Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTGGATGCTGTACCAGATCTTACAGAACATGTTCATCGGACTACAGTGAGACTACTGTTGCACATTAATGGgtaagacaaatgtacacctagctaaaagtctacaaggttgctttggaagtgttgctaatatatatgacttctgtactatcaaattgacatccatcatctg...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA12G08830.1
intron # 19
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|51336220|gb|CO980086.1|CO980086
EST:     ACAGAACATGTTCATCGGACTACAGTGAGACTACTGTTGCACATTANNNG                         ATATGTTGAACGTGTTGCCAATTGTAAATGGGAAGTAAAAGAGCTCGGCAT
genomic: ACAGAACATGTTCATCGGACTACAGTGAGACTACTGTTGCACATTAATGGgtaagacaaa ... tcttttacagATATGTTGAACGTGTTGCCAATTGTAAATGGGAAGTAAAAGAGCTCGGCAT
EST: gi|42722693|gb|CK768592.1|CK768592
EST:     ACAGAACATGTTCATCGGACTACAGTGAGACTACTGTTGCACATTAATGG                         ATATGTTGAACGTGTTGCCAATTGTAAATGGGAAGTAAAAGAGCTCGGCAT
genomic: ACAGAACATGTTCATCGGACTACAGTGAGACTACTGTTGCACATTAATGGgtaagacaaa ... tcttttacagATATGTTGAACGTGTTGCCAATTGTAAATGGGAAGTAAAAGAGCTCGGCAT
EST: gi|193346167|gb|FK310555.1|FK310555
EST:     CACATTAATGG                         ATATGTTGAACGTGTTGTCCAATTGTAAATGGGAAGTAAAAGAGCTCGGCA
genomic: CACATTAATGGgtaagacaaa ... tcttttacagATATGTTGAACGTGTTG-CCAATTGTAAATGGGAAGTAAAAGAGCTCGGCA
EST: gi|58014856|gb|CX701598.1|CX701598
EST:     ACGGAACATGTTCATCGGATTACAGTGAGACTACTGTTGCACATTAATGG                         ATATGTTGAACGTGTTGCCAATTGTAAATGGGAAGTAAAAGAGCTCGGCAT
genomic: ACAGAACATGTTCATCGGACTACAGTGAGACTACTGTTGCACATTAATGGgtaagacaaa ... tcttttacagATATGTTGAACGTGTTGCCAATTGTAAATGGGAAGTAAAAGAGCTCGGCAT