Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TATGGAGGGTGAAAGCATGCGATCTGTTTTTGAGAGCTGGTTCATCGAGTACAAAGTTGATGTGATCTTTGCTGGCCATGTCCATGCTTATGAAAGATCAgtatgtttttcactttctgctcatttgttttggtcctctcacaacccagacaatatgtttcaataacttgtttgttatcttggtatcaataacttgagcaagagcaatatgtttcttcagtcatctgatgtcacggtggattcttatgtgttgaatttttctgtcctggtttcag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA17G11790.1
intron # 7
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA17G11790.1 (Glycine max), 5'ss of exon 7
lower sequence: AT5G34850.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 6
TATGGAGGGTGAAAGCATGCGATCTGTTTTTGAGAGCTGGTTCATCGAGTACAAAGTTGATGTGATCTTTGCTGGCCATGTCCATGCTTATGAAAGATCAgtatgtttttcactttctgctcatttgttttggtcctctcacaacccagacaatatgtttcaataacttgtttgttatcttggtatcaataacttgagcaagagcaatatgtttcttcagtcatctgatgtcacggtggattcttatgtgttgaatttttctgtcctggtttcag
 ||||||||||||||||||||| | | |||||||   |||||  || |  ||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||| || || ||||| |||    ||||   ||     |||  | |  |        | |       || | ||||| | |||  | |||||    || || ||   | ||                                                                                 
CATGGAGGGTGAAAGCATGCGAGCAGCTTTTGAGGAGTGGTTTGTCCAACACAAAGTTGATGTAATCTTTGCTGGGCATGTTCATGCCTACGAGAGATCGgta---ctttcgtatt---accataagctccgcatagaatatatatgtttcattgtgttt-agtaaaatctttgt----tttgtttctccatctcag------------------------------------------------------------------------------

upper sequence: GLYMA17G11790.1 (Glycine max), 5'ss of exon 7
lower sequence: Vv11s0118g00240.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 7
TATGGAGGGTGAAAGCATGCGATCTGTTTTTGAGAGCTGGTTCATCGAGTACAAAGTTGATGTGATCTTTGCTGGCCATGTCCATGCTTATGAAAGATCAgtatgtttttcactttctgctcatttgttttggtcctctcacaacccagacaatatgtttcaataacttgtttgttatcttggtatcaataacttgagcaagagcaatatgtttcttcagtcatctgatgtcacggtggattcttatgtgttgaatttttctgtcctggtttcag
 ||||||||||||||||||||| | |  |||||||| ||||||||     ||||||||||| |  |||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| || ||  |  || ||  |||||||   |||| |         |  ||    ||  |||||  |        || ||  ||  | ||    ||      | ||    |||| |                                                         
CATGGAGGGTGAAAGCATGCGAGCAGCCTTTGAGAGTTGGTTCATTCTTAACAAAGTTGATATAGTCTTTGCTGGTCATGTCCATGCTTATGAAAGATCGgtatggttctccatccctcctt-tttgtttgtttccttttttg---tggggaaagaatt--aataatat--------tcatgaaatagacaaaccaagt-----ctatgcccttctgcc--------------------------------------------------------

upper sequence: GLYMA17G11790.1 (Glycine max), 5'ss of exon 7
lower sequence: Vv04s0008g06520.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 7
TATGGAGGGTGAAAGCATGCGATCTGTTTTTGAGAGCTGGTTCATCGAGTACAAAGTTGATGTGATCTTTGCTGGCCATGTCCATGCTTATGAAAGATCAgtatgtttttcactttctgctcatttgttttggtcctctcacaacccagacaatatgtttcaata-acttgtttgttatcttggtatcaataacttgagcaagagc-aatatgtttcttcagtcatctgatgtcacggtggattcttatgtgttgaatttttctgtcctggtttcag
|||||| ||||| || |||||| |||||||||| || |||||| || |    || |||||| | |||||||| || ||||| ||||| ||||||||||| |||||       || |    |||||||||||  | |  |  |||  ||   ||||| | |  ||| |  || || ||   ||  |||| ||    ||||    | |  |||                                                                  
TATGGAAGGTGAGAGTATGCGAGCTGTTTTTGAAAGTTGGTTCGTCCATGCAAAGGTTGATCTTATCTTTGCAGGTCATGTTCATGCCTATGAAAGATCGgtatg------gctattcattcatttgtttt--tacattttcaattcaa--aatatttgtagatagatctgattatt-cattcctatccatgggctgagtggaacctgata------------------------------------------------------------------

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|7692221|gb|AW760334.1|AW760334
EST:     ACAAAGTTGATGTGATCTTTGCTGGCCATGTCCATGCTTATGAAAGATCA                         TATCGATACTCTAATGTTGACTACAACATAACAGGCGGTAACAGGTATCCA
genomic: ACAAAGTTGATGTGATCTTTGCTGGCCATGTCCATGCTTATGAAAGATCAgtatgttttt ... ctggtttcagTATCGATACTCTAATGTTGACTACAACATAACAGGCGGTAACAGGTATCCA
EST: gi|6481590|gb|AW200861.1|AW200861
EST:     ACAAAGTTGATGTGATCTTTGCTGGCCATGTCCATGCTTATGAAAGATCA                         TATCGATACTCTAATGTTGACTACAACATAACAGGCGGTAACAGGTATCCA
genomic: ACAAAGTTGATGTGATCTTTGCTGGCCATGTCCATGCTTATGAAAGATCAgtatgttttt ... ctggtttcagTATCGATACTCTAATGTTGACTACAACATAACAGGCGGTAACAGGTATCCA
EST: gi|208193946|gb|GD994229.1|GD994229
EST:     ACAAAGTTGATGTGATCTTTGCTGGCCATGTCCATGCTTATGAAAGATCA                         TATCGATACTCTAATGTTAGAAACTACAACATAACA
genomic: ACAAAGTTGATGTGATCTTTGCTGGCCATGTCCATGCTTATGAAAGATCAgtatgttttt ... ctggtttcagTATCGATACTCTAATGTT-GA--CTACAACATAACA
EST: gi|6567249|gb|AW234860.1|AW234860
EST:     ACAAAGTTGATGTGATCTTTGCTGGCCATGTCCATGCTTATGAAAGATCA                         TATCGATACTCTAATGTTGACTACAACATAACAGGCGGTAACAGGTATCCA
genomic: ACAAAGTTGATGTGATCTTTGCTGGCCATGTCCATGCTTATGAAAGATCAgtatgttttt ... ctggtttcagTATCGATACTCTAATGTTGACTACAACATAACAGGCGGTAACAGGTATCCA
EST: gi|193370034|gb|FK337688.1|FK337688
EST:     ACAAAGTTGATGTGATCTTTGCTGGCCATGTCCATGCTTATGAAAGATCA                         TATCGATACTCTAATGTTGACTACAACATAACAGGCGGTAACAGGTATCCA
genomic: ACAAAGTTGATGTGATCTTTGCTGGCCATGTCCATGCTTATGAAAGATCAgtatgttttt ... ctggtttcagTATCGATACTCTAATGTTGACTACAACATAACAGGCGGTAACAGGTATCCA
EST: gi|11274475|gb|BF324828.1|BF324828
EST:     ATGTGATCTTTGCTGGCCATGTCCATGTC-TATGAAGGATCA                         TATCAATA-TTTAATTGTTGACT-CCACATAACAGCCGGTAACAGGAATCC
genomic: ATGTGATCTTTGCTGGCCATGTCCATG-CTTATGAAAGATCAgtatgttttt ... ctggtttcagTATCGATACTCTAA-TGTTGACTACAACATAACAGGCGGTAACAGGTATCC
EST: gi|11273813|gb|BF324205.1|BF324205
EST:     ACAAAGTTGATGTGATCTTTGCTGGCCATGTCCATGCTTATGAAAGATCA                         TATCGATACTCTAATGGTGACTACAACATAACAGGCCGGTA-CAGGTATCC
genomic: ACAAAGTTGATGTGATCTTTGCTGGCCATGTCCATGCTTATGAAAGATCAgtatgttttt ... ctggtttcagTATCGATACTCTAATGTTGACTACAACATAACAGGC-GGTAACAGGTATCC
EST: gi|7693127|gb|AW761224.1|AW761224
EST:     ACAAAGTTGATGTGATCTTTGCTGGCCATGTCCATGCTTATGAAAGATCA                         TATCGATGCTCTAATGTTGACTACAACATAACAGGCGGTAACAGGTATCCA
genomic: ACAAAGTTGATGTGATCTTTGCTGGCCATGTCCATGCTTATGAAAGATCAgtatgttttt ... ctggtttcagTATCGATACTCTAATGTTGACTACAACATAACAGGCGGTAACAGGTATCCA
EST: gi|13240434|gb|BG359743.1|BG359743
EST:     ACAAAGTTGATGTGATCTTTGCTGGCCATGTCCATGCTTATGAAAGATCA                         TATCGATACTCTAATGTTGACTACAACATAACAGGCGGTAACAGGTATCCA
genomic: ACAAAGTTGATGTGATCTTTGCTGGCCATGTCCATGCTTATGAAAGATCAgtatgttttt ... ctggtttcagTATCGATACTCTAATGTTGACTACAACATAACAGGCGGTAACAGGTATCCA
EST: gi|17153281|gb|BM143214.1|BM143214
EST:     ACAAAGTTGATGTGATCTTTGCTGGCCATGTCCATGCTTATGAAAGATCA                         TATCGATACTCTAATGTTGACTACAACATAACAGGCGGTAACAGGTATCCA
genomic: ACAAAGTTGATGTGATCTTTGCTGGCCATGTCCATGCTTATGAAAGATCAgtatgttttt ... ctggtttcagTATCGATACTCTAATGTTGACTACAACATAACAGGCGGTAACAGGTATCCA
EST: gi|207706468|gb|GD687968.1|GD687968
EST:     ACAAAGTTGATGTGATCTTTGCTGGCCATGTCCATGCTTATGAAAGATCA                         TATCGATACTCTAATGTTGACTACAACATAACAGGCGGTAACAGGTATCCA
genomic: ACAAAGTTGATGTGATCTTTGCTGGCCATGTCCATGCTTATGAAAGATCAgtatgttttt ... ctggtttcagTATCGATACTCTAATGTTGACTACAACATAACAGGCGGTAACAGGTATCCA
EST: gi|208111977|gb|GD911067.1|GD911067
EST:     ACAAAGTTGATGTGATCTTTGCTGGCCATGTCCATGCTTATGAAAGATCA                         TATCGATACTCTAATGTTGACTACAACATAACAGGCGGTAACAGGTATCCA
genomic: ACAAAGTTGATGTGATCTTTGCTGGCCATGTCCATGCTTATGAAAGATCAgtatgttttt ... ctggtttcagTATCGATACTCTAATGTTGACTACAACATAACAGGCGGTAACAGGTATCCA
EST: gi|254344612|gb|GR855483.1|GR855483
EST:     ACAAAGTTGATGTGATCTTTGCTGGCCATGTCCATGCTTATGAAAGATCA                         TATCGATACTCTAATGTTGACTACAACATAACAGGCGGTAACAGGTATCCA
