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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgagcttgctgggtcggcagcctccgctcgcacactttgcagctaggccgcattacttagcaagtggcttctgttttgtcatacagGTGAAGATCCTGCGCCCCGAGTCCTACTGGTTCAACCAGGTCGGCAAGGTCGTCTCCGTCGACCAG

Basic information

species Chlamydomonas reinhardtii
transcript EDP06390
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: EDP06390 (Chlamydomonas reinhardtii), 3'ss of exon 2
lower sequence: GRMZM2G016066_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 2
--gtgagcttgctgggtc------ggcagcctccgctcgcacactttgcagctaggcc----gcatta-cttagcaagtggcttctgttttgtcatacagGTGAAGATCCTGCGCCCCGAGTCCTACTGGTTCAACCAGGTCGGCAAGGTCGTCTCCGTCGACCAG
       || ||| | ||        | ||| ||| |   |  || |     | || |     ||| | | | ||  ||| |  ||| |  |||   ||||||||||||||| | |  ||||||||||||| ||||  | ||||||| |||||| ||||||| |||
gttcacactcgctagctcctctcaaactgccaccgatttgatgctattttatttggtctctgacatgatccttgcttgtg-ccactgatcggtcgc-cagGTGAAGATCCTGAGGCGGGAGTCCTACTGGTACAACGGGATCGGCAACGTCGTCACCGTCGATCAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|34990635|gb|CF564552.1|CF564552
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EST: gi|161810158|gb|FC099301.1|FC099301
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EST: gi|23360611|gb|BU648431.1|BU648431
EST:     AGGTTAAGGCTGCCCCCAAGAAGGAGGTCGGCCCCAAGCGCGGCTCGCTG                         GTGAAGATCCTGCGCCCCGAGTCCTACTGGTTCAACCAGGTCGGCAAGGTC
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EST: gi|7545792|gb|AW676280.1|AW676280
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EST: gi|10126709|gb|BE725429.1|BE725429
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EST: gi|7546147|gb|AW676635.1|AW676635
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EST: gi|22065127|gb|BQ816196.1|BQ816196
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EST: gi|161811348|gb|FC098801.1|FC098801
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EST:     AGGTTAAGGCTGCCCCCAAGAAGGAGGTCGGCCCCAAGCGCGGCTCGCTG                         GTGAAGATCCTGCGCCCCGAGTCCTACTGGTTCAACCAGGTCGGCAAGGTC
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EST: gi|6550483|gb|AV396267.1|AV396267
EST:     AGGTTAAGGCTGCCCCCAAGAAGGAGGTCGGCCCCAAGCGCGGCTCGCTG                         GTGAAGATCCTGCGCCCCGAGTCCTACTGGTTCAACCAGGTCGGCAAGGTC
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EST: gi|7546148|gb|AW676636.1|AW676636
EST:     AGGTTAAGGCTGCCCCCAAGAAGGAGGTCGGCCCCAAGCGCGGCTCGCTG                         GTGAAGATCCTGCGCCCCGAGTCCTACTGGTTCAACCAGGTCGGCAAGGTC
genomic: AGGTTAAGGCTGCCCCCAAGAAGGAGGTCGGCCCCAAGCGCGGCTCGCTGgtgagcttgc ... tgtcatacagGTGAAGATCCTGCGCCCCGAGTCCTACTGGTTCAACCAGGTCGGCAAGGTC
EST: gi|22076564|gb|BQ825340.1|BQ825340
EST:     AGGTTAAGGCTGCCCCCAAGAAGGAGGTCGGCCCCAAGCGCGGCTCGCTG                         GTGAAGATCCTGCGCCCCGAGTCCTACTGGTTCAACCAGGTCGGCAAGGTC
genomic: AGGTTAAGGCTGCCCCCAAGAAGGAGGTCGGCCCCAAGCGCGGCTCGCTGgtgagcttgc ... tgtcatacagGTGAAGATCCTGCGCCCCGAGTCCTACTGGTTCAACCAGGTCGGCAAGGTC
EST: gi|6550059|gb|AV395843.1|AV395843
EST:     AGGTTAAGGCTGCCCCCAAGAAGGAGGTCGGCCCCAAGCGCGGCTCGCTG                         GTGAAGATCCTGCGCCCCGAGTCCTACTGGTTCAACCAGGTCGGCAAGGTC
genomic: AGGTTAAGGCTGCCCCCAAGAAGGAGGTCGGCCCCAAGCGCGGCTCGCTGgtgagcttgc ... tgtcatacagGTGAAGATCCTGCGCCCCGAGTCCTACTGGTTCAACCAGGTCGGCAAGGTC
EST: gi|7615407|gb|AW720851.1|AW720851
EST:     AGGTTAAGGCTGCCCCCAAGAAGGAGGTCGGCCCCAAGCGCGGCTCGCTG                         GTGAAGATCCTGCGCCCCGAGTCCTACTGGTTCAACCAGGTCGGCAAGGTC
genomic: AGGTTAAGGCTGCCCCCAAGAAGGAGGTCGGCCCCAAGCGCGGCTCGCTGgtgagcttgc ... tgtcatacagGTGAAGATCCTGCGCCCCGAGTCCTACTGGTTCAACCAGGTCGGCAAGGTC
EST: gi|34987991|gb|CF561908.1|CF561908
EST:     AGGTTAAGGCTGCCCCCAAGAAGGAGGTCGGCCCCAAGCGCGGCTCGCTG                         GTGAAGATCCTGCGCCCCGAGTCCTACTGGTTCAACCAGGTCGGCAAGGTC
genomic: AGGTTAAGGCTGCCCCCAAGAAGGAGGTCGGCCCCAAGCGCGGCTCGCTGgtgagcttgc ... tgtcatacagGTGAAGATCCTGCGCCCCGAGTCCTACTGGTTCAACCAGGTCGGCAAGGTC
EST: gi|161811375|gb|FC098802.1|FC098802
EST:     AGGTTAAGGCTGCCCCCAAGAAGGAGGTCGGCCCCAAGCGCGGCTCGCTG                         GTGAAGATCCTGCGCCCCGAGTCCTACTGGTTCAACCAGGTCGGCAAGGTC
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EST: gi|161792829|gb|FC077858.1|FC077858
EST:     AGGTTAAGGCTGCCCCCAAGAAGGAGGTCGGCCCCAAGCGCGGCTCGCTG                         GTGAAGATCCTGCGCCCCGAGTCCTACTGGTTCAACCAGGTCGGCAAGGTC
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EST: gi|49466646|gb|BP094559.1|BP094559
EST:     AGGTTAAGGCTGCCCCCAAGAAGGAGGTCGGCCCCAAGCGCGGCTCGCTG                         GTGAAGATCCTGCGCCCCGAGTCCTACTGGTTCAACCAGGTCGGCAAGGTC
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EST: gi|34990516|gb|CF564433.1|CF564433
EST:     AGGTTAAGGCTGCCCCCAAGAAGGAGGTCGGCCCCAAGCGCGGCTCGCTG                         GTGAAGATCCTGCGCCCCGAGTCCTACTGCTTCAACCAGGT
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EST: gi|22076563|gb|BQ825339.1|BQ825339
EST:     AGGTTAAGGCTGCCCCCAAGAAGGAGGTCGGCCCCAAGCGCGGCTCGCTG                         GTGAAGATCCTGCGCCCCGAGTCCTACTGGTTCAACCAGGTCGGCAAGGTC
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 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

acactttgcagctaggccgcattacttagcaagtggcttctgttttgtcatacagGTGAAGATCCTGCGCCCCGAGTCCTACTGGTTCAACCAGGTCGGCAAGGTCGTCTCCGTCGACCAG
                                    cttctgtttt  CT-rich tract
                    attactta  TA-rich tract