAGGGTGCGATGGCAGGAGCCAAGGCAGCTGTTGCTGCTACTATTGCCACTG
EST: CTTGGCTTCTCTGGATCAAAAGTTGGCCATGGCCAAGCGCTGCTCTCATG AGGGTGCGATGGCAGGAGCCAAGGCAGCTGTTGCTGCTACTATTGCCACTGEST: gi|21678290|gb|BQ630641.1|BQ630641
genomic: CTTGGCTTCTCTGGATCAAAAGTTGGCCATGGCCAAGCGCTGCTCTCATGgtaatgtata ... gtgtaaacagAGGGTGCGATGGCAGGAGCCAAGGCAGCTGTTGCTGCTACTATTGCCACTG
EST: CTTGGCTTCTCTGGATCAAAAGTTGGCCATGGCCAAGCGCTGCTCTCATG AGGGTGCGATGGCAGGAGCCAAGGCAGCNGTTGCNGCTACTATTGCCACTG
genomic: CTTGGCTTCTCTGGATCAAAAGTTGGCCATGGCCAAGCGCTGCTCTCATGgtaatgtata ... gtgtaaacagAGGGTGCGATGGCAGGAGCCAAGGCAGCTGTTGCTGCTACTATTGCCACTG
ctcgatatctgaattacatggtttcaatttacattttttatttgtgtgtaaacagAGGGTGCGATGGCAGGAGCCAAGGCAGCTGTTGCTGCTACTATTGCCACTGCCATTCCAACT
aatttacattttttat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtaatgtatactttgagagtgtaaaagcattctatatggttcagaattatggtcattaatgagtttgcaaatttctcgatatctgaattacatggtttcaatttacattttttatttgtgtgtaaacagAGGGTGCGATGGCAGGAGCCAAGGCAGCTGTTGCTGCTACTATTGCCACTGCCATTCCAACT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT