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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagtctaactaatgttttaaatagcggtcgtggactgctatttaaaaccatgagtctaactaatgactgtctgcaactcctataatttccagcatgttatggattgctaatgttgtgttgctatgtctctagGTCAAAACAGGCATGCTGCCCTCTCTTAATATAGTCAAGGTCCTTTGTCAGACCCTTAGGAAATTTCCCATCAAAG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA08G20080.1
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|209701576|gb|BW667356.1|BW667356
EST:     TTGTGGCAGACCAGTTGCACTCTGTGCTCTCTGATATGCATGTTCATGTC                         GTCAAAACAGGCATGCTGCCCTCTCTTAATATAGTCAAGGTCCTTTGTCAG
genomic: TTGTGGCAGACCAGTTGCACTCTGTGCTCTCTGATATGCATGTTCATGTCgtaagtctaa ... atgtctctagGTCAAAACAGGCATGCTGCCCTCTCTTAATATAGTCAAGGTCCTTTGTCAG
EST: gi|213613527|gb|DB963257.1|DB963257
EST:     TTGTGGCAGACCAGTTGCACTCTGTGCTCTCTGATATGCATGTTCATGTC                         GTCAAAACAGGCATGCTGCCCTCTCTTAATATAGTCAAGGTCCTTTGTCAG
genomic: TTGTGGCAGACCAGTTGCACTCTGTGCTCTCTGATATGCATGTTCATGTCgtaagtctaa ... atgtctctagGTCAAAACAGGCATGCTGCCCTCTCTTAATATAGTCAAGGTCCTTTGTCAG
EST: gi|4313338|gb|AI460457.1|AI460457
EST:     NTGTGGCAGACCAGTTGCACTCTGTGCTCTCTGATATGCATGTTCATGTC                         GTCAAAACAGGCATGCTGCCCTCT
genomic: TTGTGGCAGACCAGTTGCACTCTGTGCTCTCTGATATGCATGTTCATGTCgtaagtctaa ... atgtctctagGTCAAAACAGGCATGCTGCCCTCT
EST: gi|192305914|gb|FG995464.1|FG995464
EST:     TTGTGGCAGACCAGTTGCACTCTGTGCTCTCTGATATGCATGTTCATGTC                         GTCAAAACAGGCATGCTGCCCTCTCTTAATATAGTCAAGGTCCTTTGTCAG
genomic: TTGTGGCAGACCAGTTGCACTCTGTGCTCTCTGATATGCATGTTCATGTCgtaagtctaa ... atgtctctagGTCAAAACAGGCATGCTGCCCTCTCTTAATATAGTCAAGGTCCTTTGTCAG
EST: gi|209715281|gb|BW654168.1|BW654168
EST:     TTGTGGCAGACCAGTTGCACTCTGTGCTCTCTGATATGCATGTTCATGTC                         GTCAAAACAGGCATGCTGCCCTCTCTTAATATAGTCAAGGTCCTTTGTCAG
genomic: TTGTGGCAGACCAGTTGCACTCTGTGCTCTCTGATATGCATGTTCATGTCgtaagtctaa ... atgtctctagGTCAAAACAGGCATGCTGCCCTCTCTTAATATAGTCAAGGTCCTTTGTCAG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tcctataatttccagcatgttatggattgctaatgttgtgttgctatgtctctagGTCAAAACAGGCATGCTGCCCTCTCTTAATATAGTCAAGGTCCTTTGTCAGACCCTTAGGAAATTTCCCATCAAAG
                           tgctaat  putative branch site (score: 2)
                                              tgtctct  putative PPT
     taattt  TA-rich tract