1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' |
TACTTTACTGAAATTGATTATGGGTTTGGAAAAGCCAACCGGGGGTGAAGTTTTGCTTGGGGAGCATAATGTATTACCTAACTATTTTGAGCAGAATCAGgtgtgctactttaacctaggaaatgttaattgtaattcaattgatgaatttgctaccagttcctgttctttatgtcaacaaatttgtgtggttaataattttttagtgctgacttcatttatttaacag
species | Glycine max |
transcript | GLYMA04G39670.1 |
intron # | 4 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: TTTTGCTTGGGGAGCATAATGTATTACCTAACTATTTTGAGCAGAATCAG GCTGAGGCACTTGATCTGGAAAAAACAGTGCTCGAGACAGTAGAGGAAGCTEST: gi|254327296|gb|GR836905.1|GR836905
genomic: TTTTGCTTGGGGAGCATAATGTATTACCTAACTATTTTGAGCAGAATCAGgtgtgctact ... tatttaacagGCTGAGGCACTTGATCTGGAAAAAACAGTGCTCGAGACAGTAGAGGAAGCT
EST: TTTTGCTTGGGGAGCATAATGTATTACCTAACTATTTTGAGCAGAATCAG -CTGAGGCACTTGATCTGGAAAAAACAGTGCTCGAGACAGTAGAGGA-GCTEST: gi|151403285|gb|EV273095.1|EV273095
genomic: TTTTGCTTGGGGAGCATAATGTATTACCTAACTATTTTGAGCAGAATCAGgtgtgctact ... tatttaacagGCTGAGGCACTTGATCTGGAAAAAACAGTGCTCGAGACAGTAGAGGAAGCT
EST: TTTTGCTTGGGGAGCATAATGTATTACCTAACTATTTTGAGCAGAATCAG GCTGAGGCACTTGATCTGGAAAAAACAGTGCTCGAGACAGTAGAGGAAGCTEST: gi|16342504|gb|BI968099.1|BI968099
genomic: TTTTGCTTGGGGAGCATAATGTATTACCTAACTATTTTGAGCAGAATCAGgtgtgctact ... tatttaacagGCTGAGGCACTTGATCTGGAAAAAACAGTGCTCGAGACAGTAGAGGAAGCT
EST: GCTTGGGGAGCATAATGTATTACCTAACTA-TTTGAGCAGAATCAG GCTGAGGCACTTGATCTGGAAAAAACAGTGCTCGAGACAGTAGAGGAAGCTEST: gi|254327297|gb|GR836906.1|GR836906
genomic: GCTTGGGGAGCATAATGTATTACCTAACTATTTTGAGCAGAATCAGgtgtgctact ... tatttaacagGCTGAGGCACTTGATCTGGAAAAAACAGTGCTCGAGACAGTAGAGGAAGCT
EST: ACTA-TTTGAGCAGAATCAG GCTGAGGCACTTGATCTGG-AAAAACAGTGCTCGAGACAGTAGAGGAAGCTEST: gi|151402499|gb|EV272312.1|EV272312
genomic: ACTATTTTGAGCAGAATCAGgtgtgctact ... tatttaacagGCTGAGGCACTTGATCTGGAAAAAACAGTGCTCGAGACAGTAGAGGAAGCT
EST: TTTTGCTTGGGGAGCATAATGTATTACCTAACTATTTTGAGCAGAATCAG GCTGAGGCACTTGATCTGGAAAAAACAGTGCTCGAGACAGTAGAGGAAGCT
genomic: TTTTGCTTGGGGAGCATAATGTATTACCTAACTATTTTGAGCAGAATCAGgtgtgctact ... tatttaacagGCTGAGGCACTTGATCTGGAAAAAACAGTGCTCGAGACAGTAGAGGAAGCT
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| TACTTTACTGAAATTGATTATGGGTTTGGAAAAGCCAACCGGGGGTGAAGTTTTGCTTGGGGAGCATAATGTATTACCTAACTATTTTGAGCAGAATCAGgtgtgctactttaacctaggaaatgttaattgtaattcaattgatgaatttgctaccagttcctgttctttatgtcaacaaatttgtgtggttaataattttttagtgctgacttcatttatttaacag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGCAG