Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

ACGGTGGGATACATGGGGACGATTTGTTGAAAGGAGTACAGCATATCATCCATGGTTATGGTCTGCTGGAAATCACGAAATAGACTATATGCCTTACATGgtaatgtggtaacctgagtataggatgcgtcttagttattcgtgttgtactaaatcatttatagaatgaaatgaattcatcattttctggaacaataaaa...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA17G11790.1
intron # 5
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA17G11790.1 (Glycine max), 5'ss of exon 5
lower sequence: Vv04s0008g06520.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 5
ACGGTGGGATACATGGGGACGATTTGTTGAAAGGAGTACAGCATATCATCCATGGTTATGGTCTGCTGGAAATCACGAAATAGACTATATGCCTTACATGgtaatgtggtaacctgagtataggatgcgtctt------agttattcgtgttgtactaaatcatttatagaatgaaatgaattcatcattttctg-gaacaataaaa
  | |||||| ||||||| || ||||||||  | ||| | |||||||| |||||| | ||| ||||||||||||| ||| |||| || |||||  |||||||||| |   ||  | |      |||   | ||      | || || ||  | |  ||  | |||  |      | ||   ||| |||||   || | |        
TAGATGGGATTCATGGGGCCGGTTTGTTGAGCGAAGTGCTGCATATCAGCCATGGATTTGGACTGCTGGAAATCATGAAGTAGAGTACATGCCGAACATGgtaattttcaaagttcaaatcttgatatcttttttctgcatttttttgttctcttatattttattcctttgcatatatagtttcctcattccatgtgtat-------

upper sequence: GLYMA17G11790.1 (Glycine max), 5'ss of exon 5
lower sequence: Vv11s0118g00240.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 5
ACGGTGGGATACATGGGGACGATTTGTTGAAAGGAGTACAGCATATCATCCATGGTTATGGTCTGCTGGAAATCACGAAATAGACTATATGCCTTACATGgtaa-tgtggtaacctgagtataggatgcgtcttagtta-ttcgtgttg-tactaaatcatttatagaatgaaatg-aattcatcattttctggaacaataaaa
 ||||||||||||||||| |||||||||||    ||| |||||||||| |||||| | |||||||| |||||||| |||||||| || |||||||| ||||||| ||| |  |  | | |      |   |  ||| || ||  | |   |  |  |   || ||  | | |  |  ||||  |  || | | |  ||||    
TCGGTGGGATACATGGGGTCGATTTGTTGAGCAAAGTGCAGCATATCAGCCATGGATTTGGTCTGCAGGAAATCATGAAATAGAGTACATGCCTTATATGgtaagtgttggcatattattgctctttttttgataggtactttatttcactgtttgacgcttcatgcatttatttttaatttttttttcttttgttcaat----
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|7692221|gb|AW760334.1|AW760334
EST:     CTGCTGGAAATCACGAAATAGACTATATGCCTTACATG                         GGAGAAGTTGTTCCTTTCAAAAACTATCTTTACCGATATACTACTCCCTAC
genomic: CTGCTGGAAATCACGAAATAGACTATATGCCTTACATGgtaatgtggt ... gcttggtcagGGAGAAGTTGTTCCTTTCAAAAACTATCTTTACCGATATACTACTCCCTAC
EST: gi|208195824|gb|GD989989.1|GD989989
EST:     CATGGTTATGGTCTGCTGGAAATCACGAAATAGACTATATGCCTTACATG                         GGAGAAGTTGTTCCTTTCAAAAACTATCTTTACCGATATACTACTCCCTAC
genomic: CATGGTTATGGTCTGCTGGAAATCACGAAATAGACTATATGCCTTACATGgtaatgtggt ... gcttggtcagGGAGAAGTTGTTCCTTTCAAAAACTATCTTTACCGATATACTACTCCCTAC
EST: gi|6481590|gb|AW200861.1|AW200861
EST:     CTGCTGGAAATCACGAAATAGACTATATGCCTTACATG                         GGAGAAGTTGTTCCTTTCAAAAACTATCTTTACCGATATACTACTCCCTAC
genomic: CTGCTGGAAATCACGAAATAGACTATATGCCTTACATGgtaatgtggt ... gcttggtcagGGAGAAGTTGTTCCTTTCAAAAACTATCTTTACCGATATACTACTCCCTAC
EST: gi|208260985|gb|GE057823.1|GE057823
EST:     CATGGTTATGGTCTGCTGGAAATCACGAAATAGACTATATGCCTTACATG                         GGAGAAGTTGTTCCTTTCAAAAACTATCTTTACCGATATACTACTCCCTAC
genomic: CATGGTTATGGTCTGCTGGAAATCACGAAATAGACTATATGCCTTACATGgtaatgtggt ... gcttggtcagGGAGAAGTTGTTCCTTTCAAAAACTATCTTTACCGATATACTACTCCCTAC
EST: gi|254324086|gb|GR840511.1|GR840511
EST:     CATGGTTATGGTCTGCTGGAAATCACGAAATATACTATATGCCTTACATG                         AGAGAAGTTGTTCCTTTCAAAAACTATCTTTACCGATATACTACTCCCTAC
genomic: CATGGTTATGGTCTGCTGGAAATCACGAAATAGACTATATGCCTTACATGgtaatgtggt ... gcttggtcagGGAGAAGTTGTTCCTTTCAAAAACTATCTTTACCGATATACTACTCCCTAC
EST: gi|7690913|gb|AW759049.1|AW759049
EST:     CTGCTGGAAATCACGAAATAGACTATATGCCTTACATG                         GGAGAAGTTGTTCCTTTCAAAAACTATCTTTACCGATATACTACTCCCTAC
genomic: CTGCTGGAAATCACGAAATAGACTATATGCCTTACATGgtaatgtggt ... gcttggtcagGGAGAAGTTGTTCCTTTCAAAAACTATCTTTACCGATATACTACTCCCTAC
EST: gi|11273813|gb|BF324205.1|BF324205
EST:     CTGCTGGAAATCACGAAATAGACTATATGCCTTACATG                         GGAGAAGTTGTTCCTTTCAAAAACTATCTTTACCGATATACTACTCCCTAC
genomic: CTGCTGGAAATCACGAAATAGACTATATGCCTTACATGgtaatgtggt ... gcttggtcagGGAGAAGTTGTTCCTTTCAAAAACTATCTTTACCGATATACTACTCCCTAC
EST: gi|208325195|gb|GE123595.1|GE123595
EST:     CATGGTTATGGTCTGCTGGAAATCACGAAATAGACTATATGCCTTACATG                         GGAGAAGTTGTTCCTTTCAAAAACTATCTTTACCGATATACTACTCCCTAC
genomic: CATGGTTATGGTCTGCTGGAAATCACGAAATAGACTATATGCCTTACATGgtaatgtggt ... gcttggtcagGGAGAAGTTGTTCCTTTCAAAAACTATCTTTACCGATATACTACTCCCTAC
EST: gi|7693127|gb|AW761224.1|AW761224
EST:     CTGCTGGAAATCACGAAATAGACTATATGCCTTACATG                         GGAGAAGTTGTTCCTTTCAAAAACTATCTTTACCGATATACTACTCCCTAC
genomic: CTGCTGGAAATCACGAAATAGACTATATGCCTTACATGgtaatgtggt ... gcttggtcagGGAGAAGTTGTTCCTTTCAAAAACTATCTTTACCGATATACTACTCCCTAC
EST: gi|207835765|gb|GD806504.1|GD806504
EST:     ACGAAATAGACTATATGCCTTACATG                         GGAGAAGTTGTTCCTTTCAAAAACTATCTTTACCGATATACTACTCCCTAC
genomic: ACGAAATAGACTATATGCCTTACATGgtaatgtggt ... gcttggtcagGGAGAAGTTGTTCCTTTCAAAAACTATCTTTACCGATATACTACTCCCTAC
EST: gi|7692539|gb|AW760642.1|AW760642
EST:     CTGCTGGAAATCACGAAATAGACTATATGCCTTACATG                         GGAGAAGTTGTTCCTTTCAAAAACTATCTTTACCGATATACTACTCCCTAC
genomic: CTGCTGGAAATCACGAAATAGACTATATGCCTTACATGgtaatgtggt ... gcttggtcagGGAGAAGTTGTTCCTTTCAAAAACTATCTTTACCGATATACTACTCCCTAC
EST: gi|7326807|gb|AW620605.1|AW620605
EST:     CTGCTGGAAATCACGAAATAGACTATATGCCTTACATG                         GGAGAAGTTGTTCCTTTCAAAAACTATCTTTACCGATATACTACTCCCTAC
genomic: CTGCTGGAAATCACGAAATAGACTATATGCCTTACATGgtaatgtggt ... gcttggtcagGGAGAAGTTGTTCCTTTCAAAAACTATCTTTACCGATATACTACTCCCTAC
EST: gi|6727109|gb|AW311463.1|AW311463
EST:     CATGGTTATGGTCTGCTGGAAATCACGAAATAGACTATATGCCTTACATG                         GGAGAAGTTGTTCCTTTCAAAAACTATCTTTACCGATATACTACTCCCTAC
genomic: CATGGTTATGGTCTGCTGGAAATCACGAAATAGACTATATGCCTTACATGgtaatgtggt ... gcttggtcagGGAGAAGTTGTTCCTTTCAAAAACTATCTTTACCGATATACTACTCCCTAC
EST: gi|208252069|gb|GE046544.1|GE046544
EST:     CATGGTTATGGTCTGCTGGAAATCACGAAATAGACTATATGCCTTACATG                         GGAGAAGTTGTTCCTTTCAAAAACTATCTT
genomic: CATGGTTATGGTCTGCTGGAAATCACGAAATAGACTATATGCCTTACATGgtaatgtggt ... gcttggtcagGGAGAAGTTGTTCCTTTCAAAAACTATCTT
EST: gi|151411194|gb|EV281005.1|EV281005
EST:     CATGGTTATGGTCTGCTGGAAATCACGAAATAGACTATATGCCTTACATG                         GGAGAAGTTGTTCCTTTCAAAAACTATCTTTACCGATATACTACTCCCTAC
genomic: CATGGTTATGGTCTGCTGGAAATCACGAAATAGACTATATGCCTTACATGgtaatgtggt ... gcttggtcagGGAGAAGTTGTTCCTTTCAAAAACTATCTTTACCGATATACTACTCCCTAC
EST: gi|6483125|gb|AW202317.1|AW202317
EST:     CTGCTGGAAATCACGAAATAGACTATATGCCTTACATG                         GGAGAAGTTGTTCCTTTCAAAAACTATCTTTACCGATATACTACTCCCTAC
genomic: CTGCTGGAAATCACGAAATAGACTATATGCCTTACATGgtaatgtggt ... gcttggtcagGGAGAAGTTGTTCCTTTCAAAAACTATCTTTACCGATATACTACTCCCTAC
EST: gi|16996117|gb|BM085489.1|BM085489
EST:     CATGGTTATGGTCTGCTGGAAATCACGAAATAGACTATATGCCTTACATG                         GGAGAAGTTGTTCCTTTCAAAAACTATCTTTACCGATATACTACTCCCTAC
genomic: CATGGTTATGGTCTGCTGGAAATCACGAAATAGACTATATGCCTTACATGgtaatgtggt ... gcttggtcagGGAGAAGTTGTTCCTTTCAAAAACTATCTTTACCGATATACTACTCCCTAC
EST: gi|22523010|gb|BU081821.1|BU081821
EST:     TGCCTTACATG                         GGAGAAGTTGTTCCTTTCAAAAACTATCTTTACCGATATACTACTCCCTAC
genomic: TGCCTTACATGgtaatgtggt ... gcttggtcagGGAGAAGTTGTTCCTTTCAAAAACTATCTTTACCGATATACTACTCCCTAC
EST: gi|7686599|gb|AW757247.1|AW757247
EST:     CTGCTGGAAATCACGAAATAGACTATATGCCTTACATG                         GGAGAAGTTGTTCCTTTCAAAAACTATCTTTACCGATATACTACTCCCTAC
genomic: CTGCTGGAAATCACGAAATAGACTATATGCCTTACATGgtaatgtggt ... gcttggtcagGGAGAAGTTGTTCCTTTCAAAAACTATCTTTACCGATATACTACTCCCTAC
EST: gi|308098822|gb|HO760663.1|HO760663
EST:     CATGGTTATGGTCTGCTGGAAATCACGAAATAGACTATATGCCTTACATG                         GGAGAAGTTGTTCCTTTCAAAAACTATCTTTACCGATATACTACTCCCTAC
genomic: CATGGTTATGGTCTGCTGGAAATCACGAAATAGACTATATGCCTTACATGgtaatgtggt ... gcttggtcagGGAGAAGTTGTTCCTTTCAAAAACTATCTTTACCGATATACTACTCCCTAC
EST: gi|193431256|gb|FK396862.1|FK396862
EST:     CATGGTTATGGTCTGCTGGAAATCACGAAATAGACTATATGCCTTACATG                         GGAGAAGTTGTTCCTT-CAAAA-CTATCTTTACCGATATACTTACTTCCCT
genomic: CATGGTTATGGTCTGCTGGAAATCACGAAATAGACTATATGCCTTACATGgtaatgtggt ... gcttggtcagGGAGAAGTTGTTCCTTTCAAAAACTATCTTTACCGATATACT-ACT-CCCT

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
ACGGTGGGATACATGGGGACGATTTGTTGAAAGGAGTACAGCATATCATCCATGGTTATGGTCTGCTGGAAATCACGAAATAGACTATATGCCTTACATGgtaatgtggtaacctgagtataggatgcgtcttagttattcgtgttgtactaaatcatttatagaatgaaatgaattcatcattttctggaacaataaaa

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGGA