1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' |
...tagtaatttgctaatgtaattaagagccagggtatactcaaaatggtggctacaagatcctttgtgctaacacttattcctgttttttatttcgtggcagTTGCTGCGAATGACGTTGAGTCCTCCAAACTTGCATTTGTGTCTTCGGCCAGTGCATTTGAGGAGTGGAGTTCCTTGACGGGGCTGGCTGTTCAGCTTAA
species | Glycine max |
transcript | GLYMA17G12190.1 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GACCGTGGTGGACACATTCAATTCCTCACTAGCTTCATTGATTTCATCAG TTGCTGCGGATGACGTTGAGTCCTCCAAACTTGCATTTGTGTCTTCGGCCAEST: gi|213598781|gb|DB968252.1|DB968252
genomic: GACCGTGGTGGACACATTCAATTCCTCACTAGCTTCATTGATTTCATCAGgtatcaagtt ... ttcgtggcagTTGCTGCGAATGACGTTGAGTCCTCCAAACTTGCATTTGTGTCTTCGGCCA
EST: GACCGTGGTGGACACATTCAATTCCTCACTAGCTTCATTGATTTCATCAG TTGCTACGAATGACGTTGAGTCCTCCAAACTTGCATTTGTGTCTTCGGCCA
genomic: GACCGTGGTGGACACATTCAATTCCTCACTAGCTTCATTGATTTCATCAGgtatcaagtt ... ttcgtggcagTTGCTGCGAATGACGTTGAGTCCTCCAAACTTGCATTTGTGTCTTCGGCCA
gtggctacaagatcctttgtgctaacacttattcctgttttttatttcgtggcagTTGCTGCGAATGACGTTGAGTCCTCCAAACTTGCATTTGTGTCTTCGGCCAGTGCATTTGAGGAGTGGAGTTCCTTGACGGGGCTGGCTGTTCAGCTTAA
tgctaac putative branch site (score: 1)
cttattcctgtttttt CT-rich tract
tgttttttattt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tagtaatttgctaatgtaattaagagccagggtatactcaaaatggtggctacaagatcctttgtgctaacacttattcctgttttttatttcgtggcagTTGCTGCGAATGACGTTGAGTCCTCCAAACTTGCATTTGTGTCTTCGGCCAGTGCATTTGAGGAGTGGAGTTCCTTGACGGGGCTGGCTGTTCAGCTTAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TCAGCT
- - - - -gctaatg
- - - - - - - - - - - - - - - - - -actcaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - atggtgg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ctacaag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tcctttg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgctaac