1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' |
gtatgtttttcactttctgctcatttgttttggtcctctcacaacccagacaatatgtttcaataacttgtttgttatcttggtatcaataacttgagcaagagcaatatgtttcttcagtcatctgatgtcacggtggattcttatgtgttgaatttttctgtcctggtttcagTATCGATACTCTAATGTTGACTACAACATAACAGGCGGTAACAGGTATCCATTACCTAACAAATCAGCACCTGTTTACATAACAGTCGGAGATGGTGGAA
species | Glycine max |
transcript | GLYMA17G11790.3 |
intron # | 7 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: ACAAAGTTGATGTGATCTTTGCTGGCCATGTCCATGCTTATGAAAGATCA TATCGATACTCTAATGTTGACTACAACATAACAGGCGGTAACAGGTATCCAEST: gi|6481590|gb|AW200861.1|AW200861
genomic: ACAAAGTTGATGTGATCTTTGCTGGCCATGTCCATGCTTATGAAAGATCAgtatgttttt ... ctggtttcagTATCGATACTCTAATGTTGACTACAACATAACAGGCGGTAACAGGTATCCA
EST: ACAAAGTTGATGTGATCTTTGCTGGCCATGTCCATGCTTATGAAAGATCA TATCGATACTCTAATGTTGACTACAACATAACAGGCGGTAACAGGTATCCAEST: gi|208193946|gb|GD994229.1|GD994229
genomic: ACAAAGTTGATGTGATCTTTGCTGGCCATGTCCATGCTTATGAAAGATCAgtatgttttt ... ctggtttcagTATCGATACTCTAATGTTGACTACAACATAACAGGCGGTAACAGGTATCCA
EST: ACAAAGTTGATGTGATCTTTGCTGGCCATGTCCATGCTTATGAAAGATCA TATCGATACTCTAATGTTAGAAACTACAACATAACAEST: gi|192320104|gb|FK014174.1|FK014174
genomic: ACAAAGTTGATGTGATCTTTGCTGGCCATGTCCATGCTTATGAAAGATCAgtatgttttt ... ctggtttcagTATCGATACTCTAATGTT-GA--CTACAACATAACA
EST: ACAAAGTTGATGTGATCTTTGCTGGCCATGTCCATGCTTATGAAAGATCA TATCGATACTCTAATGTTGACTACAACATAACAGGCGGTAACAGGTATCCAEST: gi|193370034|gb|FK337688.1|FK337688
genomic: ACAAAGTTGATGTGATCTTTGCTGGCCATGTCCATGCTTATGAAAGATCAgtatgttttt ... ctggtttcagTATCGATACTCTAATGTTGACTACAACATAACAGGCGGTAACAGGTATCCA
EST: ACAAAGTTGATGTGATCTTTGCTGGCCATGTCCATGCTTATGAAAGATCA TATCGATACTCTAATGTTGACTACAACATAACAGGCGGTAACAGGTATCCAEST: gi|11273813|gb|BF324205.1|BF324205
genomic: ACAAAGTTGATGTGATCTTTGCTGGCCATGTCCATGCTTATGAAAGATCAgtatgttttt ... ctggtttcagTATCGATACTCTAATGTTGACTACAACATAACAGGCGGTAACAGGTATCCA
EST: ACAAAGTTGATGTGATCTTTGCTGGCCATGTCCATGCTTATGAAAGATCA TATCGATACTCTAATGGTGACTACAACATAACAGGCCGGTA-CAGGTATCCEST: gi|7693127|gb|AW761224.1|AW761224
genomic: ACAAAGTTGATGTGATCTTTGCTGGCCATGTCCATGCTTATGAAAGATCAgtatgttttt ... ctggtttcagTATCGATACTCTAATGTTGACTACAACATAACAGGC-GGTAACAGGTATCC
EST: ACAAAGTTGATGTGATCTTTGCTGGCCATGTCCATGCTTATGAAAGATCA TATCGATGCTCTAATGTTGACTACAACATAACAGGCGGTAACAGGTATCCAEST: gi|13240434|gb|BG359743.1|BG359743
genomic: ACAAAGTTGATGTGATCTTTGCTGGCCATGTCCATGCTTATGAAAGATCAgtatgttttt ... ctggtttcagTATCGATACTCTAATGTTGACTACAACATAACAGGCGGTAACAGGTATCCA
EST: ACAAAGTTGATGTGATCTTTGCTGGCCATGTCCATGCTTATGAAAGATCA TATCGATACTCTAATGTTGACTACAACATAACAGGCGGTAACAGGTATCCAEST: gi|151411194|gb|EV281005.1|EV281005
genomic: ACAAAGTTGATGTGATCTTTGCTGGCCATGTCCATGCTTATGAAAGATCAgtatgttttt ... ctggtttcagTATCGATACTCTAATGTTGACTACAACATAACAGGCGGTAACAGGTATCCA
EST: ACAAAGTTGATGTGATCTTTGCTGGCCATGTCCATGCTTATGAAAGATCA TATCGATACTCTAATGTTGACTACAACATAACAGGCGGTAACAGGTATCCAEST: gi|207706468|gb|GD687968.1|GD687968
genomic: ACAAAGTTGATGTGATCTTTGCTGGCCATGTCCATGCTTATGAAAGATCAgtatgttttt ... ctggtttcagTATCGATACTCTAATGTTGACTACAACATAACAGGCGGTAACAGGTATCCA
EST: ACAAAGTTGATGTGATCTTTGCTGGCCATGTCCATGCTTATGAAAGATCA TATCGATACTCTAATGTTGACTACAACATAACAGGCGGTAACAGGTATCCAEST: gi|254324087|gb|GR840512.1|GR840512
genomic: ACAAAGTTGATGTGATCTTTGCTGGCCATGTCCATGCTTATGAAAGATCAgtatgttttt ... ctggtttcagTATCGATACTCTAATGTTGACTACAACATAACAGGCGGTAACAGGTATCCA
EST: ACAAAGTTGATGTGATCTTTGCTGGCCATGTCCATGCTTATGAAAGATCA TATCGATACTCTAATGTTGACTACAACATAACAGGCGGTAACAGGTATCCAEST: gi|208111977|gb|GD911067.1|GD911067
genomic: ACAAAGTTGATGTGATCTTTGCTGGCCATGTCCATGCTTATGAAAGATCAgtatgttttt ... ctggtttcagTATCGATACTCTAATGTTGACTACAACATAACAGGCGGTAACAGGTATCCA
EST: ACAAAGTTGATGTGATCTTTGCTGGCCATGTCCATGCTTATGAAAGATCA TATCGATACTCTAATGTTGACTACAACATAACAGGCGGTAACAGGTATCCAEST: gi|207778557|gb|GD750590.1|GD750590
genomic: ACAAAGTTGATGTGATCTTTGCTGGCCATGTCCATGCTTATGAAAGATCAgtatgttttt ... ctggtttcagTATCGATACTCTAATGTTGACTACAACATAACAGGCGGTAACAGGTATCCA
EST: ACAAAGTTGATGTGATCTTTGCTGGCCATGTCCATGCTTATGAAAGATCA TATCGATACTCTAATGTTGACTACAACATAACAEST: gi|209728181|gb|BW651616.1|BW651616
genomic: ACAAAGTTGATGTGATCTTTGCTGGCCATGTCCATGCTTATGAAAGATCAgtatgttttt ... ctggtttcagTATCGATACTCTAATGTTGACTACAACATAACA
EST: ATGCTTATGAAAGATCA TATCGATACTCTAATGTTGACTACAACATAACAGGCGGTAACAGGTATCCAEST: gi|192320103|gb|FK014173.1|FK014173