genomic: ACAAAGTTGATGTGATCTTTGCTGGCCATGTCCATGCTTATGAAAGATCAgtatgttttt ... ctggtttcagTATCGATACTCTAATGTTGACTACAACATAACAGGCGGTAACAGGTATCCA
EST: gi|207778557|gb|GD750590.1|GD750590
EST:     ACAAAGTTGATGTGATCTTTGCTGGCCATGTCCATGCTTATGAAAGATCA                         TATCGATACTCTAATGTTGACTACAACATAACA
genomic: ACAAAGTTGATGTGATCTTTGCTGGCCATGTCCATGCTTATGAAAGATCAgtatgttttt ... ctggtttcagTATCGATACTCTAATGTTGACTACAACATAACA
EST: gi|254324087|gb|GR840512.1|GR840512
EST:     ACAAAGTTGATGTGATCTTTGCTGGCCATGTCCATGCTTATGAAAGATCA                         TATCGATACTCTAATGTTGACTACAACATAACAGGCGGTAACAGGTATCCA
genomic: ACAAAGTTGATGTGATCTTTGCTGGCCATGTCCATGCTTATGAAAGATCAgtatgttttt ... ctggtttcagTATCGATACTCTAATGTTGACTACAACATAACAGGCGGTAACAGGTATCCA
EST: gi|207809982|gb|GD781496.1|GD781496
EST:     ACAAAGTTGATGTGATCTTTGCTGGCCATGTCCATGCTTATGAAAGATCA                         TATCGATACTCTAATGTTGACTACAACATAACAGGCGGTAACAGGTATCCA
genomic: ACAAAGTTGATGTGATCTTTGCTGGCCATGTCCATGCTTATGAAAGATCAgtatgttttt ... ctggtttcagTATCGATACTCTAATGTTGACTACAACATAACAGGCGGTAACAGGTATCCA
EST: gi|207775003|gb|GD747667.1|GD747667
EST:     ACAAAGTTGATGTGATCTTTGCTGGCCATGTCCATGCTTATGAAAGATCA                         TATCGATACTCTAATGTTGACTACAACATAACAGGCGGTAACAGGTATCCA
genomic: ACAAAGTTGATGTGATCTTTGCTGGCCATGTCCATGCTTATGAAAGATCAgtatgttttt ... ctggtttcagTATCGATACTCTAATGTTGACTACAACATAACAGGCGGTAACAGGTATCCA
EST: gi|7796484|gb|AW781881.1|AW781881
EST:     ACAAAGTTGATGTGATCTTTGCTGGCCATGTCCATGCTTATGAAAGATCA                         TATCGATACTCTAATGTTGACTACAACATAACAGGCGGTAACAGGTATCCA
genomic: ACAAAGTTGATGTGATCTTTGCTGGCCATGTCCATGCTTATGAAAGATCAgtatgttttt ... ctggtttcagTATCGATACTCTAATGTTGACTACAACATAACAGGCGGTAACAGGTATCCA
EST: gi|7692539|gb|AW760642.1|AW760642
EST:     ACAAAGTTGATGTGATCTTTGCTGGCCATGTGCATGCTTATGAAAGATCA                         TATCGATACTCTAATGTTGACTACAACATAACAGGCGGTAACATGTATCCA
genomic: ACAAAGTTGATGTGATCTTTGCTGGCCATGTCCATGCTTATGAAAGATCAgtatgttttt ... ctggtttcagTATCGATACTCTAATGTTGACTACAACATAACAGGCGGTAACAGGTATCCA
EST: gi|209705503|gb|BW673524.1|BW673524
EST:     ACAAAGTTGATGTGATCTTTGCTGGCCATGTCCATGCTTATGAAAGATCA                         TATCGATACTCTAATGTTGACTACAACATAACAGGCGGTAACAGGTATCCA
genomic: ACAAAGTTGATGTGATCTTTGCTGGCCATGTCCATGCTTATGAAAGATCAgtatgttttt ... ctggtttcagTATCGATACTCTAATGTTGACTACAACATAACAGGCGGTAACAGGTATCCA
EST: gi|7326807|gb|AW620605.1|AW620605
EST:     ACAAAGTTGATGTGATCTTTGCTGGCCATGTCCATGCTTATGAAAGATCA                         TATCGATACTCTAATGTTGACTACAACATAACAGGCGGTATCAGGTATCCA
genomic: ACAAAGTTGATGTGATCTTTGCTGGCCATGTCCATGCTTATGAAAGATCAgtatgttttt ... ctggtttcagTATCGATACTCTAATGTTGACTACAACATAACAGGCGGTAACAGGTATCCA
EST: gi|19348807|gb|BM893339.1|BM893339
EST:     ACAAAGTTGATGTGATCTTTGCTGGCCATGTCCATGCTTATGAAAGATCA                         TATCGATACTCTAATGTTGACTACAACATAACAGGCGGTAACAGGTATCCA
genomic: ACAAAGTTGATGTGATCTTTGCTGGCCATGTCCATGCTTATGAAAGATCAgtatgttttt ... ctggtttcagTATCGATACTCTAATGTTGACTACAACATAACAGGCGGTAACAGGTATCCA
EST: gi|6481824|gb|AW201095.1|AW201095
EST:     ACAAAGTTGATGTGATCTTTGCTGGCCATGTCCATGCTTATGAAAGATCA                         TATCGATACTCTAATGTTGACTACAACATAACAGGCGGTAACAGGTATCCA
genomic: ACAAAGTTGATGTGATCTTTGCTGGCCATGTCCATGCTTATGAAAGATCAgtatgttttt ... ctggtttcagTATCGATACTCTAATGTTGACTACAACATAACAGGCGGTAACAGGTATCCA
EST: gi|151411194|gb|EV281005.1|EV281005
EST:     ACAAAGTTGATGTGATCTTTGCTGGCCATGTCCATGCTTATGAAAGATCA                         TATCGATACTCTAATGTTGACTACAACATAACAGGCGGTAACAGGTATCCA
genomic: ACAAAGTTGATGTGATCTTTGCTGGCCATGTCCATGCTTATGAAAGATCAgtatgttttt ... ctggtttcagTATCGATACTCTAATGTTGACTACAACATAACAGGCGGTAACAGGTATCCA
EST: gi|16996117|gb|BM085489.1|BM085489
EST:     ACAAAGTTGATGTGATCTTTGCTGGCCATGTCCATGCTTATGAAAGATCA                         TATCGATACTCTAATGTTGACTACAACATAACAGGCGGTAACAGGTATCCA
genomic: ACAAAGTTGATGTGATCTTTGCTGGCCATGTCCATGCTTATGAAAGATCAgtatgttttt ... ctggtttcagTATCGATACTCTAATGTTGACTACAACATAACAGGCGGTAACAGGTATCCA
EST: gi|9899557|gb|BE608525.1|BE608525
EST:     ACAAAGTTGATGTGATCTTTGCTGGCCATGTCCATGCTTATGAAAGATCA                         TATCGATACTCTAATGTTGACTACAACATAACAGGCGGTAACAGGTATCCA
genomic: ACAAAGTTGATGTGATCTTTGCTGGCCATGTCCATGCTTATGAAAGATCAgtatgttttt ... ctggtttcagTATCGATACTCTAATGTTGACTACAACATAACAGGCGGTAACAGGTATCCA
EST: gi|22523010|gb|BU081821.1|BU081821
EST:     ACAAAGTTGATGTGATCTTTGCTGGCCATGTCCATGCTTATGAAAGATCA                         TATCGATACTCTAATGTTGACTACAACATAACAGGCGGTAACAGGTATCCA
genomic: ACAAAGTTGATGTGATCTTTGCTGGCCATGTCCATGCTTATGAAAGATCAgtatgttttt ... ctggtttcagTATCGATACTCTAATGTTGACTACAACATAACAGGCGGTAACAGGTATCCA
EST: gi|7686599|gb|AW757247.1|AW757247
EST:     ACAAAGTTGATGTGATCTTTGCTGGCCATGTACATGCTTATGAAAGATCA                         TATCGATACTCTAATGTTGACTACAACATGACANGCGGTAACAGGTATCCA
genomic: ACAAAGTTGATGTGATCTTTGCTGGCCATGTCCATGCTTATGAAAGATCAgtatgttttt ... ctggtttcagTATCGATACTCTAATGTTGACTACAACATAACAGGCGGTAACAGGTATCCA
EST: gi|13789618|gb|BG652209.1|BG652209
