1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' |
...agtttcattcagtttatgattttagtctttaacttgcttatgttgaaaacttcatactctttgcatttgatgttaacttgggtcaaatatgcttggtcagGGAGAAGTTGTTCCTTTCAAAAACTATCTTTACCGATATACTACTCCCTACTTGGCCTCCAATAGCTCCAGTCCCCTCTGGTATGCAGTCAGGCGTGCGT
species | Glycine max |
transcript | GLYMA17G11790.1 |
intron # | 5 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CTGCTGGAAATCACGAAATAGACTATATGCCTTACATG GGAGAAGTTGTTCCTTTCAAAAACTATCTTTACCGATATACTACTCCCTACEST: gi|208195824|gb|GD989989.1|GD989989
genomic: CTGCTGGAAATCACGAAATAGACTATATGCCTTACATGgtaatgtggt ... gcttggtcagGGAGAAGTTGTTCCTTTCAAAAACTATCTTTACCGATATACTACTCCCTAC
EST: CATGGTTATGGTCTGCTGGAAATCACGAAATAGACTATATGCCTTACATG GGAGAAGTTGTTCCTTTCAAAAACTATCTTTACCGATATACTACTCCCTACEST: gi|6481590|gb|AW200861.1|AW200861
genomic: CATGGTTATGGTCTGCTGGAAATCACGAAATAGACTATATGCCTTACATGgtaatgtggt ... gcttggtcagGGAGAAGTTGTTCCTTTCAAAAACTATCTTTACCGATATACTACTCCCTAC
EST: CTGCTGGAAATCACGAAATAGACTATATGCCTTACATG GGAGAAGTTGTTCCTTTCAAAAACTATCTTTACCGATATACTACTCCCTACEST: gi|208260985|gb|GE057823.1|GE057823
genomic: CTGCTGGAAATCACGAAATAGACTATATGCCTTACATGgtaatgtggt ... gcttggtcagGGAGAAGTTGTTCCTTTCAAAAACTATCTTTACCGATATACTACTCCCTAC
EST: CATGGTTATGGTCTGCTGGAAATCACGAAATAGACTATATGCCTTACATG GGAGAAGTTGTTCCTTTCAAAAACTATCTTTACCGATATACTACTCCCTACEST: gi|254324086|gb|GR840511.1|GR840511
genomic: CATGGTTATGGTCTGCTGGAAATCACGAAATAGACTATATGCCTTACATGgtaatgtggt ... gcttggtcagGGAGAAGTTGTTCCTTTCAAAAACTATCTTTACCGATATACTACTCCCTAC
EST: CATGGTTATGGTCTGCTGGAAATCACGAAATATACTATATGCCTTACATG AGAGAAGTTGTTCCTTTCAAAAACTATCTTTACCGATATACTACTCCCTACEST: gi|7690913|gb|AW759049.1|AW759049
genomic: CATGGTTATGGTCTGCTGGAAATCACGAAATAGACTATATGCCTTACATGgtaatgtggt ... gcttggtcagGGAGAAGTTGTTCCTTTCAAAAACTATCTTTACCGATATACTACTCCCTAC
EST: CTGCTGGAAATCACGAAATAGACTATATGCCTTACATG GGAGAAGTTGTTCCTTTCAAAAACTATCTTTACCGATATACTACTCCCTACEST: gi|11273813|gb|BF324205.1|BF324205
genomic: CTGCTGGAAATCACGAAATAGACTATATGCCTTACATGgtaatgtggt ... gcttggtcagGGAGAAGTTGTTCCTTTCAAAAACTATCTTTACCGATATACTACTCCCTAC
EST: CTGCTGGAAATCACGAAATAGACTATATGCCTTACATG GGAGAAGTTGTTCCTTTCAAAAACTATCTTTACCGATATACTACTCCCTACEST: gi|208325195|gb|GE123595.1|GE123595
genomic: CTGCTGGAAATCACGAAATAGACTATATGCCTTACATGgtaatgtggt ... gcttggtcagGGAGAAGTTGTTCCTTTCAAAAACTATCTTTACCGATATACTACTCCCTAC
EST: CATGGTTATGGTCTGCTGGAAATCACGAAATAGACTATATGCCTTACATG GGAGAAGTTGTTCCTTTCAAAAACTATCTTTACCGATATACTACTCCCTACEST: gi|7693127|gb|AW761224.1|AW761224
genomic: CATGGTTATGGTCTGCTGGAAATCACGAAATAGACTATATGCCTTACATGgtaatgtggt ... gcttggtcagGGAGAAGTTGTTCCTTTCAAAAACTATCTTTACCGATATACTACTCCCTAC
EST: CTGCTGGAAATCACGAAATAGACTATATGCCTTACATG GGAGAAGTTGTTCCTTTCAAAAACTATCTTTACCGATATACTACTCCCTACEST: gi|207835765|gb|GD806504.1|GD806504
genomic: CTGCTGGAAATCACGAAATAGACTATATGCCTTACATGgtaatgtggt ... gcttggtcagGGAGAAGTTGTTCCTTTCAAAAACTATCTTTACCGATATACTACTCCCTAC
EST: ACGAAATAGACTATATGCCTTACATG GGAGAAGTTGTTCCTTTCAAAAACTATCTTTACCGATATACTACTCCCTACEST: gi|7692539|gb|AW760642.1|AW760642
genomic: ACGAAATAGACTATATGCCTTACATGgtaatgtggt ... gcttggtcagGGAGAAGTTGTTCCTTTCAAAAACTATCTTTACCGATATACTACTCCCTAC
EST: CTGCTGGAAATCACGAAATAGACTATATGCCTTACATG GGAGAAGTTGTTCCTTTCAAAAACTATCTTTACCGATATACTACTCCCTACEST: gi|7326807|gb|AW620605.1|AW620605
genomic: CTGCTGGAAATCACGAAATAGACTATATGCCTTACATGgtaatgtggt ... gcttggtcagGGAGAAGTTGTTCCTTTCAAAAACTATCTTTACCGATATACTACTCCCTAC
EST: CTGCTGGAAATCACGAAATAGACTATATGCCTTACATG GGAGAAGTTGTTCCTTTCAAAAACTATCTTTACCGATATACTACTCCCTACEST: gi|6727109|gb|AW311463.1|AW311463
genomic: CTGCTGGAAATCACGAAATAGACTATATGCCTTACATGgtaatgtggt ... gcttggtcagGGAGAAGTTGTTCCTTTCAAAAACTATCTTTACCGATATACTACTCCCTAC
EST: CATGGTTATGGTCTGCTGGAAATCACGAAATAGACTATATGCCTTACATG GGAGAAGTTGTTCCTTTCAAAAACTATCTTTACCGATATACTACTCCCTACEST: gi|208252069|gb|GE046544.1|GE046544
genomic: CATGGTTATGGTCTGCTGGAAATCACGAAATAGACTATATGCCTTACATGgtaatgtggt ... gcttggtcagGGAGAAGTTGTTCCTTTCAAAAACTATCTTTACCGATATACTACTCCCTAC
EST: CATGGTTATGGTCTGCTGGAAATCACGAAATAGACTATATGCCTTACATG GGAGAAGTTGTTCCTTTCAAAAACTATCTTEST: gi|151411194|gb|EV281005.1|EV281005
genomic: CATGGTTATGGTCTGCTGGAAATCACGAAATAGACTATATGCCTTACATGgtaatgtggt ... gcttggtcagGGAGAAGTTGTTCCTTTCAAAAACTATCTT
EST: CATGGTTATGGTCTGCTGGAAATCACGAAATAGACTATATGCCTTACATG GGAGAAGTTGTTCCTTTCAAAAACTATCTTTACCGATATACTACTCCCTACEST: gi|6483125|gb|AW202317.1|AW202317
genomic: CATGGTTATGGTCTGCTGGAAATCACGAAATAGACTATATGCCTTACATGgtaatgtggt ... gcttggtcagGGAGAAGTTGTTCCTTTCAAAAACTATCTTTACCGATATACTACTCCCTAC
EST: CTGCTGGAAATCACGAAATAGACTATATGCCTTACATG GGAGAAGTTGTTCCTTTCAAAAACTATCTTTACCGATATACTACTCCCTACEST: gi|16996117|gb|BM085489.1|BM085489
genomic: CTGCTGGAAATCACGAAATAGACTATATGCCTTACATGgtaatgtggt ... gcttggtcagGGAGAAGTTGTTCCTTTCAAAAACTATCTTTACCGATATACTACTCCCTAC
EST: CATGGTTATGGTCTGCTGGAAATCACGAAATAGACTATATGCCTTACATG GGAGAAGTTGTTCCTTTCAAAAACTATCTTTACCGATATACTACTCCCTACEST: gi|22523010|gb|BU081821.1|BU081821
genomic: CATGGTTATGGTCTGCTGGAAATCACGAAATAGACTATATGCCTTACATGgtaatgtggt ... gcttggtcagGGAGAAGTTGTTCCTTTCAAAAACTATCTTTACCGATATACTACTCCCTAC
EST: TGCCTTACATG GGAGAAGTTGTTCCTTTCAAAAACTATCTTTACCGATATACTACTCCCTACEST: gi|7686599|gb|AW757247.1|AW757247
genomic: TGCCTTACATGgtaatgtggt ... gcttggtcagGGAGAAGTTGTTCCTTTCAAAAACTATCTTTACCGATATACTACTCCCTAC
EST: CTGCTGGAAATCACGAAATAGACTATATGCCTTACATG GGAGAAGTTGTTCCTTTCAAAAACTATCTTTACCGATATACTACTCCCTACEST: gi|308098822|gb|HO760663.1|HO760663
genomic: CTGCTGGAAATCACGAAATAGACTATATGCCTTACATGgtaatgtggt ... gcttggtcagGGAGAAGTTGTTCCTTTCAAAAACTATCTTTACCGATATACTACTCCCTAC
EST: CATGGTTATGGTCTGCTGGAAATCACGAAATAGACTATATGCCTTACATG GGAGAAGTTGTTCCTTTCAAAAACTATCTTTACCGATATACTACTCCCTACEST: gi|193431256|gb|FK396862.1|FK396862
genomic: CATGGTTATGGTCTGCTGGAAATCACGAAATAGACTATATGCCTTACATGgtaatgtggt ... gcttggtcagGGAGAAGTTGTTCCTTTCAAAAACTATCTTTACCGATATACTACTCCCTAC
EST: CATGGTTATGGTCTGCTGGAAATCACGAAATAGACTATATGCCTTACATG GGAGAAGTTGTTCCTT-CAAAA-CTATCTTTACCGATATACTTACTTCCCT
genomic: CATGGTTATGGTCTGCTGGAAATCACGAAATAGACTATATGCCTTACATGgtaatgtggt ... gcttggtcagGGAGAAGTTGTTCCTTTCAAAAACTATCTTTACCGATATACT-ACT-CCCT
aaaacttcatactctttgcatttgatgttaacttgggtcaaatatgcttggtcagGGAGAAGTTGTTCCTTTCAAAAACTATCTTTACCGATATACTACTCCCTACTTGGCCTCCAATAGCTCCAGTCCCCTCTGGTATGCAGTCAGGCGTGCGT
tgttaac putative branch site (score: 2)
tcaaatat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| agtttcattcagtttatgattttagtctttaacttgcttatgttgaaaacttcatactctttgcatttgatgttaacttgggtcaaatatgcttggtcagGGAGAAGTTGTTCCTTTCAAAAACTATCTTTACCGATATACTACTCCCTACTTGGCCTCCAATAGCTCCAGTCCCCTCTGGTATGCAGTCAGGCGTGCGT
- - tcattca
- - - - - - - - - - - - - - - - - -gcttatg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gcatttg