genomic: ATGCTTATGAAAGATCAgtatgttttt ... ctggtttcagTATCGATACTCTAATGTTGACTACAACATAACAGGCGGTAACAGGTATCCA
EST: ACAAAGTTGATGTGATCTTTGCTGGCCATGTCCATGCTTATGAAAGATCA TATCGATACTCTAATGTTGACTACAACATAACAGGCGGTAACAGGTATCCAEST: gi|207809982|gb|GD781496.1|GD781496
genomic: ACAAAGTTGATGTGATCTTTGCTGGCCATGTCCATGCTTATGAAAGATCAgtatgttttt ... ctggtttcagTATCGATACTCTAATGTTGACTACAACATAACAGGCGGTAACAGGTATCCA
EST: ACAAAGTTGATGTGATCTTTGCTGGCCATGTCCATGCTTATGAAAGATCA TATCGATACTCTAATGTTGACTACAACATAACAGGCGGTAACAGGTATCCAEST: gi|207775003|gb|GD747667.1|GD747667
genomic: ACAAAGTTGATGTGATCTTTGCTGGCCATGTCCATGCTTATGAAAGATCAgtatgttttt ... ctggtttcagTATCGATACTCTAATGTTGACTACAACATAACAGGCGGTAACAGGTATCCA
EST: ACAAAGTTGATGTGATCTTTGCTGGCCATGTCCATGCTTATGAAAGATCA TATCGATACTCTAATGTTGACTACAACATAACAGGCGGTAACAGGTATCCAEST: gi|7796484|gb|AW781881.1|AW781881
genomic: ACAAAGTTGATGTGATCTTTGCTGGCCATGTCCATGCTTATGAAAGATCAgtatgttttt ... ctggtttcagTATCGATACTCTAATGTTGACTACAACATAACAGGCGGTAACAGGTATCCA
EST: ACAAAGTTGATGTGATCTTTGCTGGCCATGTCCATGCTTATGAAAGATCA TATCGATACTCTAATGTTGACTACAACATAACAGGCGGTAACAGGTATCCAEST: gi|17153281|gb|BM143214.1|BM143214
genomic: ACAAAGTTGATGTGATCTTTGCTGGCCATGTCCATGCTTATGAAAGATCAgtatgttttt ... ctggtttcagTATCGATACTCTAATGTTGACTACAACATAACAGGCGGTAACAGGTATCCA
EST: ACAAAGTTGATGTGATCTTTGCTGGCCATGTCCATGCTTATGAAAGATCA TATCGATACTCTAATGTTGACTACAACATAACAGGCGGTAACAGGTATCCAEST: gi|10231595|gb|BE800483.1|BE800483
genomic: ACAAAGTTGATGTGATCTTTGCTGGCCATGTCCATGCTTATGAAAGATCAgtatgttttt ... ctggtttcagTATCGATACTCTAATGTTGACTACAACATAACAGGCGGTAACAGGTATCCA
EST: ACAAAGTTGATGTGATCTTTGCTGGCCATGTCCATGCTTATGAAAGATCA TATCGATACTCTAATGTTGACTACAACATAACAGGCGGTAACAGGTATCCAEST: gi|7692539|gb|AW760642.1|AW760642
genomic: ACAAAGTTGATGTGATCTTTGCTGGCCATGTCCATGCTTATGAAAGATCAgtatgttttt ... ctggtttcagTATCGATACTCTAATGTTGACTACAACATAACAGGCGGTAACAGGTATCCA
EST: ACAAAGTTGATGTGATCTTTGCTGGCCATGTGCATGCTTATGAAAGATCA TATCGATACTCTAATGTTGACTACAACATAACAGGCGGTAACATGTATCCAEST: gi|7326807|gb|AW620605.1|AW620605
genomic: ACAAAGTTGATGTGATCTTTGCTGGCCATGTCCATGCTTATGAAAGATCAgtatgttttt ... ctggtttcagTATCGATACTCTAATGTTGACTACAACATAACAGGCGGTAACAGGTATCCA
EST: ACAAAGTTGATGTGATCTTTGCTGGCCATGTCCATGCTTATGAAAGATCA TATCGATACTCTAATGTTGACTACAACATAACAGGCGGTATCAGGTATCCAEST: gi|58025077|gb|CX711818.1|CX711818
genomic: ACAAAGTTGATGTGATCTTTGCTGGCCATGTCCATGCTTATGAAAGATCAgtatgttttt ... ctggtttcagTATCGATACTCTAATGTTGACTACAACATAACAGGCGGTAACAGGTATCCA
EST: ACAAAGTTGATGTGATCTTTGCTGGCCATGTCCATGCTTATGAAAGATCA TATCGATACTCTAATGTTGACTACAACATAACAGGCGGTAACAGGTATCCAEST: gi|19348807|gb|BM893339.1|BM893339
genomic: ACAAAGTTGATGTGATCTTTGCTGGCCATGTCCATGCTTATGAAAGATCAgtatgttttt ... ctggtttcagTATCGATACTCTAATGTTGACTACAACATAACAGGCGGTAACAGGTATCCA
EST: ACAAAGTTGATGTGATCTTTGCTGGCCATGTCCATGCTTATGAAAGATCA TATCGATACTCTAATGTTGACTACAACATAACAGGCGGTAACAGGTATCCAEST: gi|6481824|gb|AW201095.1|AW201095
genomic: ACAAAGTTGATGTGATCTTTGCTGGCCATGTCCATGCTTATGAAAGATCAgtatgttttt ... ctggtttcagTATCGATACTCTAATGTTGACTACAACATAACAGGCGGTAACAGGTATCCA
EST: ACAAAGTTGATGTGATCTTTGCTGGCCATGTCCATGCTTATGAAAGATCA TATCGATACTCTAATGTTGACTACAACATAACAGGCGGTAACAGGTATCCAEST: gi|6567249|gb|AW234860.1|AW234860
genomic: ACAAAGTTGATGTGATCTTTGCTGGCCATGTCCATGCTTATGAAAGATCAgtatgttttt ... ctggtttcagTATCGATACTCTAATGTTGACTACAACATAACAGGCGGTAACAGGTATCCA
EST: ACAAAGTTGATGTGATCTTTGCTGGCCATGTCCATGCTTATGAAAGATCA TATCGATACTCTAATGTTGACTACAACATAACAGGCGGTAACAGGTATCCAEST: gi|16996117|gb|BM085489.1|BM085489
genomic: ACAAAGTTGATGTGATCTTTGCTGGCCATGTCCATGCTTATGAAAGATCAgtatgttttt ... ctggtttcagTATCGATACTCTAATGTTGACTACAACATAACAGGCGGTAACAGGTATCCA
EST: ACAAAGTTGATGTGATCTTTGCTGGCCATGTCCATGCTTATGAAAGATCA TATCGATACTCTAATGTTGACTACAACATAACAGGCGGTAACAGGTATCCAEST: gi|22523010|gb|BU081821.1|BU081821
genomic: ACAAAGTTGATGTGATCTTTGCTGGCCATGTCCATGCTTATGAAAGATCAgtatgttttt ... ctggtttcagTATCGATACTCTAATGTTGACTACAACATAACAGGCGGTAACAGGTATCCA
EST: ACAAAGTTGATGTGATCTTTGCTGGCCATGTCCATGCTTATGAAAGATCA TATCGATACTCTAATGTTGACTACAACATAACAGGCGGTAACAGGTATCCAEST: gi|7686599|gb|AW757247.1|AW757247
genomic: ACAAAGTTGATGTGATCTTTGCTGGCCATGTCCATGCTTATGAAAGATCAgtatgttttt ... ctggtttcagTATCGATACTCTAATGTTGACTACAACATAACAGGCGGTAACAGGTATCCA
EST: ACAAAGTTGATGTGATCTTTGCTGGCCATGTACATGCTTATGAAAGATCA TATCGATACTCTAATGTTGACTACAACATGACANGCGGTAACAGGTATCCAEST: gi|9899557|gb|BE608525.1|BE608525
