1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
GCTCGGGTATTGGGTCCGAGCCCTCCTCGACAGCGGTACTCCGGCCCAAGCTTGTCGACGTCATCAAGAAGTATGGCATCAAGTCAATGgtgaaagggggcggggcacgggggacatttgtcatgtgtggccgtatgctcagaattagacgggcgccgtctgcgaaagcagcggcaccaactgcatgca...
species | Chlamydomonas reinhardtii |
transcript | EDP01984 |
intron # | 3 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: TCCGGCCCAAGCTTGTCGACGTCATCAAGAAGTATGGCATCAAGTCAATG CTGGACGCTCCCTGTGGCTCGCTGGCCTGGATGCCGCTGGTTCTGGAGCAGEST: gi|161790172|gb|FC076951.1|FC076951
genomic: TCCGGCCCAAGCTTGTCGACGTCATCAAGAAGTATGGCATCAAGTCAATGgtgaaagggg ... tcggctgcagCTGGACGCTCCCTGTGGCTCGCTGGCCTGGATGCCGCTGGTTCTGGAGCAG
EST: TCCGGCCCAAGCTTGTCGACGTCATCAAGAAGTATGGCATCAAGTCAATG CTGGACGCTCCCTGTGGCTCGCTGGCCTGGATGCCGCTGGTTCTGGAGCAGEST: gi|161813197|gb|FC101418.1|FC101418
genomic: TCCGGCCCAAGCTTGTCGACGTCATCAAGAAGTATGGCATCAAGTCAATGgtgaaagggg ... tcggctgcagCTGGACGCTCCCTGTGGCTCGCTGGCCTGGATGCCGCTGGTTCTGGAGCAG
EST: TCCGGCCCAAGCTTGTCGACGTCATCAAGAAGTATGGCATCAAGTCAATG CTGGACGCTCCCTGTGGCTCGCTGGCCTGGATGCCGCTGGTTCTGGAGCAG
genomic: TCCGGCCCAAGCTTGTCGACGTCATCAAGAAGTATGGCATCAAGTCAATGgtgaaagggg ... tcggctgcagCTGGACGCTCCCTGTGGCTCGCTGGCCTGGATGCCGCTGGTTCTGGAGCAG
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| GCTCGGGTATTGGGTCCGAGCCCTCCTCGACAGCGGTACTCCGGCCCAAGCTTGTCGACGTCATCAAGAAGTATGGCATCAAGTCAATGgtgaaagggggcggggcacgggggacatttgtcatgtgtggccgtatgctcagaattagacgggcgccgtctgcgaaagcagcggcaccaactgcatgca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tttgtca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgtgtgg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - cgtatgc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tctgcga
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -caccaac
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgcatgc