1 5' 3' | 2 5' 3' |
GGCCGACCCTCAGCAAAACGTATCATCCGAGCTCCAGCAGTTCATCGCGCGCGAGTCTCAAGTGGCACAGATTCAGAGTATGATTTCGACACTAACGGAGgtaagcttgggtgacaggcagtgaaccccgagcgatgaggcagagcatctgggttgcgcaatgcatttcgcagcccaaagccctgtgatatgtgccgtgc...
species | Chlamydomonas reinhardtii |
transcript | EDP04523 |
intron # | 1 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: GCGAGTCTCAAGTGGCACAGATTCAGAGTATGATTTCGACACTAACGGAG GTGTGCTGGGACACCTGTGTCCAGTCTCCAGGAAGCTATCTGTCCAGCAAGEST: gi|6549700|gb|AV395484.1|AV395484
genomic: GCGAGTCTCAAGTGGCACAGATTCAGAGTATGATTTCGACACTAACGGAGgtaagcttgg ... tggcctacagGTGTGCTGGGACACCTGTGTCCAGTCTCCAGGAAGCTATCTGTCCAGCAAG
EST: TCGACACTAACGGAG GTGTGCTGGGACACCTGTGTCCAGTCTCCAGGAAGCTATCTGTCCAGCAAG
genomic: TCGACACTAACGGAGgtaagcttgg ... tggcctacagGTGTGCTGGGACACCTGTGTCCAGTCTCCAGGAAGCTATCTGTCCAGCAAG
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| GGCCGACCCTCAGCAAAACGTATCATCCGAGCTCCAGCAGTTCATCGCGCGCGAGTCTCAAGTGGCACAGATTCAGAGTATGATTTCGACACTAACGGAGgtaagcttgggtgacaggcagtgaaccccgagcgatgaggcagagcatctgggttgcgcaatgcatttcgcagcccaaagccctgtgatatgtgccgtgc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgggtga
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tctgggt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgcattt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gcccaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -cctgtga
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tatgtgc