1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
...gtcaatgtaggatttccaacattaatttttttcctcatgtatggtaagacctgatatatcattcaacagatgcaaccaatgaatgattcctgattttcagGTATGAATTATACTCTTATAACGGACAATTTGATTGTTGGCTCCCAACCACAGAAACCTGAAGACATAGATCACCTCAAAAAGGAAGAGGGTGTGGCATA
species | Glycine max |
transcript | GLYMA04G39890.2 |
intron # | 1 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: AGCTATGAAGAAAATGATGAGGAACCCTTATGAGTATCACCATGATCTGG GTATGAATTATACTCTTATAACGGACAATTTGATTGTTGGCTCCCAACCACEST: gi|298173789|gb|HO017125.1|HO017125
genomic: AGCTATGAAGAAAATGATGAGGAACCCTTATGAGTATCACCATGATCTGGgtcagtttca ... tgattttcagGTATGAATTATACTCTTATAACGGACAATTTGATTGTTGGCTCCCAACCAC
EST: AGCTATGAAGAAAATGATGAGGAACCCTTATGAGTATCACCATGATCTGG GTATGAATTATACTCTTATAACGGACAATTTGATTGTTGGCTCCCAACCAC
genomic: AGCTATGAAGAAAATGATGAGGAACCCTTATGAGTATCACCATGATCTGGgtcagtttca ... tgattttcagGTATGAATTATACTCTTATAACGGACAATTTGATTGTTGGCTCCCAACCAC
aagacctgatatatcattcaacagatgcaaccaatgaatgattcctgattttcagGTATGAATTATACTCTTATAACGGACAATTTGATTGTTGGCTCCCAACCACAGAAACCTGAAGACATAGATCACCTCAAAAAGGAAGAGGGTGTGGCATA
tcctgat putative branch site (score: 3)
ttcct CT-rich tract
atatatcatt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtcaatgtaggatttccaacattaatttttttcctcatgtatggtaagacctgatatatcattcaacagatgcaaccaatgaatgattcctgattttcagGTATGAATTATACTCTTATAACGGACAATTTGATTGTTGGCTCCCAACCACAGAAACCTGAAGACATAGATCACCTCAAAAAGGAAGAGGGTGTGGCATA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGATCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGG