1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' |
AGACCCCTATGGTCTACCTGAACAAGGTGGCCACGGGCACGCACGCCAAGATCGCCGCCAAGCTGGAGATCATGGAGCCCTGCTGCTCCGTTAAGGACAGgtgcggcgtgtgcggcgtttccggggtgccgtactcaggtctagggtccaacaagctgatgtttggggatggggagaggtggaagggggcgatctacaag...
species | Chlamydomonas reinhardtii |
transcript | EDP04426 |
intron # | 2 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: ATCGCCGCCAAGCTGGAGATCATGGAGCCCTGCTGCTCCGTTAAGGACAG GATCGGCTACAGCATGATCTCGAGCGCGGAGAAGGAGGGCCTCATCACCCCEST: gi|10774126|gb|AV624949.1|AV624949
genomic: ATCGCCGCCAAGCTGGAGATCATGGAGCCCTGCTGCTCCGTTAAGGACAGgtgcggcgtg ... cctcctgcagGATCGGCTACAGCATGATCTCGAGCGCGGAGAAGGAGGGCCTCATCACCCC
EST: ATCGCCGCCAAGCTGGAGATCATGGAGCCCTGCTGCTCCGTTAAGGACAG GATCGGCTACAGCATGATCTCGAGCGCGGAGAAGGAGGGCCTCATCACCCC
genomic: ATCGCCGCCAAGCTGGAGATCATGGAGCCCTGCTGCTCCGTTAAGGACAGgtgcggcgtg ... cctcctgcagGATCGGCTACAGCATGATCTCGAGCGCGGAGAAGGAGGGCCTCATCACCCC
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| AGACCCCTATGGTCTACCTGAACAAGGTGGCCACGGGCACGCACGCCAAGATCGCCGCCAAGCTGGAGATCATGGAGCCCTGCTGCTCCGTTAAGGACAGgtgcggcgtgtgcggcgtttccggggtgccgtactcaggtctagggtccaacaagctgatgtttggggatggggagaggtggaagggggcgatctacaag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGATCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gcgtgtg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ggcgttt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - caacaag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgtttgg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -atctaca