genomic: ACAAAGTTGATGTGATCTTTGCTGGCCATGTCCATGCTTATGAAAGATCAgtatgttttt ... ctggtttcagTATCGATACTCTAATGTTGACTACAACATAACAGGCGGTAACAGGTATCCA
EST: ACAAAGTTGATGTGATCTTTGCTGGCCATGTCCATGCTTATGAAAGATCA TATCGATACTCTAATGTTGACTACAACATAACAGGCGGTAACAGGTATCCAEST: gi|209705503|gb|BW673524.1|BW673524
genomic: ACAAAGTTGATGTGATCTTTGCTGGCCATGTCCATGCTTATGAAAGATCAgtatgttttt ... ctggtttcagTATCGATACTCTAATGTTGACTACAACATAACAGGCGGTAACAGGTATCCA
EST: ACAAAGTTGATGTGATCTTTGCTGGCCATGTCCATGCTTATGAAAGATCA TATCGATACTCTAATGTTGACTACAACATAACAGGCGGTAACAGGTATCCAEST: gi|13789618|gb|BG652209.1|BG652209
genomic: ACAAAGTTGATGTGATCTTTGCTGGCCATGTCCATGCTTATGAAAGATCAgtatgttttt ... ctggtttcagTATCGATACTCTAATGTTGACTACAACATAACAGGCGGTAACAGGTATCCA
EST: ACAAAGTTGATGTGATCTTTGCTGGCCATGTCCATGCTTATGAAAGATCA TATCGATACTCTAATGTTGACTACAACATAACAGGCGGTAACAGGTATCCAEST: gi|254344612|gb|GR855483.1|GR855483
genomic: ACAAAGTTGATGTGATCTTTGCTGGCCATGTCCATGCTTATGAAAGATCAgtatgttttt ... ctggtttcagTATCGATACTCTAATGTTGACTACAACATAACAGGCGGTAACAGGTATCCA
EST: ACAAAGTTGATGTGATCTTTGCTGGCCATGTCCATGCTTATGAAAGATCA TATCGATACTCTAATGTTGACTACAACATAACAGGCGGTAACAGGTATCCAEST: gi|208030696|gb|GD831170.1|GD831170
genomic: ACAAAGTTGATGTGATCTTTGCTGGCCATGTCCATGCTTATGAAAGATCAgtatgttttt ... ctggtttcagTATCGATACTCTAATGTTGACTACAACATAACAGGCGGTAACAGGTATCCA
EST: GATGTGATCTTTGCTGGCCATGTCCATGCTTATGAAAGATCA TATCGATACTCTAATGTTGACTACAACATAACAGGCGGTAACAGGTATCCA
genomic: GATGTGATCTTTGCTGGCCATGTCCATGCTTATGAAAGATCAgtatgttttt ... ctggtttcagTATCGATACTCTAATGTTGACTACAACATAACAGGCGGTAACAGGTATCCA
tcatctgatgtcacggtggattcttatgtgttgaatttttctgtcctggtttcagTATCGATACTCTAATGTTGACTACAACATAACAGGCGGTAACAGGTATCCATTACCTAACAAATCAGCACCTGTTTACATAACAGTCGGAGATGGTGGAA
atctgat putative branch site (score: 4)
tttttctgtcct putative PPT
ttgaattttt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtatgtttttcactttctgctcatttgttttggtcctctcacaacccagacaatatgtttcaataacttgtttgttatcttggtatcaataacttgagcaagagcaatatgtttcttcagtcatctgatgtcacggtggattcttatgtgttgaatttttctgtcctggtttcagTATCGATACTCTAATGTTGACTACAACATAACAGGCGGTAACAGGTATCCATTACCTAACAAATCAGCACCTGTTTACATAACAGTCGGAGATGGTGGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGTGGA