1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' |
...gtcatttgacctacattacatgtttttcagtatcttatgattaatactatttaaattttctgtggttattatttattttaatttccctcctcttaaacagTTGTCGGATGCCGGGTTCCACTGCTTTGCACCAGACTGGATAGGATTTGGTTTCAGTGACAAACCACAACCAGGATATGGTTTTAATTACACAG
species | Glycine max |
transcript | GLYMA07G03260.1 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TTCATGGGGCCCCAACGCAATCTTTTAGCTACCGAGTTGTTATGTCTCAG TTGTCGGATGCCGGGTTCCACTGCTTTGCACCAGACTGGATAGGATTTEST: gi|11687352|gb|BF594992.1|BF594992
genomic: TTCATGGGGCCCCAACGCAATCTTTTAGCTACCGAGTTGTTATGTCTCAGgttatcatgc ... tcttaaacagTTGTCGGATGCCGGGTTCCACTGCTTTGCACCAGACTGGATAGGATTT
EST: TTCATGGGGCCCCAACGCAATCTTTTAGCTACCGAGTTGTTATGTCTCAG TTGTCGGATGCCGGGTTCCACTGCTTTGCACCAGACTGGATAGGATTTGGTEST: gi|209703108|gb|BW673293.1|BW673293
genomic: TTCATGGGGCCCCAACGCAATCTTTTAGCTACCGAGTTGTTATGTCTCAGgttatcatgc ... tcttaaacagTTGTCGGATGCCGGGTTCCACTGCTTTGCACCAGACTGGATAGGATTTGGT
EST: TTCATGGGGCCCCAACGCAATCTTTTAGCTACCGAGTTGTTATGTCTCAG TTGTCGGATGCAGGGTTCCACTGCTTTGCACCAGACTGGATAGGATTTGGT
genomic: TTCATGGGGCCCCAACGCAATCTTTTAGCTACCGAGTTGTTATGTCTCAGgttatcatgc ... tcttaaacagTTGTCGGATGCCGGGTTCCACTGCTTTGCACCAGACTGGATAGGATTTGGT
actatttaaattttctgtggttattatttattttaatttccctcctcttaaacagTTGTCGGATGCCGGGTTCCACTGCTTTGCACCAGACTGGATAGGATTTGGTTTCAGTGACAAACCACAACCAGGATATGGTTTTAATTACACAG
ttttaat putative branch site (score: 3)
tttattttaatttccc CT-rich tract
ttaaattttctgtggt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtcatttgacctacattacatgtttttcagtatcttatgattaatactatttaaattttctgtggttattatttattttaatttccctcctcttaaacagTTGTCGGATGCCGGGTTCCACTGCTTTGCACCAGACTGGATAGGATTTGGTTTCAGTGACAAACCACAACCAGGATATGGTTTTAATTACACAG
- - - - -cctacat
- - - - - - - - tacatgt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tctgtgg