1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' |
...tagtttaatgtgactgtaaactgccttgatcagttttaagtagaaaacaacatatatcctttgtccctctcccatcacaagttcttgttatctggtacagGTCAGAGATGAGCTTGAACAATTGCTGGATGATGATGATGATATGGCTGACCTATACCTGTCAAGAAAGGCTGGTTCAGCATCACCAGTTAGTGGATCAG
species | Glycine max |
transcript | GLYMA10G32350.1 |
intron # | 5 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TTCGAAAACTGAAGAGTGCAATGACAAGGCTGACTGCTAGGGTTCAAAAG GTCAGAGATGAGCTTGAACAATTGCTGGATGATGATGATGATATGGCTGACEST: gi|9820824|gb|BE556334.1|BE556334
genomic: TTCGAAAACTGAAGAGTGCAATGACAAGGCTGACTGCTAGGGTTCAAAAGgtaagtcaag ... tctggtacagGTCAGAGATGAGCTTGAACAATTGCTGGATGATGATGATGATATGGCTGAC
EST: TTCGAAAACTGAAGAGTGCAATGACAAGGCTGACTGCTANGGTTCAAAAG GTCAAAGATGAGCTTGAACAATTGCTGGATGATGATGATGATATGGCTGACEST: gi|6912766|gb|AW394354.1|AW394354
genomic: TTCGAAAACTGAAGAGTGCAATGACAAGGCTGACTGCTAGGGTTCAAAAGgtaagtcaag ... tctggtacagGTCAGAGATGAGCTTGAACAATTGCTGGATGATGATGATGATATGGCTGAC
EST: TTCGAAAACTGAAGAGTGCAATGACAAGGCTGACTGCTAGGGTTCAAAAG GTCAGAGATGAGCTTGAACAATTGCTGGATGATGATGATGATATGGCTGACEST: gi|51336479|gb|CO980345.1|CO980345
genomic: TTCGAAAACTGAAGAGTGCAATGACAAGGCTGACTGCTAGGGTTCAAAAGgtaagtcaag ... tctggtacagGTCAGAGATGAGCTTGAACAATTGCTGGATGATGATGATGATATGGCTGAC
EST: TTCGAAAACTGAAGAGTGCAATGACAAGGCTGACTGCTAGGGTTCAAAAG GTCAGAGATGAGCTTGAACAATTGCTGGATGATGATGATGATATGGCTGACEST: gi|192300565|gb|FG991517.1|FG991517
genomic: TTCGAAAACTGAAGAGTGCAATGACAAGGCTGACTGCTAGGGTTCAAAAGgtaagtcaag ... tctggtacagGTCAGAGATGAGCTTGAACAATTGCTGGATGATGATGATGATATGGCTGAC
EST: TTCGAAAACTGAAGAGTGCAATGACAAGGCTGACTGCTAGGGTTCAAAAG GTCAGAGATGAGCTTGAACAATTGCTGGATGATGATGATGATATGGCTGAC
genomic: TTCGAAAACTGAAGAGTGCAATGACAAGGCTGACTGCTAGGGTTCAAAAGgtaagtcaag ... tctggtacagGTCAGAGATGAGCTTGAACAATTGCTGGATGATGATGATGATATGGCTGAC
aacaacatatatcctttgtccctctcccatcacaagttcttgttatctggtacagGTCAGAGATGAGCTTGAACAATTGCTGGATGATGATGATGATATGGCTGACCTATACCTGTCAAGAAAGGCTGGTTCAGCATCACCAGTTAGTGGATCAG
atatat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tagtttaatgtgactgtaaactgccttgatcagttttaagtagaaaacaacatatatcctttgtccctctcccatcacaagttcttgttatctggtacagGTCAGAGATGAGCTTGAACAATTGCTGGATGATGATGATGATATGGCTGACCTATACCTGTCAAGAAAGGCTGGTTCAGCATCACCAGTTAGTGGATCAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGTGGA
- - - - -gtgactg
- - - - - - - - - - ctgcctt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aaaacaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gttcttg