EST:     ACAAAGTTGATGTGATCTTTGCTGGCCATGTCCATGCTTATGAAAGATCA                         TATCGATACTCTAATGTTGACTACAACATAACAGGCGGTAACAGGTATCCA
genomic: ACAAAGTTGATGTGATCTTTGCTGGCCATGTCCATGCTTATGAAAGATCAgtatgttttt ... ctggtttcagTATCGATACTCTAATGTTGACTACAACATAACAGGCGGTAACAGGTATCCA
EST: gi|58025077|gb|CX711818.1|CX711818
EST:     ACAAAGTTGATGTGATCTTTGCTGGCCATGTCCATGCTTATGAAAGATCA                         TATCGATACTCTAATGTTGACTACAACATAACAGGCGGTAACAGGTATCCA
genomic: ACAAAGTTGATGTGATCTTTGCTGGCCATGTCCATGCTTATGAAAGATCAgtatgttttt ... ctggtttcagTATCGATACTCTAATGTTGACTACAACATAACAGGCGGTAACAGGTATCCA
EST: gi|10231595|gb|BE800483.1|BE800483
EST:     ACAAAGTTGATGTGATCTTTGCTGGCCATGTCCATGCTTATGAAAGATCA                         TATCGATACTCTAATGTTGACTACAACATAACAGGCGGTAACAGGTATCCA
genomic: ACAAAGTTGATGTGATCTTTGCTGGCCATGTCCATGCTTATGAAAGATCAgtatgttttt ... ctggtttcagTATCGATACTCTAATGTTGACTACAACATAACAGGCGGTAACAGGTATCCA
EST: gi|192320104|gb|FK014174.1|FK014174
EST:     ACAAAGTTGATGTGATCTTTGCTGGCCATGTCCATGCTTATGAAAGATCA                         TATCGATACTCTAATGTTGACTACAACATAACAGGCGGTAACAGGTATCCA
genomic: ACAAAGTTGATGTGATCTTTGCTGGCCATGTCCATGCTTATGAAAGATCAgtatgttttt ... ctggtttcagTATCGATACTCTAATGTTGACTACAACATAACAGGCGGTAACAGGTATCCA
EST: gi|208030696|gb|GD831170.1|GD831170
EST:     GATGTGATCTTTGCTGGCCATGTCCATGCTTATGAAAGATCA                         TATCGATACTCTAATGTTGACTACAACATAACAGGCGGTAACAGGTATCCA
genomic: GATGTGATCTTTGCTGGCCATGTCCATGCTTATGAAAGATCAgtatgttttt ... ctggtttcagTATCGATACTCTAATGTTGACTACAACATAACAGGCGGTAACAGGTATCCA
EST: gi|192320103|gb|FK014173.1|FK014173
EST:     ACAAAGTTGATGTGATCTTTGCTGGCCATGTCCATGCTTATGAAAGATCA                         TATCGATACTCTAATGTTGACTACAACATAACAGGCGGTAACAGGTATCCA
genomic: ACAAAGTTGATGTGATCTTTGCTGGCCATGTCCATGCTTATGAAAGATCAgtatgttttt ... ctggtttcagTATCGATACTCTAATGTTGACTACAACATAACAGGCGGTAACAGGTATCCA
EST: gi|209728181|gb|BW651616.1|BW651616
EST:     ATGCTTATGAAAGATCA                         TATCGATACTCTAATGTTGACTACAACATAACAGGCGGTAACAGGTATCCA
genomic: ATGCTTATGAAAGATCAgtatgttttt ... ctggtttcagTATCGATACTCTAATGTTGACTACAACATAACAGGCGGTAACAGGTATCCA

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
TATGGAGGGTGAAAGCATGCGATCTGTTTTTGAGAGCTGGTTCATCGAGTACAAAGTTGATGTGATCTTTGCTGGCCATGTCCATGCTTATGAAAGATCAgtatgtttttcactttctgctcatttgttttggtcctctcacaacccagacaatatgtttcaataacttgtttgttatcttggtatcaataacttgagcaagagcaatatgtttcttcagtcatctgatgtcacggtggattcttatgtgttgaatttttctgtcctggtttcag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGATCA