1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
GAAGACATAGCAACGATTGACAAAGAAACTCATAGGGTTGCGGTTGTTAACATGGACTGGAGATATGTTAAGgtatgcacgtatttcaagtctagtatgcatttgctgcaataaattttaatatgagaaatatttaatttgagtgtgttggaacaagtttggctaaaatgtcacttgtgttgtttttgctag
species | Glycine max |
transcript | GLYMA16G23150.1 |
intron # | 2 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: AAGAAACTCATAGGGTTGCGGTTGTTAACATGGACTGGAGATATGTTAAG GCTAGTTAGATTTGTATGTAEST: gi|207797742|gb|GD771554.1|GD771554
genomic: AAGAAACTCATAGGGTTGCGGTTGTTAACATGGACTGGAGATATGTTAAGgtatgcacgt ... tttttgctagGCT-GTT-GATTTGTATGTA
EST: AAGAAACTCATAGGGTTGCGGTTGTTAACATGGACTGGAGATATGTTAAG GCTGTTGATTTGTATGTATTGTTAAGCTCATTTGTCCCACCTAATGGACTGEST: gi|193701775|gb|FK634657.1|FK634657
genomic: AAGAAACTCATAGGGTTGCGGTTGTTAACATGGACTGGAGATATGTTAAGgtatgcacgt ... tttttgctagGCTGTTGATTTGTATGTATTGTTAAGCTCATTTGTCCCACCTAATGGACTG
EST: AAGAAACTCATAGGGTTGCGGTTGTTAACATGGACTGGAGATATGTTAAG GCTGTTGATTTGTATGTAEST: gi|193548010|gb|FK505179.1|FK505179
genomic: AAGAAACTCATAGGGTTGCGGTTGTTAACATGGACTGGAGATATGTTAAGgtatgcacgt ... tttttgctagGCTGTTGATTTGTATGTA
EST: AAGAAACTCATAGGGTTGCGGTTGTTAACATGGACTGGAGATATGTTAAG GCTGTTGATTTGTATGTAEST: gi|208228094|gb|GE026006.1|GE026006
genomic: AAGAAACTCATAGGGTTGCGGTTGTTAACATGGACTGGAGATATGTTAAGgtatgcacgt ... tttttgctagGCTGTTGATTTGTATGTA
EST: GTTAACATGGACTGGAGATATGTTAAG GCTGTTGATTTGTATGTATTGTTAAGCTCATTTGTCCCACCTAATGGACTG
genomic: GTTAACATGGACTGGAGATATGTTAAGgtatgcacgt ... tttttgctagGCTGTTGATTTGTATGTATTGTTAAGCTCATTTGTCCCACCTAATGGACTG
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| GAAGACATAGCAACGATTGACAAAGAAACTCATAGGGTTGCGGTTGTTAACATGGACTGGAGATATGTTAAGgtatgcacgtatttcaagtctagtatgcatttgctgcaataaattttaatatgagaaatatttaatttgagtgtgttggaacaagtttggctaaaatgtcacttgtgttgtttttgctag
- - - - - - - - - - - AAGAAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAT