Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgcacgtatttcaagtctagtatgcatttgctgcaataaattttaatatgagaaatatttaatttgagtgtgttggaacaagtttggctaaaatgtcacttgtgttgtttttgctagGCTGTTGATTTGTATGTATTGTTAAGCTCATTTGTCCCACCTAATGGACTGATCAAATCGGTAACGGTCTATCCATCTGAGTTTGGTCTTCAACGTATGA

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA16G23150.1
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|193522052|gb|FK482611.1|FK482611
EST:     AAGAAACTCATAGGGTTGCGGTTGTTAACATGGACTGGAGATATGTTAAG                         GCTAGTTAGATTTGTATGTA
genomic: AAGAAACTCATAGGGTTGCGGTTGTTAACATGGACTGGAGATATGTTAAGgtatgcacgt ... tttttgctagGCT-GTT-GATTTGTATGTA
EST: gi|207797742|gb|GD771554.1|GD771554
EST:     AAGAAACTCATAGGGTTGCGGTTGTTAACATGGACTGGAGATATGTTAAG                         GCTGTTGATTTGTATGTATTGTTAAGCTCATTTGTCCCACCTAATGGACTG
genomic: AAGAAACTCATAGGGTTGCGGTTGTTAACATGGACTGGAGATATGTTAAGgtatgcacgt ... tttttgctagGCTGTTGATTTGTATGTATTGTTAAGCTCATTTGTCCCACCTAATGGACTG
EST: gi|193701775|gb|FK634657.1|FK634657
EST:     AAGAAACTCATAGGGTTGCGGTTGTTAACATGGACTGGAGATATGTTAAG                         GCTGTTGATTTGTATGTA
genomic: AAGAAACTCATAGGGTTGCGGTTGTTAACATGGACTGGAGATATGTTAAGgtatgcacgt ... tttttgctagGCTGTTGATTTGTATGTA
EST: gi|193548010|gb|FK505179.1|FK505179
EST:     AAGAAACTCATAGGGTTGCGGTTGTTAACATGGACTGGAGATATGTTAAG                         GCTGTTGATTTGTATGTA
genomic: AAGAAACTCATAGGGTTGCGGTTGTTAACATGGACTGGAGATATGTTAAGgtatgcacgt ... tttttgctagGCTGTTGATTTGTATGTA
EST: gi|208228094|gb|GE026006.1|GE026006
EST:     GTTAACATGGACTGGAGATATGTTAAG                         GCTGTTGATTTGTATGTATTGTTAAGCTCATTTGTCCCACCTAATGGACTG
genomic: GTTAACATGGACTGGAGATATGTTAAGgtatgcacgt ... tttttgctagGCTGTTGATTTGTATGTATTGTTAAGCTCATTTGTCCCACCTAATGGACTG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tttgagtgtgttggaacaagtttggctaaaatgtcacttgtgttgtttttgctagGCTGTTGATTTGTATGTATTGTTAAGCTCATTTGTCCCACCTAATGGACTGATCAAATCGGTAACGGTCTATCCATCTGAGTTTGGTCTTCAACGTATGA
                       ggctaaa  putative branch site (score: 3)
                                          ttgttttt  putative PPT
                          taaaatgt  TA-rich tract